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- PDB-6qrq: Apo conformation of chemotaxis sensor ODP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qrq
タイトルApo conformation of chemotaxis sensor ODP
要素Oxygen-binding diiron protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / chemotaxis sensor / diiron-peroxo adduct / phosphatase
機能・相同性ODP domain / ODP family beta lactamase / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Lactamase_B domain-containing protein / Lactamase_B domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.562 Å
データ登録者Muok, A.R. / Crane, B.R.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorR35GM122535 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124165 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10 RR029205 米国
National Science Foundation (United States)2014155468 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: A di-iron protein recruited as an Fe[II] and oxygen sensor for bacterial chemotaxis functions by stabilizing an iron-peroxy species.
著者: Muok, A.R. / Deng, Y. / Gumerov, V.M. / Chong, J.E. / DeRosa, J.R. / Kurniyati, K. / Coleman, R.E. / Lancaster, K.M. / Li, C. / Zhulin, I.B. / Crane, B.R.
履歴
登録2019年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32022年3月30日Group: Advisory / Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Oxygen-binding diiron protein
A: Oxygen-binding diiron protein
C: Oxygen-binding diiron protein
D: Oxygen-binding diiron protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8034
ポリマ－116,8034
非ポリマー00
水1,47782
1
A: Oxygen-binding diiron protein

B: Oxygen-binding diiron protein

C: Oxygen-binding diiron protein

D: Oxygen-binding diiron protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8034
ポリマ－116,8034
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x+1/2,-y,z+1/21
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
Buried area8560 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area37650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.650, 110.725, 110.964
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Oxygen-binding diiron protein


分子量: 29200.701 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: Tmari_0010 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R4NP31, UniProt: Q9S5W7*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 7% Isopropanol, 23% polyethyleneglycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.28 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.562→49.54 Å / Num. obs: 33480 / % possible obs: 93.95 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.562→2.654 Å / CC1/2: 0.714

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.562→49.54 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2545 --
Rwork0.1906 --
obs-32132 93.95 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.562→49.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7969 0 0 82 8051

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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