+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r07 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | T. cruzi FPPS in complex with 2-(5-chlorobenzo[b]thiophen-3-yl)acetic acid | ||||||
要素 | Farnesyl diphosphate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / farnesyl diphosphate synthase / sterol biosynthesis / farnesyl pyrophosphate / homodimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / membrane / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å | ||||||
データ登録者 | Petrick, J.K. / Muenzker, L. / Schleberger, C. / Jahnke, W. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Thesis / 年: 2019 タイトル: Targeting farnesyl pyrophosphate synthase of Trypanosoma cruzi by fragment-based lead discovery 著者: Petrick, J.K. / Jahnke, W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6r07.cif.gz | 162.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6r07.ent.gz | 125.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6r07.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6r07_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6r07_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6r07_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6r07_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/6r07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/6r07 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41359.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WS26 |
---|
-非ポリマー , 5種, 274分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 化合物 | ChemComp-DMS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 % / Mosaicity: 0.06 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 80 mM MES: 8.5 mM ZnSO4: 19.42 % PEG MME 550: 15% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99984 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99984 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.568→65.751 Å / Num. obs: 56620 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 18.8 % / Biso Wilson estimate: 30.14 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.568→1.595 Å / 冗長度: 18.8 % / Rmerge(I) obs: 4.446 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2739 / CC1/2: 0.342 / Rpim(I) all: 1.043 / Rrim(I) all: 4.568 / Rsym value: 4.446 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_TRA
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4DWG 解像度: 1.57→50.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU R Cruickshank DPI: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.086 / SU Rfree Blow DPI: 0.084 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.079
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 128.32 Å2 / Biso mean: 36.61 Å2 / Biso min: 19.48 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.57→50.09 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.57→1.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -8.7215 Å / Origin y: -17.6415 Å / Origin z: -20.3453 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |