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- PDB-6r2h: Crystal structure of Apo PinO from Porphyromonas gingivitis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r2h
タイトルCrystal structure of Apo PinO from Porphyromonas gingivitis
要素HmuY protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Porphyromonas gingivalis / Prevotella intermedia / HmuY / heme / hemophore / heme-binding protein / phylogeny / sequence evolution
機能・相同性HmuY protein / HmuY protein / HmuY protein
機能・相同性情報
生物種Prevotella intermedia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Antonyuk, S.V. / Bielecki, M. / Strange, R.W. / Capper, M. / Olczak, T. / Olczak, M.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2015/17/B/NZ6/01969 ポーランド
European Regional Development FundPOIG 01.01.02-02-003/08/00 ポーランド
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Prevotella intermedia produces two proteins homologous to Porphyromonas gingivalis HmuY but with different heme coordination mode.
著者: Bielecki, M. / Antonyuk, S. / Strange, R.W. / Sieminska, K. / Smalley, J.W. / Mackiewicz, P. / Smiga, M. / Cowan, M. / Capper, M.J. / Slezak, P. / Olczak, M. / Olczak, T.
履歴
登録2019年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22022年12月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / reflns / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _reflns.pdbx_CC_half / _software.name
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HmuY protein
B: HmuY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7205
ポリマ－43,4442
非ポリマー2763
水2,954164
1
A: HmuY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9063
ポリマ－21,7221
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HmuY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8142
ポリマ－21,7221
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.254, 54.102, 161.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 192 / Label seq-ID: 3 - 192

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 HmuY protein


分子量: 21722.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prevotella intermedia (バクテリア)
遺伝子: BWX40_10235 / 細胞株 (発現宿主): DE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1P8JNE7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 25% PEG MED SMEAR

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91787 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月15日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.458→80.546 Å / Num. obs: 14071 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.135 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 0.147
反射 シェル解像度: 2.458→2.501 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.934 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4715 / CC1/2: 0.817 / Rpim(I) all: 0.533 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EU8

6eu8


解像度: 2.46→80.546 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 12.358 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.884 / ESU R Free: 0.283 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23328 649 4.6 %RANDOM
Rwork0.19419 ---
obs0.19595 13422 97.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.46 Å20 Å20 Å2
2--4.08 Å20 Å2
3----1.62 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.46→80.546 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2935 0 18 164 3117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0123005
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2231.6424032
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9225371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.9124.745137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.42115562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.097158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.664.0651496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2766.0761863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4544.3371509
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.65553.3214293
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5285 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.458→2.522 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 56 -
Rwork0.325 983 -
obs--99.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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