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万見
- PDB-6r1n: Crystal structure of S. aureus seryl-tRNA synthetase complexed to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r1n
タイトルCrystal structure of S. aureus seryl-tRNA synthetase complexed to seryl sulfamoyl adenosine
要素Serine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / class II / protein synthesis / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


: / selenocysteine biosynthetic process / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 ...Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / Serine--tRNA ligase / Serine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Salimraj, R. / Cain, R. / Roper, D.I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M017893/1 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-Guided Enhancement of Selectivity of Chemical Probe Inhibitors Targeting Bacterial Seryl-tRNA Synthetase.
著者: Cain, R. / Salimraj, R. / Punekar, A.S. / Bellini, D. / Fishwick, C.W.G. / Czaplewski, L. / Scott, D.J. / Harris, G. / Dowson, C.G. / Lloyd, A.J. / Roper, D.I.
履歴
登録2019年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9798
ポリマ－51,1671
非ポリマー8127
水6,918384
1
A: Serine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Serine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,95716
ポリマ－102,3332
非ポリマー1,62414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area7840 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area35040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.438, 116.413, 91.611
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-737-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serine--tRNA ligase / Seryl-tRNA synthetase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser/Sec) synthetase


分子量: 51166.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: serS, serS_3, CSC83_09220, CSC87_00755, CV021_04380, EP54_05580, EQ90_05790, HMPREF3211_02116, NCTC10654_00091, NCTC10702_00150, NCTC13196_01224, NCTC5664_00935, RK64_00725, SAMEA1466939_ ...遺伝子: serS, serS_3, CSC83_09220, CSC87_00755, CV021_04380, EP54_05580, EQ90_05790, HMPREF3211_02116, NCTC10654_00091, NCTC10702_00150, NCTC13196_01224, NCTC5664_00935, RK64_00725, SAMEA1466939_02107, SAMEA1708674_02321
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: X5DWM7, UniProt: P95689*PLUS, serine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 391分子

#2: 化合物 ChemComp-SSA / 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / 5′-O-(L-セリルスルファモイル)アデノシン


分子量: 433.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N7O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium malonate pH 5 13 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.026→91.611 Å / Num. obs: 33080 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 31.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.026→2.061 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DQ3

2dq3


解像度: 2.03→57.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.151
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1602 4.85 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.175 33037 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.2017 Å20 Å20 Å2
2---6.6576 Å20 Å2
3---0.456 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.03→57.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3307 0 53 384 3744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013441HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.054647HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1242SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes606HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3441HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.45
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion453SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies11HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4442SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.04 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3389 -4.08 %
Rwork0.2191 634 -
all0.2233 661 -
obs--97.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4213-0.30650.60013.4442-0.79421.8785-0.127-0.5442-0.45860.38070.23930.4367-0.1429-0.3836-0.1123-0.1010.00210.10310.10070.1041-0.0356-3.8794-41.243312.5543
20-2.91041.51383.0811-1.26562.75770.0299-0.0199-0.41640.10040.23380.120.11240.2882-0.2637-0.0663-0.07460.029-0.1087-0.02650.009617.1921-58.35915.8169
31.07-2.9104-0.69634.9456-2.3812.26240.0573-0.1112-0.137-0.3050.05880.06650.54420.1636-0.11610.06150.0193-0.0822-0.0882-0.12760.039217.2015-61.18238.3356
42.4692-1.39631.16161.3034-1.03471.7483-0.1787-0.3973-0.18950.11440.19510.1858-0.1246-0.3496-0.0164-0.1250.01050.04780.02180.0056-0.0337-19.7412-22.3327-1.6513
50.92220.09260.29790.55480.1590.84960.0058-0.0421-0.01140.0211-0.04310.00630.0499-0.01880.0374-0.0503-0.00160.0260.03330.00030.0071-2.53-27.2394-16.3603
61.4462-0.96690.80420-0.4331.9857-0.0463-0.1052-0.1855-0.051-0.01820.11760.0625-0.2510.0645-0.05040.00790.02750.0462-0.01810.0363-7.605-28.2381-15.5937
71.1013-0.13270.25230.447-0.19650.8422-0.0533-0.2769-0.01250.08350.05980.0003-0.0752-0.0317-0.0065-0.09650.01120.00420.0279-0.0083-0.0625-5.678-23.1599-2.8055
83.50481.8415-1.17083.9203-0.46763.4891-0.05640.30310.4753-0.24530.00050.1624-0.1134-0.27520.0558-0.03260.0576-0.0257-0.00170.00660.0082-16.8292-7.6877-24.312
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 24}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|25 - 64}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|65 - 103}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|104 - 139}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|140 - 251}
6X-RAY DIFFRACTION6{A|252 - 279}
7X-RAY DIFFRACTION7{A|280 - 399}
8X-RAY DIFFRACTION8{A|400 - 427}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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