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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qsk
タイトルCrystal structure of a nucleotide sugar transporter with bound nucleotide monophosphate.
要素GDP-mannose transporter 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Golgi transporter / SLC35 / GDP-mannose transport / glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-mannose transmembrane transporter activity / GDP-mannose transmembrane transport / antiporter activity / cytoplasmic vesicle membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
UAA transporter / : / UAA transporter family
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / GDP-mannose transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.394 Å
データ登録者Newstead, S. / Parker, J.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust102890/Z/13/A 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for substrate specificity and regulation of nucleotide sugar transporters in the lipid bilayer.
著者: Parker, J.L. / Corey, R.A. / Stansfeld, P.J. / Newstead, S.
履歴
登録2019年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-mannose transporter 1
B: GDP-mannose transporter 1
C: GDP-mannose transporter 1
D: GDP-mannose transporter 1
E: GDP-mannose transporter 1
F: GDP-mannose transporter 1
G: GDP-mannose transporter 1
H: GDP-mannose transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,18214
ポリマ－296,3568
非ポリマー1,8266
水18010
1
A: GDP-mannose transporter 1
E: GDP-mannose transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1655
ポリマ－74,0892
非ポリマー1,0763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area29900 Å2
手法PISA
2
B: GDP-mannose transporter 1

G: GDP-mannose transporter 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0892
ポリマ－74,0892
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area30750 Å2
手法PISA
3
C: GDP-mannose transporter 1
ヘテロ分子

H: GDP-mannose transporter 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4523
ポリマ－74,0892
非ポリマー3631
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area30250 Å2
手法PISA
4
D: GDP-mannose transporter 1
F: GDP-mannose transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4754
ポリマ－74,0892
非ポリマー3862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area30280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.705, 102.716, 181.253
Angle α, β, γ (deg.)89.93, 90.08, 90.19
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
GDP-mannose transporter 1 / GMT 1 / Low dye-binding protein 3 / Morphogenesis checkpoint-dependent protein 3 / Vanadate ...GMT 1 / Low dye-binding protein 3 / Morphogenesis checkpoint-dependent protein 3 / Vanadate resistance glycosylation protein 4


分子量: 37044.504 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: VRG4, GOG5, LDB3, MCD3, VAN2, VIG4, YGL225W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40107
#2: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: 26 - 30 % (v/v) PEG 400, 0.1 M sodium citrate pH 5.0 and 75 mM sodium chloride or sodium acetate. GMP was soaked in at 20mM overnight.

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データ収集

回折平均測定温度: 83 K / Ambient temp details: 277 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→49.43 Å / Num. obs: 44054 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 68.12 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 3.39→3.52 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4492 / CC1/2: 0.523 / Rpim(I) all: 0.61 / Rrim(I) all: 0.92 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3360: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OGE

5oge


解像度: 3.394→49.428 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 36.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3196 2129 4.84 %
Rwork0.2527 --
obs0.2559 43971 96.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.394→49.428 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18492 0 123 10 18625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01219017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38125795
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.20411137
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093124
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3942-3.47310.39171570.31552562X-RAY DIFFRACTION90
3.4731-3.560.34221170.30942832X-RAY DIFFRACTION96
3.56-3.65620.35361750.29572745X-RAY DIFFRACTION97
3.6562-3.76380.35551130.28072836X-RAY DIFFRACTION97
3.7638-3.88520.37441400.27672809X-RAY DIFFRACTION97
3.8852-4.0240.34351430.28642806X-RAY DIFFRACTION98
4.024-4.1850.42661440.29572859X-RAY DIFFRACTION97
4.185-4.37540.37851590.27792744X-RAY DIFFRACTION97
4.3754-4.60590.32821330.23592865X-RAY DIFFRACTION97
4.6059-4.89420.31311680.2342792X-RAY DIFFRACTION98
4.8942-5.27170.25871300.23692773X-RAY DIFFRACTION97
5.2717-5.80150.33711700.25212851X-RAY DIFFRACTION98
5.8015-6.63930.34431380.27052819X-RAY DIFFRACTION98
6.6393-8.35820.34721090.22422792X-RAY DIFFRACTION96
8.3582-49.43320.20511330.20722757X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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