PDB-6r1m: Crystal structure of E. coli seryl-tRNA synthetase complexed to s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r1m

タイトル

Crystal structure of E. coli seryl-tRNA synthetase complexed to seryl sulfamoyl adenosine

要素

Serine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / class II / protein synthesis / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

: / selenocysteine biosynthetic process / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Salimraj, R. / Cain, R. / Roper, D.I.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-Guided Enhancement of Selectivity of Chemical Probe Inhibitors Targeting Bacterial Seryl-tRNA Synthetase.
著者: Cain, R. / Salimraj, R. / Punekar, A.S. / Bellini, D. / Fishwick, C.W.G. / Czaplewski, L. / Scott, D.J. / Harris, G. / Dowson, C.G. / Lloyd, A.J. / Roper, D.I.

履歴

登録	2019年3月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r1m.cif.gz	370.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r1m.ent.gz	299.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r1m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/6r1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/6r1m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r1nC 6r1oC 2dq3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qo8-1 6r1n-1 3qo5-1 2dq3-d 1sry-d 6r1o-1 3qne-1 2dq0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (14)

登録構造単位

A: Serine--tRNA ligase

B: Serine--tRNA ligase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.070, 63.520, 75.890
Angle α, β, γ (deg.)	75.44, 70.25, 89.20
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Serine--tRNA ligase / Seryl-tRNA synthetase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser/Sec) synthetase 分子量: 49257.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: serS, ECVG_02257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1X3JK72, UniProt: P0A8L1*PLUS, serine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-SSA / 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / 5′-O-(L-セリルスルファモイル)アデノシン分子量: 433.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉N₇O₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 894 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.11 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M sodium phosphate monobasic monohydrate, pH 4.7 20 % w/v PEG 3350 25 % ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→61.29 Å / Num. obs: 163583 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 20.15 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 7950

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DQ3

2dq3

解像度: 1.5→59.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU R Cruickshank DPI: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.062 / SU R_free Blow DPI: 0.062 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.06

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18	7960	4.87 %	RANDOM
R_work	0.162	-	-	-
obs	0.163	163577	95.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.7811 Å²	1.5088 Å²	3.2725 Å²
2-	-	2.1749 Å²	-1.1801 Å²
3-	-	-	0.6062 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→59.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6649	0	146	895	7690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	7094	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.03	9600	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2561	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1258	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		7094	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.18
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.4
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		908	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		40	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		9249	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.51 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2038	163	4.98 %
R_work	0.1916	3109	-
all	0.1922	3272	-
obs	-	-	93.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4178	-0.4106	2.2974	4.1671	-2.7839	4.4951	0.1319	0.2255	-0.2053	0.012	0.0227	0.1356	-0.0186	0.239	-0.1546	0.0491	-0.0015	-0.0482	-0.0623	-0.0042	-0.0809	-11.9349	14.1191	-35.0581
2	1.5273	-0.3626	0.2342	3.7046	-0.551	-0.2863	0.0178	-0.1885	0.0787	0.071	-0.0187	-0.0487	-0.0225	0.0576	0.001	0.093	0.0658	-0.0165	-0.0009	-0.0052	-0.1479	-22.5702	41.7618	-29.5711
3	0.7063	-0.7221	-0.7559	2.0666	0.5308	0.1698	0.1152	-0.1219	0.1166	0.3182	0.1133	0.0592	-0.2113	-0.1964	-0.2286	0.1764	0.1463	0.0147	-0.0794	-0.0011	-0.1123	-24.6242	38.2665	-22.8162
4	0.2283	-0.0496	0.0407	0.352	0.0089	0.988	-0.0576	0.0374	-0.0058	-0.0887	0.0228	0.0255	-0.0447	-0.0118	0.0348	-0.032	-0.0228	-0.0169	-0.0384	0.0019	-0.0362	-2.5659	-0.9488	-11.0724
5	0.3035	0.0751	0.1511	0.4308	0.0517	1.0124	-0.0347	0.0639	-0.005	-0.1593	0.0003	0.0259	-0.0604	0.0498	0.0344	0	-0.0279	-0.0044	-0.0182	0.0059	-0.0314	0.3245	-3.1683	-19.0309
6	0.8784	-0.5563	0.6544	1.6617	-0.9328	1.965	-0.1645	0.1425	0.1638	-0.1236	-0.0238	-0.1477	-0.4635	0.1926	0.1883	0.1052	-0.0865	-0.059	-0.0697	0.0381	-0.0787	1.6278	16.5022	-21.736
7	0.9728	-0.2728	0.372	1.4334	0.1673	1.9985	-0.0106	0.0467	-0.0795	0.0369	0.0137	-0.1392	0.2308	0.1671	-0.0031	0.0018	0.0083	0.0148	-0.0111	0.003	0.0045	8.5887	-18.308	-5.7622
8	5.63	0.5546	-1.1373	2.1973	1.6635	2.047	-0.1859	-0.5768	0.1466	0.4184	0.0778	0.4832	0.2021	0.0448	0.1081	-0.0128	0.0203	0.1119	-0.0323	0.0232	-0.0248	-21.7328	-2.5231	33.1736
9	2.1753	2.7195	0.5819	4.6095	1.394	0.1842	0.1102	-0.0328	0.0147	0.0789	-0.0141	-0.0815	0.1219	0.0523	-0.0961	0.01	-0.0317	-0.0304	-0.0261	-0.0105	-0.031	-43.5897	-18.7611	25.1477
10	-0.0141	0.723	-0.0977	1.6892	0.3626	-0.055	-0.0256	-0.0338	0.077	-0.2657	0.0014	0.1958	0.0483	0.0835	0.0243	0.0044	-0.0222	-0.0586	-0.0187	0.0045	0.0467	-45.5494	-16.5748	18.8806
11	0.411	-0.0152	0.0472	0.5167	0.0754	0.7745	-0.045	-0.035	0.0093	0.0447	0.023	0.0065	-0.0465	-0.0012	0.022	-0.0222	0.0042	-0.0089	-0.0175	0.0019	-0.0071	0.0204	2.0728	14.4691

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|1 - 26}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|27 - 64}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|65 - 102}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|103 - 257}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|258 - 363}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|364 - 394}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|395 - 430}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|1 - 26}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|27 - 63}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|64 - 102}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|103 - 430}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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