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- PDB-6r1e: Structure of dodecin from Streptomyces coelicolor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r1e
タイトルStructure of dodecin from Streptomyces coelicolor
要素dodecin
キーワードFLAVOPROTEIN / flavin storage / dodecamer / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Dodecin / Dodecin-like superfamily / Dodecin / Flavin-binding protein dodecin / Dodecin-like / Dodecin subunit-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Essen, L.-O. / Sander, B.
引用ジャーナル: Microbiology (Reading, Engl.) / 年: 2019
タイトル: Comparative biochemical and structural analysis of the flavin-binding dodecins fromStreptomyces davaonensisandStreptomyces coelicolorreveals striking differences with regard to multimerization.
著者: Bourdeaux, F. / Ludwig, P. / Paithankar, K. / Sander, B. / Essen, L.O. / Grininger, M. / Mack, M.
履歴
登録2019年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32022年12月7日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / refine / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dodecin
B: dodecin
C: dodecin
D: dodecin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,38926
ポリマ－31,6834
非ポリマー5,70622
水1,62190
1
A: dodecin
B: dodecin
C: dodecin
D: dodecin
ヘテロ分子

A: dodecin
B: dodecin
C: dodecin
D: dodecin
ヘテロ分子

A: dodecin
B: dodecin
C: dodecin
D: dodecin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,16778
ポリマ－95,05012
非ポリマー17,11766
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area47750 Å2
ΔGint-651 kcal/mol
Surface area29950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.945, 92.945, 227.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-105-

SO4

21B-105-

SO4

31B-106-

SO4

41B-106-

SO4

51C-106-

SO4

61C-106-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 15 - 84 / Label seq-ID: 2 - 71

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
dodecin


分子量: 7920.802 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-formylated N-terminus
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
遺伝子: SCO0915 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q9RCZ5

-
非ポリマー , 6種, 112分子

#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 10% PEG4000, 0.1 M NaOAc, 0.2 M AS, 16.5 mg/mL ScDodecin

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月10日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→11.9 Å / Num. all: 66956 / Num. obs: 11644 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.75 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 3.72 / Num. unique obs: 549 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YIZ

2yiz


解像度: 2.6→11.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 11.074 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.907 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24286 277 2.3 %RANDOM
Rwork0.19753 ---
obs0.19867 11583 98.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.755 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→11.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2232 0 354 90 2676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192624
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8472.0783604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88735184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7935276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.29923.667120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.38215384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7751524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5855.1331124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5865.131123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0587.6691396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0577.6731397
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6035.3271500
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6115.3221477
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9617.9152173
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.48954.2843140
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.48654.2213128
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A20740.03
12B20740.03
21A20850
22C20850
31A20740.04
32D20740.04
41B20740.03
42C20740.03
51B20690.04
52D20690.04
61C20740.04
62D20740.04
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.665 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.22 853 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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