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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qt5 | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Radiation damage study on a 16mer DNA segment, structure at 63.7 MGy dose | |||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / radiation damage / global damage / specific damage | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | データ登録者 | Bugris, V. / Harmat, V. / Ferenc, G. / Brockhauser, S. / Carmichael, I. / Garman, E.F. | 資金援助 | ドイツ, ハンガリー, 2件 |
引用 | ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2019 | タイトル: Radiation-damage investigation of a DNA 16-mer. 著者: Bugris, V. / Harmat, V. / Ferenc, G. / Brockhauser, S. / Carmichael, I. / Garman, E.F. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qt5.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qt5.ent.gz | 13.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qt5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6qt5_validation.pdf.gz | 370.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6qt5_full_validation.pdf.gz | 371.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6qt5_validation.xml.gz | 3.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6qt5_validation.cif.gz | 3.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/6qt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/6qt5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4898.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Self complementary model DNA sequence derived from kB33 DNA segment. The present sequence is one nucleotide shorter than that of PDB structure 1SGS. 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.49 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 2 microliter 1.5 mM DNA solution (5mM HEPES pH 6.6) plus 2 microliter 10 mM HEPES pH 6.6 plus 4 microliter reservoir solution, against a reservoir of 1 ml 34% PEG200, 600 mM CaCl2 and 10 mM HEPES pH 8.6. PH範囲: 8.6-6.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→31.4 Å / Num. obs: 3912 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 2.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 6QT1 解像度: 1.8→31.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 8.018 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.206 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. The final model of the lowest dose dataset 6QT1 was further refined against the current dataset collected at higher dose.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 125.48 Å2 / Biso mean: 57.182 Å2 / Biso min: 33.29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→31.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.801→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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