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万見
- PDB-6r1v: Solution structure of sortase A from S. aureus in complex with 2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r1v
タイトルSolution structure of sortase A from S. aureus in complex with 2-(aminomethyl)-3-hydroxy-4H-pyran-4-one based prodrug
要素Sortase A
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / Covalent complex / Prodrug
機能・相同性
機能・相同性情報


sortase A / cysteine-type peptidase activity / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sortase A / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JPT / Sortase A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing / torsion angle dynamics
データ登録者Jaudzems, K. / Leonchiks, A.
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Targeting Bacterial Sortase A with Covalent Inhibitors: 27 New Starting Points for Structure-Based Hit-to-Lead Optimization.
著者: Jaudzems, K. / Kurbatska, V. / Je Kabsons, A. / Bobrovs, R. / Rudevica, Z. / Leonchiks, A.
履歴
登録2019年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0632
ポリマ－16,8251
非ポリマー2381
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8590 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Sortase A / Surface protein sorting A


分子量: 16825.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: srtA, SAOUHSC_02834 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FV99, sortase A
#2: 化合物 ChemComp-JPT / 6-(hydroxymethyl)-3-oxidanyl-2-(thiophen-3-ylmethyl)pyran-4-one


分子量: 238.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10O4S
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
141isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
151isotropic13D (F1)-15N,13C-filtered 1H-13C NOESY aliphatic
181isotropic12D (F1,F2)-13C,15N-filtered TOCSY
161isotropic12D (F1,F2)-13C,15N-filtered NOESY
171isotropic12D 1H-15N HSQC
191isotropic13D HNCA
1101isotropic13D CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.6 mM [U-13C; U-15N] Sortase A protein, 3.2 mM 3-hydroxy-6-(hydroxymethyl)-2-(thiophen-3-ylmethyl)-4H-pyran-4-one, 20 mM sodium acetate, 50 mM sodium chloride, 10 mM calcium chloride, 95% H2O/5% D2O
Label: 13C15N_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.6 mMSortase A protein[U-13C; U-15N]1
3.2 mM3-hydroxy-6-(hydroxymethyl)-2-(thiophen-3-ylmethyl)-4H-pyran-4-onenatural abundance1
20 mMsodium acetatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMcalcium chloridenatural abundance1
試料状態イオン強度: 0.1 M / Ionic strength err: 0.02 / Label: conditions_1 / pH: 6 / PH err: 0.1 / 圧: AMBIENT atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
TopSpinBruker Biospin解析
VNMR2.1bVariancollection
CARA1.9Keller and Wuthrichchemical shift assignment
UNIOT. Herrmann, F. Fiorito, J. Volkpeak picking
UNIOT. Herrmann, F. Fiorito, J. Volkデータ解析
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing1
torsion angle dynamics2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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