[日本語] English
万見
- PDB-6r15: Crystal structure of the SUN1-KASH1 6:6 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r15
タイトルCrystal structure of the SUN1-KASH1 6:6 complex
要素
  • Nesprin-1
  • SUN domain-containing protein 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / SUN1 KASH1 NESPRIN-1 SYNE1 LINC complex Nucleoskeleton Cytoskeleton Nuclear envelope
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / homologous chromosome pairing at meiosis / lamin binding / muscle cell differentiation / nuclear inner membrane / centrosome localization ...nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / homologous chromosome pairing at meiosis / lamin binding / muscle cell differentiation / nuclear inner membrane / centrosome localization / nucleus organization / Golgi organization / nuclear outer membrane / response to mechanical stimulus / protein-membrane adaptor activity / Meiotic synapsis / ossification / sarcomere / P-body / actin filament binding / nuclear envelope / actin binding / spermatogenesis / nuclear membrane / postsynaptic membrane / cytoskeleton / chromosome, telomeric region / intracellular membrane-bounded organelle / nucleolus / enzyme binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / Nesprin-1, spectrin repeats / Nesprin-1 domain / KASH domain / Nuclear envelope localisation domain / KASH domain profile. / Nuclear envelope localisation domain ...: / : / : / : / Nesprin-1, spectrin repeats / Nesprin-1 domain / KASH domain / Nuclear envelope localisation domain / KASH domain profile. / Nuclear envelope localisation domain / SUN domain-containing protein 1, N-terminal / Mitochondrial RNA binding protein MRP / SUN coiled coil domain 2 / SUN2 helix-turn-helix domain / SUN domain-containing protein 1-5 / SUN domain profile. / SUN domain / Sad1 / UNC-like C-terminal / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TRIETHYLENE GLYCOL / SUN domain-containing protein 1 / Nesprin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Gurusaran, M. / Davies, O.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust104158/Z/14/Z 英国
Royal SocietyRG170118 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: A molecular mechanism for LINC complex branching by structurally diverse SUN-KASH 6:6 assemblies.
著者: Gurusaran, M. / Davies, O.R.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SUN domain-containing protein 1
B: Nesprin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5645
ポリマ－26,1362
非ポリマー4283
水4,252236
1
A: SUN domain-containing protein 1
B: Nesprin-1
ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 1
B: Nesprin-1
ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 1
B: Nesprin-1
ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 1
B: Nesprin-1
ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 1
B: Nesprin-1
ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 1
B: Nesprin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,38430
ポリマ－156,81812
非ポリマー2,56518
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)80.450, 80.450, 182.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1127-

HOH

21A-1198-

HOH

31A-1220-

HOH

41A-1227-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SUN domain-containing protein 1 / Protein unc-84 homolog A / Sad1/unc-84 protein-like 1


分子量: 22530.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUN1, KIAA0810, UNC84A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94901
#2: タンパク質・ペプチド Nesprin-1 / Enaptin / KASH domain-containing protein 1 / KASH1 / Myocyte nuclear envelope protein 1 / Myne-1 / ...Enaptin / KASH domain-containing protein 1 / KASH1 / Myocyte nuclear envelope protein 1 / Myne-1 / Nuclear envelope spectrin repeat protein 1 / Synaptic nuclear envelope protein 1 / Syne-1


分子量: 3606.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: SYNE1, C6orf98, KIAA0796, KIAA1262, KIAA1756, MYNE1
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NF91

-
非ポリマー , 4種, 239分子

#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.09M NaF; 0.09M NaBr; 0.09M NaI; 0.1M Sodium HEPES pH 7.5; 0.1M MOPS (acid) pH 7.5; 18% PEGMME 550; 18% PEG 20K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→65.09 Å / Num. obs: 32282 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.82→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 2.141 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2344 / Rpim(I) all: 0.465 / Rrim(I) all: 2.192

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DXR

4dxr


解像度: 1.82→65.09 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 18.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1817 2976 5.02 %
Rwork0.1587 --
obs0.1598 32230 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→65.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1797 0 26 236 2059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131926
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9952620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.643726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8201-1.84990.3451340.30552684X-RAY DIFFRACTION100
1.8499-1.88180.26921540.28812726X-RAY DIFFRACTION100
1.8818-1.9160.29541700.27562650X-RAY DIFFRACTION100
1.916-1.95290.24221390.25412634X-RAY DIFFRACTION100
1.9529-1.99270.28241450.23512688X-RAY DIFFRACTION100
1.9927-2.03610.24241400.21052658X-RAY DIFFRACTION100
2.0361-2.08340.25781500.20342696X-RAY DIFFRACTION100
2.0834-2.13550.19811210.1852695X-RAY DIFFRACTION100
2.1355-2.19330.22521420.18542683X-RAY DIFFRACTION100
2.1933-2.25780.19891350.17252676X-RAY DIFFRACTION100
2.2578-2.33070.17591310.16312690X-RAY DIFFRACTION100
2.3307-2.4140.19651880.15832658X-RAY DIFFRACTION100
2.414-2.51070.17121590.15492658X-RAY DIFFRACTION100
2.5107-2.62490.22341450.15212671X-RAY DIFFRACTION100
2.6249-2.76330.18021410.15892707X-RAY DIFFRACTION100
2.7633-2.93650.16331220.1562680X-RAY DIFFRACTION100
2.9365-3.16320.16841470.1572685X-RAY DIFFRACTION100
3.1632-3.48150.15731010.14942722X-RAY DIFFRACTION100
3.4815-3.98520.16131370.1342687X-RAY DIFFRACTION100
3.9852-5.02070.14121440.1192684X-RAY DIFFRACTION100
5.0207-65.13370.1761310.16172701X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9453-0.36631.39031.138-1.28394.25360.02970.1047-0.00820.0197-0.0490.0524-0.0298-0.010.01620.26470.01620.02880.2846-0.00920.31429.700224.366282.1059
25.4869-4.8081-5.67256.51185.41696.10650.06321.69350.45470.1474-0.10390.11810.397-1.42850.18510.63390.03540.00360.83120.1030.43843.337937.762954.2833
33.2204-0.04470.03431.55630.25451.33610.02170.05290.1521-0.0481-0.10280.0868-0.1147-0.10740.0980.28120.0318-0.01240.2636-0.00050.273922.951634.912574.0994
43.90561.11590.93053.76360.36442.28150.0839-0.04310.10150.0449-0.12420.49470.0473-0.3387-0.0260.24010.03170.02110.2965-0.0390.267318.783133.559374.7753
52-2.323-6.36468.941-0.15514.32172.0625-2.4547-0.3234.6262-0.5537-2.8911.44753.1771-1.39241.670.0785-0.45932.0631-0.28931.08999.530546.121258.9434
63.8405-3.75482.29423.8136-1.93328.35610.62870.76110.2446-0.5018-0.99030.7520.1472-0.86270.30190.50710.0206-0.12030.5801-0.02750.509318.107737.00757.3898
77.53425.3994-4.29234.8747-3.95753.29360.01270.76990.4458-0.52950.40240.4333-0.8969-0.7438-0.3820.68290.0626-0.01110.55060.05180.331227.343231.341455.5288
85.8279-4.42132.88214.6242-4.98137.57970.69080.5032-1.4307-1.20470.43962.1030.8735-1.2678-1.13350.5158-0.0478-0.17650.6045-0.05650.660220.924816.78863.6841
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 615:661)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 662:678)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 679:774)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 775:812)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 8769:8773)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 8774:8781)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 8782:8788)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 8789:8797)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る