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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qtf | ||||||
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タイトル | Solution NMR of synthetic analogues of nisin and mutacin ring A and ring B - Mutacin I Ring B, major conformer | ||||||
![]() | DCY-LEU-GLY-ALA-THR | ||||||
![]() | ANTIBIOTIC / PEPTIDE ANTIBIOTIC / LANTIBIOTIC / ANTIMICROBIAL / BACTERIOCIN / THIOESTER | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Dickman, R. / Mitchell, S.A. / Figueiredo, A. / Hansen, D.F. / Tabor, A.B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular Recognition of Lipid II by Lantibiotics: Synthesis and Conformational Studies of Analogues of Nisin and Mutacin Rings A and B. 著者: Dickman, R. / Mitchell, S.A. / Figueiredo, A.M. / Hansen, D.F. / Tabor, A.B. #1: ![]() タイトル: A chemical biology approach to understanding molecular recognition of lipid II by nisin: Solid-phase synthesis and NMR ensemble analysis of nisin(1-12) and a synthetic analogue. 著者: Dickman, R. / Danelius, E. / Mitchell, S.A. / Hansen, D.F. / Erdelyi, M. / Tabor, A.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 20.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 13.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6qm1C ![]() 6qyrC ![]() 6qysC ![]() 6qytC ![]() 6qyuC ![]() 6qyvC ![]() 6qywC C: 同じ文献を引用 ( |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 463.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: lyophilized powder / 内容: 13.0 mg/mL Mutacin I ring B, DMSO 詳細: HPLC purified peptide (TFA salt) was dissolved directly in DMSO Label: sample_1 / 溶媒系: DMSO |
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試料 | 濃度: 13.0 mg/mL / 構成要素: Mutacin I ring B / Isotopic labeling: natural abundance |
試料状態 | イオン強度: TFA salt Not defined / Label: DMSO_rt / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |