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万見
- PDB-6qv8: Staphylococcus aureus superoxide dismutase SodM double mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qv8
タイトルStaphylococcus aureus superoxide dismutase SodM double mutant
要素Superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SUPEROXIDE DISMUTASE / CAMBIALISTIC / STAPHYLOCOCCUS AUREUS / METALLOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal ...Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase [Mn/Fe] 2 / Superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Basle, A. / Barwinska-Sendra, A. / Waldron, K.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilDTP 英国
Wellcome Trust098675/Z/12/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: An evolutionary path to altered cofactor specificity in a metalloenzyme.
著者: Barwinska-Sendra, A. / Garcia, Y.M. / Sendra, K.M. / Basle, A. / Mackenzie, E.S. / Tarrant, E. / Card, P. / Tabares, L.C. / Bicep, C. / Un, S. / Kehl-Fie, T.E. / Waldron, K.J.
履歴
登録2019年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0654
ポリマ－45,9562
非ポリマー1102
水5,783321
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.210, 144.210, 49.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase


分子量: 22977.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: sodA, sodM, BN1321_40056, BTN44_00625, CSC83_08500, CV021_03995, EP54_06740, EQ90_09180, ERS072840_00559, HMPREF3211_00238, M1K003_0636, NCTC10654_00163, NCTC10702_00282, NCTC11940_00074, ...遺伝子: sodA, sodM, BN1321_40056, BTN44_00625, CSC83_08500, CV021_03995, EP54_06740, EQ90_09180, ERS072840_00559, HMPREF3211_00238, M1K003_0636, NCTC10654_00163, NCTC10702_00282, NCTC11940_00074, NCTC13131_06218, NCTC13196_01115, NCTC5664_00801, RK64_01130, SAMEA1466939_02412, SAMEA1708674_03236
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: W8UU58, UniProt: Q2G261*PLUS, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.74 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 39.1 mM Bicine, 60.9 mM Trizma pH 8.5, 20 % PEG 550 MME and 10 % PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→47.2 Å / Num. obs: 93785 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 11.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 51823 / CC1/2: 0.659 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
GDAデータ収集
xia2データ削減
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EX4

6ex4


解像度: 1.5→47.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.844 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1719 5090 5.1 %RANDOM
Rwork0.13844 ---
obs0.14013 94477 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.266 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.74 Å20.87 Å20 Å2
2--1.74 Å2-0 Å2
3----5.65 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3230 0 2 321 3553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0133348
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6551.6434561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5691.5786879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2745402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.0424.696181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.66115556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.487158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02688
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7322.8011590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7242.7991589
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2354.2211986
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2354.2221987
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6793.1921758
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6793.1921758
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2624.6142571
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.78233.1373902
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.72332.8463855
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.16236295
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.508 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 369 -
Rwork0.277 6967 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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