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- PDB-6qyb: Streptomyces lividans Ccsp mutant - H111A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qyb
タイトルStreptomyces lividans Ccsp mutant - H111A
要素cytosolic copper storage protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Streptomyces / copper / homeostasis / storage
機能・相同性Protein of unknown function DUF326 / Domain of Unknown Function (DUF326) / Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ-like / metal ion binding / COPPER (I) ION / Four-helix bundle copper-binding protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces lividans 1326 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Straw, M.L. / Hough, M.A.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2019
タイトル: A Histidine Residue and a Tetranuclear Cuprous-thiolate Cluster Dominate the Copper Loading Landscape of a Copper Storage Protein from Streptomyces lividans.
著者: Straw, M.L. / Hough, M.A. / Wilson, M.T. / Worrall, J.A.R.
履歴
登録2019年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.version
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cytosolic copper storage protein
B: cytosolic copper storage protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,41541
ポリマ－24,9372
非ポリマー2,47839
水2,126118
1
A: cytosolic copper storage protein
B: cytosolic copper storage protein
ヘテロ分子

A: cytosolic copper storage protein
B: cytosolic copper storage protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,83082
ポリマ－49,8734
非ポリマー4,95778
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area10760 Å2
ΔGint-352 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.276, 62.202, 65.169
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-332-

HOH

21B-318-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 17 - 136 / Label seq-ID: 1 - 120

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 cytosolic copper storage protein


分子量: 12468.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans 1326 (バクテリア)
遺伝子: SCO3281 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X8F4
#2: 化合物...
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Ammonium sulfate, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→65.28 Å / Num. obs: 86182 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.18→1.2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.809 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3562 / CC1/2: 0.61 / Rpim(I) all: 0.491 / Rrim(I) all: 0.951 / % possible all: 81.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EI0

6ei0


解像度: 1.18→65.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.435 / SU ML: 0.044 / SU R Cruickshank DPI: 0.0373 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.035
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 4301 5 %RANDOM
Rwork0.1821 ---
obs0.1827 81782 98.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 55.99 Å2 / Biso mean: 20.41 Å2 / Biso min: 8.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.02 Å20 Å20 Å2
2---3.89 Å20 Å2
3---0.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.18→65.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1696 0 39 118 1853
Biso mean--16.71 30.87 -
残基数----240
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0131722
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0171568
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3991.642330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6031.5773620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9275242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.2520.43592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.48315280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6031520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02358
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.63533290
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3606 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.18→1.211 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 222 -
Rwork0.376 5180 -
all-5402 -
obs--83.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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