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- PDB-6r1b: Crystal structure of UgpB from Mycobacterium tuberculosis in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r1b
タイトルCrystal structure of UgpB from Mycobacterium tuberculosis in complex with glycerophosphocholine
要素(Putative Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein ...) x 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Mycobacterium tuberculosis UgpB substrate-binding protein glycerophosphocholine
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CH5 / Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein UgpB / Probable Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein UgpB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27000203237 Å
データ登録者Fenn, J. / Nepravishta, R. / Guy, C.S. / Harrison, J. / Angulo, J. / Cameron, A.D. / Fullam, E.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust104193/ Z / 14/ Z 英国
Royal SocietyR G 1 2 0 4 0 5 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR / J 0 0 3 9 6 4 / 1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilE P /M 0 2 7 5 0 3 /1 英国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Glycerophosphodiester Recognition by theMycobacterium tuberculosisSubstrate-Binding Protein UgpB.
著者: Fenn, J.S. / Nepravishta, R. / Guy, C.S. / Harrison, J. / Angulo, J. / Cameron, A.D. / Fullam, E.
履歴
登録2019年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein UgpB
B: Putative Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein UgpB
C: Putative Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein UgpB
D: Putative Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein UgpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,23117
ポリマ－168,7084
非ポリマー1,52313
水4,666259
1
A: Putative Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein UgpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1884
ポリマ－42,8141
非ポリマー3753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein UgpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3626
ポリマ－42,8711
非ポリマー4915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein UgpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0314
ポリマ－41,6561
非ポリマー3753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Putative Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein UgpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6513
ポリマ－41,3681
非ポリマー2832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.110, 169.860, 213.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

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Putative Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Putative Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein UgpB


分子量: 42813.523 Da / 分子数: 1 / 変異: K161(MLZ) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ugpB, ERS007679_03701 / プラスミド: pYUB1062 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0U0RXC0, UniProt: P71619*PLUS
#2: タンパク質 Putative Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein UgpB


分子量: 42870.574 Da / 分子数: 1 / 変異: K161(MLZ) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ugpB, ERS007679_03701 / プラスミド: pYUB1062 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0U0RXC0, UniProt: P71619*PLUS
#3: タンパク質 Putative Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein UgpB


分子量: 41656.363 Da / 分子数: 1 / 変異: K161(MLZ) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ugpB, ERS007679_03701 / プラスミド: pYUB1062 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0U0RXC0, UniProt: P71619*PLUS
#4: タンパク質 Putative Sn-glycerol-3-phosphate-binding lipoprotein UgpB


分子量: 41367.969 Da / 分子数: 1 / 変異: K161(MLZ) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ugpB, ERS007679_03701 / プラスミド: pYUB1062 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0U0RXC0, UniProt: P71619*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 272分子

#5: 化合物
ChemComp-CH5 / 2-(((R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL)PHOSPHORYLOXY)-N,N,N-TRIMETHYLETHANAMINIUM / GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / L-α-ホスファチジルコリン


分子量: 258.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H21NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 8,000, 10 mM Glycerol-3-phosphocholine

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→38.69 Å / Num. obs: 78213 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 41.826250244 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.27→2.33 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PHENIX1.12_2829精密化
XDS0.0.5データ削減
XDS0.0.5データスケーリング
PHASER1.12_2829位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MFI

4mfi


解像度: 2.27000203237→38.6872573778 Å / SU ML: 0.313926047969 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34246804547 / 位相誤差: 27.197890168
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255984598665 4039 5.17005235334 %
Rwork0.20604613029 --
obs0.208701378794 78123 99.0993619423 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.1944402787 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27000203237→38.6872573778 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11953 0 93 259 12305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061188191585912369
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66307830429916851
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04206940657621810
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004796231152872210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.62725026617145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.29670.397642929651220.3091319311832494X-RAY DIFFRACTION96.2826647037
2.2967-2.32470.3715698686611420.2930902639242470X-RAY DIFFRACTION98.1954887218
2.3247-2.35410.2990021808541340.2822819174412504X-RAY DIFFRACTION100
2.3541-2.38510.3450203557571450.2694093746412529X-RAY DIFFRACTION100
2.3851-2.41780.3124229709291300.2692060834092506X-RAY DIFFRACTION97.1260132646
2.4178-2.45230.3291703724371270.251779292490X-RAY DIFFRACTION98.3834586466
2.4523-2.48890.3050339221381240.2501570403632518X-RAY DIFFRACTION99.9621642073
2.4889-2.52780.3219928273411350.2469405545892565X-RAY DIFFRACTION100
2.5278-2.56920.3207162317831320.2358709009422515X-RAY DIFFRACTION96.5001822822
2.5692-2.61350.2928072195171300.2246310274162504X-RAY DIFFRACTION99.9620493359
2.6135-2.6610.2655625558991390.2205706185142550X-RAY DIFFRACTION100
2.661-2.71220.294659489921260.2174713241112534X-RAY DIFFRACTION97.2933430871
2.7122-2.76750.268671429021240.2191388911382527X-RAY DIFFRACTION100
2.7675-2.82770.311564500471310.2059889539642549X-RAY DIFFRACTION100
2.8277-2.89350.2414225695681300.2150483093432543X-RAY DIFFRACTION97.7688368691
2.8935-2.96580.2756762807941620.2097162671752502X-RAY DIFFRACTION100
2.9658-3.0460.2815191577661280.2091558698932591X-RAY DIFFRACTION99.8164464023
3.046-3.13550.2690067459111450.2159357212422517X-RAY DIFFRACTION98.3739837398
3.1355-3.23670.2581415779151370.2031709437652557X-RAY DIFFRACTION99.8887652948
3.2367-3.35230.2258017069111580.1993961497132510X-RAY DIFFRACTION98.6321626617
3.3523-3.48650.2637452345721500.19727383022572X-RAY DIFFRACTION99.9632757988
3.4865-3.6450.2281716970021550.1961936964632558X-RAY DIFFRACTION99.1231275119
3.645-3.8370.2615845533711370.1822769501612616X-RAY DIFFRACTION99.6380745566
3.837-4.07720.2449484865351500.1808625136012540X-RAY DIFFRACTION99.55588453
4.0772-4.39160.2270363514961620.1792345487032580X-RAY DIFFRACTION99.347826087
4.3916-4.83280.2082834455731490.1702181565442599X-RAY DIFFRACTION99.6735582155
4.8328-5.53040.2362077053051350.1892867937552656X-RAY DIFFRACTION99.6785714286
5.5304-6.96110.2698106575121490.2162431094992659X-RAY DIFFRACTION99.5038979447
6.9611-38.69290.2161291690771510.2124246751432829X-RAY DIFFRACTION99.4659546061
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4041118123-0.2707239393940.6809281051492.51005039276-0.2456908575822.885741422820.0805207091595-0.325207461394-0.2712289817090.2894858127420.08882006695570.353819791270.0833678430402-0.35350813774-0.1627881419370.296606226766-0.0302901243844-0.009556761983670.3760366530670.1133721124120.517767058247-19.659388998932.4074900877-16.6461720772
22.20904845426-1.263724792080.7030741230434.41125402033-1.279439089611.668546409260.05100632085450.146544893113-0.0313218263443-0.299728289059-0.0733822385366-0.2455263543410.2384658098140.06048905011340.0324223468970.257575170396-0.0132608210024-0.00924610046240.278566657117-0.002324364146510.414843344839-5.0359384690534.791218141-38.9418753813
31.563103297790.1494498935380.01167326644012.89965767348-0.3504912091181.96054695186-0.0719007018614-0.1461605014860.2006494044670.3959809352150.0253166135189-0.134565486614-0.1231565612270.0478162811510.03921419728370.354761809851-0.03341605233920.112649249540.307708042626-0.08847608051850.473505821439-24.5115330619-9.56747143163-15.0313363028
41.55489764258-1.15580460088-0.4666671456833.25183714350.3859954761031.3164756707-0.02014192731670.197545772744-0.0467583929841-0.150748650209-0.05534931216210.231241579355-0.0214026577496-0.008079845500730.07940569599050.330241523357-0.05402383478110.09874313119720.32472012833-0.03456237999150.460267072656-38.9926367858-11.8328874356-37.6566866187
51.54574030834-0.294695806284-0.36667692312.2423770294-0.1457873486142.644220484350.4330795920680.1859692590260.0287872606753-0.497195357796-0.154802620692-0.4682324245511.033861075391.08961056979-0.2558195489450.7736028273380.4134153450830.06000083127440.748145213333-0.1306048819540.585138833623-15.1895388794-46.6229851085-35.0298907711
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and ((resid 36 through 153 ) or ( resid 305:377))
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and not ((resid 36 through 153) or (resid 305:377))
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and ((resid 35 through 153) or (resid 305:377))
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and not ((resid 35 through 153) or (resid 305:377))
5X-RAY DIFFRACTION5chain C and ((resid 35 through 153) or (resid 305:377))
6X-RAY DIFFRACTION6chain C and not ((resid 35 through 153) or (resid 305:377))
7X-RAY DIFFRACTION7chain D and ((resid 35 through 153) or (resid 305:377))
8X-RAY DIFFRACTION8chain D and not ((resid 35 through 153) or (resid 305:377))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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