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- PDB-6qvf: TT_C0855 competence pilin from Thermus thermophilus HB27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qvf
タイトルTT_C0855 competence pilin from Thermus thermophilus HB27
要素Prepilin-like protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Type IV pilin / natural competence
機能・相同性Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / cell outer membrane / periplasmic space / Prepilin-like protein
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Derrick, J.P. / Salleh, M.Z. / Levy, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust093388/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: Structure and Properties of a Natural Competence-Associated Pilin Suggest a Unique Pilus Tip-Associated DNA Receptor.
著者: Salleh, M.Z. / Karuppiah, V. / Snee, M. / Thistlethwaite, A. / Levy, C.W. / Knight, D. / Derrick, J.P.
履歴
登録2019年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prepilin-like protein
B: Prepilin-like protein
C: Prepilin-like protein
D: Prepilin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0324
ポリマ－75,0324
非ポリマー00
水18,1231006
1
A: Prepilin-like protein
B: Prepilin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5162
ポリマ－37,5162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Prepilin-like protein
D: Prepilin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5162
ポリマ－37,5162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.588, 137.815, 59.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGAA32 - 2013 - 172
21ARGARGBB32 - 2013 - 172
12ALAALAAA33 - 2014 - 172
22ALAALACC33 - 2014 - 172
13ARGARGAA32 - 2013 - 172
23ARGARGDD32 - 2013 - 172
14ALAALABB33 - 2014 - 172
24ALAALACC33 - 2014 - 172
15LEULEUBB31 - 2012 - 172
25LEULEUDD31 - 2012 - 172
16ALAALACC33 - 2014 - 172
26ALAALADD33 - 2014 - 172

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999997, -0.001931, -0.001437), (-0.002308, 0.938348, 0.345685), (0.000681, 0.345687, -0.93835)56.60302, -6.03092, 34.2253
3given(1), (1), (1)
4given(0.999985, 0.001065, 0.00534), (0.001039, -0.999987, 0.00498), (0.005345, -0.004975, -0.999973)-0.18892, 133.43457, 59.429852
5given(1), (1), (1)
6given(-0.999964, -0.001026, 0.008448), (-0.001944, -0.938914, -0.344145), (0.008285, -0.344149, 0.938878)56.255711, 139.70108, 24.53516
7given(1), (1), (1)
8given(-0.999986, 0.001042, -0.005157), (0.000775, -0.94034, -0.340235), (-0.005203, -0.340234, 0.940326)56.460651, 139.677155, 24.551109
9given(1), (1), (1)
10given(0.999976, 0.003315, -0.006066), (0.003329, -0.999992, 0.002173), (-0.006059, -0.002194, -0.999979)-0.04418, 133.37117, 59.47612
11given(1), (1), (1)
12given(-0.999913, -0.003639, 0.012674), (0.000873, 0.940782, 0.339011), (-0.013157, 0.338992, -0.940697)56.261372, -6.03466, 35.23877

-
要素

#1: タンパク質
Prepilin-like protein


分子量: 18758.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: sequence GSGSWSHPQFEK corresponds to inserted linker and Strep tag
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: pilA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KPZ3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1006 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium nitrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5, and 18% v/v PEG Smear High

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→69 Å / Num. obs: 154421 / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.39→1.44 Å / 冗長度: 2.9 % / % possible all: 59.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.44→68.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.093 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.062
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1893 1703 1.3 %RANDOM
Rwork0.1513 ---
obs0.1518 128589 89.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.75 Å2 / Biso mean: 25.144 Å2 / Biso min: 11.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å2-0 Å2-0.4 Å2
2---1.17 Å2-0 Å2
3---1.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.44→68.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5174 0 0 1006 6180
Biso mean---36.95 -
残基数----687
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0145342
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4351.6727323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0521.62510929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5595683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.15719.851268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.38215736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6691551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02954
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.72339969
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.5645609
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.423510198
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.87

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1A12774.06
2A12663.94
3A12775.2
4B12664.67
5B12854.25
6C12664.5
LS精密化 シェル解像度: 1.44→1.477 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 101 -
Rwork0.315 7410 -
all-7511 -
obs--69.95 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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