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- PDB-6qv3: Crystal structure of the Ski2 RNA-helicase Brr2 from Chaetomium t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qv3
タイトルCrystal structure of the Ski2 RNA-helicase Brr2 from Chaetomium thermophilum bound to ADP
要素Pre-mRNA splicing helicase-like protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Helicase ADP Brr2 Ski2 Chaetomium thermophilum splicing RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / mRNA processing / nucleic acid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Sec63 Brl domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / C2 domain superfamily ...Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Sec63 Brl domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / C2 domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Pre-mRNA splicing helicase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Absmeier, E. / Santos, K.F. / Wahl, M.C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Molecular Mechanism Underlying Inhibition of Intrinsic ATPase Activity in a Ski2-like RNA Helicase.
著者: Absmeier, E. / Santos, K.F. / Wahl, M.C.
履歴
登録2019年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA splicing helicase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,9407
ポリマ－196,4421
非ポリマー1,4986
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area71710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.174, 125.174, 127.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA splicing helicase-like protein


分子量: 196442.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0009470 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G0S0B9
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris-HCl, PEG 8000, calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.796→50 Å / Num. obs: 54974 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 5.19
反射 シェル解像度: 2.796→2.97 Å / CC1/2: 0.201 / Rrim(I) all: 1.731

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M59

5m59


解像度: 2.9→44.652 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2709 2447 4.96 %
Rwork0.2203 --
obs0.2228 49298 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→44.652 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13284 0 90 43 13417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313669
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60818554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0548290
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422094
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042361
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.95920.42061430.35292761X-RAY DIFFRACTION99
2.9592-3.02350.38351420.33672740X-RAY DIFFRACTION100
3.0235-3.09380.37081410.31352773X-RAY DIFFRACTION99
3.0938-3.17120.34381400.29772710X-RAY DIFFRACTION99
3.1712-3.25690.37271460.2932783X-RAY DIFFRACTION100
3.2569-3.35270.34411440.27642742X-RAY DIFFRACTION99
3.3527-3.46090.30241420.26272765X-RAY DIFFRACTION100
3.4609-3.58450.3511480.24752771X-RAY DIFFRACTION100
3.5845-3.7280.31481460.25952721X-RAY DIFFRACTION99
3.728-3.89760.29911460.22792789X-RAY DIFFRACTION100
3.8976-4.10290.25831460.21092726X-RAY DIFFRACTION100
4.1029-4.35980.21821480.18362767X-RAY DIFFRACTION100
4.3598-4.69610.21651460.17392768X-RAY DIFFRACTION100
4.6961-5.1680.24281350.18072752X-RAY DIFFRACTION100
5.168-5.91440.26151330.20122795X-RAY DIFFRACTION100
5.9144-7.44590.26041460.2212763X-RAY DIFFRACTION100
7.4459-44.6570.20041550.17512725X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -100.5749 Å / Origin y: 185.6129 Å / Origin z: -16.1505 Å
111213212223313233
T0.4505 Å20.1116 Å20.1156 Å2-0.5373 Å20.0929 Å2--0.5879 Å2
L0.8661 °2-0.024 °2-0.1682 °2-0.5272 °2-0.3744 °2--1.6103 °2
S0.0033 Å °-0.0037 Å °0.0333 Å °0.2205 Å °0.1543 Å °0.1612 Å °-0.0726 Å °-0.6413 Å °-0.0721 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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