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- PDB-6qwg: Serial Femtosecond Crystallography Structure of Cu Nitrite Reduct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qwg
タイトルSerial Femtosecond Crystallography Structure of Cu Nitrite Reductase from Achromobacter cycloclastes: Nitrite complex at Room Temperature
要素Copper-containing nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Copper nitrite reductase / serial femtosecond crystallography / ligand binding / damage free structure
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin ...Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / NITRITE ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Achromobacter cycloclastes (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ebrahim, A. / Moreno-Chicano, T. / Appleby, M.V. / Worrall, J.W. / Duyvesteyn, H.M.E. / Strange, R.W. / Beale, J. / Axford, D. / Sherrell, D.A. / Sugimoto, H. ...Ebrahim, A. / Moreno-Chicano, T. / Appleby, M.V. / Worrall, J.W. / Duyvesteyn, H.M.E. / Strange, R.W. / Beale, J. / Axford, D. / Sherrell, D.A. / Sugimoto, H. / Owada, S. / Tono, K. / Owen, R.L.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M022714/1 英国
Leverhulme TrustRPG-2014-0355 英国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: High-throughput structures of protein-ligand complexes at room temperature using serial femtosecond crystallography.
著者: Moreno-Chicano, T. / Ebrahim, A. / Axford, D. / Appleby, M.V. / Beale, J.H. / Chaplin, A.K. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ghiladi, R.A. / Owada, S. / Sherrell, D.A. / Strange, R.W. / Sugimoto, H. / ...著者: Moreno-Chicano, T. / Ebrahim, A. / Axford, D. / Appleby, M.V. / Beale, J.H. / Chaplin, A.K. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ghiladi, R.A. / Owada, S. / Sherrell, D.A. / Strange, R.W. / Sugimoto, H. / Tono, K. / Worrall, J.A.R. / Owen, R.L. / Hough, M.A.
履歴
登録2019年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年1月15日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_entry_details / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6954
ポリマ－36,5221
非ポリマー1733
水2,162120
1
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,08612
ポリマ－109,5673
非ポリマー5199
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
Buried area13440 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area33430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.600, 97.600, 97.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-555-

HOH

21A-620-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Copper-containing nitrite reductase / Cu-NIR


分子量: 36522.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Achromobacter cycloclastes (バクテリア)
遺伝子: nirK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25006, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.02 % / 解説: Microcrystals
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 4.5
詳細: 20 mg per ml AcNiR in 20 mM Tris HCl pH 7.5 mixed with 2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 4.5 in a ratio of 1 to 3 and mixed by vortexing for 60sec

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データ収集

回折平均測定温度: 301 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.23 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.65 Å / Num. obs: 24729 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3281 % / CC1/2: 0.99 / R split: 0.0973 / Net I/σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / Num. unique obs: 2438 / CC1/2: 0.63 / R split: 0.586 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GB8

6gb8


解像度: 1.9→43.648 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1723 1001 4.05 %
Rwork0.1368 --
obs0.1382 24698 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.82 Å2 / Biso mean: 37.1104 Å2 / Biso min: 24.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→43.648 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2574 0 5 120 2699
Biso mean--39.27 43.52 -
残基数----333
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.9003-2.00040.31851420.239833563498
2.0004-2.12580.20571390.151133433482
2.1258-2.28990.18621420.143533523494
2.2899-2.52030.2321430.149733523495
2.5203-2.8850.20131410.152533923533
2.885-3.63450.16671440.135634013545
3.6345-43.65950.13761500.118435013651

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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