PDB-6qv7: Crystal structure of a CHAD domain from Chlorobium tepidum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qv7

タイトル

Crystal structure of a CHAD domain from Chlorobium tepidum

要素

Uncharacterized protein

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / four-helix bundle / inorganic polyphosphate binding protein / all alpha-helical protein

機能・相同性

機能・相同性情報

CHAD domain / CHAD domain / CHAD domain superfamily / CHAD / CHAD domain / CHAD domain / CHAD domain profile. / Alpha solenoid / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Chlorobaculum tepidum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Lorenzo-Orts, L. / Hothorn, M.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2019
タイトル: Molecular characterization of CHAD domains as inorganic polyphosphate-binding modules.
著者: Lorenzo-Orts, L. / Hohmann, U. / Zhu, J. / Hothorn, M.

履歴

登録	2019年3月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月5日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qv7.cif.gz	150.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qv7.ent.gz	118.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qv7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/6qv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/6qv7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qv5C 6qvaC 3e0sS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1c7r-2 4l76-d 5jxf-4 5bnb-d 5jxf-2 6jvz-d 5jxf-1 3ifs-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
151 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.483, 95.735, 102.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-718- HOH
2	1	A-739- HOH
3	1	A-801- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 36249.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlorobaculum tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS) (バクテリア) 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 遺伝子: CT0884 / プラスミド: pMH-HT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8KE09
#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2 M (NH4)2SO4, 5 % isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.977948 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977948 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→36.805 Å / Num. obs: 70380 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 39.3 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.074 / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.72→1.82 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 11411 / CC_1/2: 0.5 / R_rim(I) all: 2.21 / R_sym value: 2.05 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3e0s

3e0s

解像度: 1.72→36.805 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.79

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2218	3510	4.99 %
R_work	0.1887	-	-
obs	0.1903	70305	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→36.805 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2533	0	88	179	2800

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2707
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.071	3646
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.589	2254
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	398
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	468

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7199-1.7434	0.4097	142	0.4103	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7434-1.7683	0.404	136	0.3881	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7683-1.7947	0.3105	141	0.3668	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7947-1.8228	0.4023	140	0.331	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8228-1.8527	0.4108	137	0.3033	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8527-1.8846	0.355	136	0.2984	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8846-1.9189	0.3031	139	0.2884	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9189-1.9558	0.3061	142	0.2758	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9558-1.9957	0.3021	144	0.2626	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9957-2.0391	0.2617	139	0.2371	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0391-2.0865	0.2746	142	0.2177	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0865-2.1387	0.2425	141	0.2006	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1387-2.1965	0.2443	144	0.188	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1965-2.2611	0.2227	143	0.186	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2611-2.3341	0.234	146	0.1844	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3341-2.4175	0.2487	143	0.1802	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4175-2.5143	0.2082	136	0.1797	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5143-2.6287	0.2545	142	0.188	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6287-2.7672	0.2313	141	0.1855	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7672-2.9405	0.2008	143	0.1819	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9405-3.1675	0.2121	144	0.1787	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1675-3.486	0.1865	143	0.1739	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.486-3.9899	0.194	137	0.1594	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9899-5.0249	0.1496	136	0.1501	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0249-36.8132	0.2469	133	0.1899	2691	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1163	-0.769	-4.3807	7.4839	-0.724	4.9426	-0.734	1.2461	-1.5384	0.1969	-0.0526	0.8088	0.5819	-1.9081	0.6613	0.5095	-0.0375	0.0305	0.8083	-0.108	0.5152	15.0073	-2.8184	9.9511
2	4.938	-2.8233	-2.7309	3.5336	1.3512	2.9851	0.0817	0.5798	-0.2402	-0.0604	-0.1964	0.2972	-0.2407	-0.4402	0.1474	0.3049	-0.0188	-0.0176	0.2909	-0.0204	0.2557	11.6018	10.4868	14.8123
3	5.3527	-1.7283	-6.775	0.5597	1.6434	7.4131	0.492	-0.2095	0.7185	-0.0809	0.0264	-0.1066	-0.6353	0.1341	-0.4783	0.3715	0.0194	-0.0034	0.2854	0.0057	0.3237	12.1827	18.4687	22.1692
4	3.5885	0.0525	-3.906	2.0308	-0.7862	4.0018	0.2304	0.386	0.2122	-0.1631	0.116	0.074	-0.3151	-0.4888	-0.3878	0.3213	0.0109	-0.0322	0.2938	-0.0234	0.3318	-4.2924	20.6994	34.0273
5	9.6567	-7.0389	-1.2742	6.0745	0.445	2.1021	0.1149	0.3115	0.4204	0.0662	-0.1327	-0.2163	-0.2241	-0.1551	-0.031	0.325	-0.0051	-0.0088	0.3041	0.0117	0.2688	21.7855	14.2784	6.9587
6	1.953	-0.7238	-1.8223	2.9035	-0.7447	2.4442	-0.0712	-0.4048	-0.0883	0.2152	0.222	-0.2903	-0.066	1.4116	-0.1504	0.2668	0.0334	-0.0022	0.4661	-0.01	0.3736	26.5822	-3.9766	26.3442
7	3.1071	0.0509	-2.3655	6.5895	5.1555	7.6754	0.0093	-0.1491	-0.1441	0.3391	0.0456	-0.1557	0.1809	0.1525	-0.0875	0.2014	0.0408	0.0115	0.2568	0.0528	0.3043	16.9881	-2.673	27.7389
8	4.0097	-4.9528	-2.8725	8.3659	4.1796	4.7351	-0.1086	-0.0702	0.1187	0.2428	0.1015	-0.2653	0.1514	0.0804	0.0082	0.1836	-0.0318	-0.0085	0.1928	0.0126	0.2093	6.9627	9.9842	43.1185
9	6.638	-0.1454	-2.0812	9.2634	0.2958	2.0539	-0.9885	-0.3117	-0.9537	-0.0199	0.2133	-0.3393	1.8694	0.5418	0.7999	0.5726	0.1478	0.0908	0.4061	0.0086	0.5179	22.1544	-14.6008	24.869

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 207 through 220 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 221 through 274 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 275 through 303 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 304 through 342 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 343 through 375 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 376 through 397 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 398 through 440 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 441 through 505 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 506 through 522 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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