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万見
- PDB-6qxv: Pink beam serial crystallography: Proteinase K, 1 us exposure, 15... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qxv
タイトルPink beam serial crystallography: Proteinase K, 1 us exposure, 1585 patterns merged (2 chips)
要素Proteinase K
キーワードHYDROLASE / pink beam / fixed-target / serial crystallography / proteinase K
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Tolstikova, A. / Oberthuer, D. / Meents, A.
資金援助 ドイツ, 5件
組織認可番号国
European Commission637295
German Federal Ministry for Education and Research031B0405D ドイツ
European Research Council609920
European Union654220
German Federal Ministry for Education and Research05K2018 - 2017-06727 ドイツ
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: 1 kHz fixed-target serial crystallography using a multilayer monochromator and an integrating pixel detector.
著者: Tolstikova, A. / Levantino, M. / Yefanov, O. / Hennicke, V. / Fischer, P. / Meyer, J. / Mozzanica, A. / Redford, S. / Crosas, E. / Opara, N.L. / Barthelmess, M. / Lieske, J. / Oberthuer, D. / ...著者: Tolstikova, A. / Levantino, M. / Yefanov, O. / Hennicke, V. / Fischer, P. / Meyer, J. / Mozzanica, A. / Redford, S. / Crosas, E. / Opara, N.L. / Barthelmess, M. / Lieske, J. / Oberthuer, D. / Wator, E. / Mohacsi, I. / Wulff, M. / Schmitt, B. / Chapman, H.N. / Meents, A.
履歴
登録2019年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,20217
ポリマ－28,9591
非ポリマー1,24316
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area10620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.620, 68.620, 104.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-461-

HOH

21A-570-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase


分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S312D mutation / 由来: (組換発現) Parengyodontium album (菌類) / 遺伝子: PROK / 発現宿主: Engyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.1M CHC buffer pH 6.6, 0.7M ammonium sulphate and 10mM calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID09 / 波長: 0.80580-0.8262
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月15日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.80581
20.82621
反射解像度: 1.94→21.7 Å / Num. obs: 18492 / % possible obs: 96.25 % / 冗長度: 23.1 % / Biso Wilson estimate: 22.79 Å2 / CC1/2: 0.8763 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 1.94→2.009 Å / CC1/2: 0.7166
Serial crystallography sample delivery解説: Roadrunner II / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: Roadrunner II

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CrystFEL0.6.3データ削減
CrystFEL0.6.3データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KXV

5kxv


解像度: 1.94→21.7 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 1767 9.59 %
Rwork0.1702 --
obs0.1756 18429 96.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.6 Å2 / Biso mean: 26.0448 Å2 / Biso min: 8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→21.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2032 0 60 187 2279
Biso mean--66.62 37.35 -
残基数----279
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.94-1.99240.3058970.233289399069
1.9924-2.0510.27641230.21681171129489
2.051-2.11720.2691320.18151247137997
2.1172-2.19280.22811370.17241297143499
2.1928-2.28050.23771370.153812941431100
2.2805-2.38410.22651390.151213131452100
2.3841-2.50970.20351390.15481306144599
2.5097-2.66660.2021400.156413081448100
2.6666-2.87210.24321400.161713341474100
2.8721-3.16030.22341400.16213271467100
3.1603-3.61580.19941430.148813491492100
3.6158-4.54870.18051460.145713731519100
4.5487-21.70090.27091540.213714501604100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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