PDB-6qqv: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qqv

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.712 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Development of Inhibitors againstMycobacterium abscessustRNA (m1G37) Methyltransferase (TrmD) Using Fragment-Based Approaches.
著者: Whitehouse, A.J. / Thomas, S.E. / Brown, K.P. / Fanourakis, A. / Chan, D.S. / Libardo, M.D.J. / Mendes, V. / Boshoff, H.I.M. / Floto, R.A. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Coyne, A.G.

履歴

登録	2019年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qqv.cif.gz	182.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qqv.ent.gz	144.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qqv_validation.pdf.gz	959.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qqv_full_validation.pdf.gz	961.1 KB	表示
XML形式データ	6qqv_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	6qqv_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qqqC 6qqrC 6qqtC 6qquC 6qqwC 6qqzC 6qr0C 6qr1C 6qr2C 6qr3C 6qr4C 6qr7C 6qr9C 6qraC 6qrbC 6qrcC 6qrdC 6qreC 6qrfC 6qrgC 6nvrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qqq-d 6qop-d 6qr7-d 6qov-d 5zhk-1 6qqt-d 6qoj-d 6qqw-d 5zhl-1 6qo3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.556, 77.749, 86.182
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JEW / 2-[[6-(5-azanyl-1~{H}-pyrazol-3-yl)indol-1-yl]methyl]benzenecarbonitrile 分子量: 313.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₅N₅
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9159 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.71→57.73 Å / Num. obs: 54709 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 28.68 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 14.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.71-1.8	7.5	0.658	7874	0.874	0.258	0.708	100
5.41-57.73	7	0.058	1901	0.996	0.023	0.062	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Packing: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 1.712→57.729 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.29

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2019	2893	5.29 %
R_work	0.1758	-	-
obs	0.1772	54638	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.35 Å² / B_iso mean: 33.711 Å² / B_iso min: 16.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.712→57.729 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3168	0	58	275	3501
B_iso mean	-	-	34.3	42.71	-
残基数	-	-	-	-	418

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3354
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.032	4606
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	517
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	592
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.403	1203

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.7119-1.74	0.2988	153	0.2572	2412	2565
1.74-1.77	0.2756	129	0.2409	2458	2587
1.77-1.8022	0.2746	147	0.2222	2414	2561
1.8022-1.8368	0.2657	145	0.2011	2414	2559
1.8368-1.8743	0.211	113	0.1868	2465	2578
1.8743-1.9151	0.2131	143	0.1723	2426	2569
1.9151-1.9596	0.198	129	0.1708	2453	2582
1.9596-2.0087	0.2002	129	0.1779	2424	2553
2.0087-2.063	0.1908	139	0.1785	2435	2574
2.063-2.1237	0.2178	131	0.1795	2456	2587
2.1237-2.1922	0.2327	134	0.1854	2462	2596
2.1922-2.2706	0.1862	124	0.1822	2467	2591
2.2706-2.3615	0.2046	124	0.1782	2451	2575
2.3615-2.469	0.212	158	0.1792	2438	2596
2.469-2.5991	0.2154	145	0.1794	2452	2597
2.5991-2.762	0.2276	147	0.1895	2481	2628
2.762-2.9752	0.2154	144	0.193	2452	2596
2.9752-3.2746	0.1845	110	0.1838	2513	2623
3.2746-3.7484	0.1929	129	0.1687	2531	2660
3.7484-4.7222	0.1737	166	0.1496	2502	2668
4.7222-57.7615	0.201	154	0.1696	2639	2793

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2121	0.0253	0.0412	0.079	-0.0837	0.1273	0.0826	-0.6568	0.0615	0.5128	-0.2553	0.2514	-0.135	-0.2953	-0.002	0.317	-0.0128	-0.0011	0.4112	-0.0111	0.2411	-32.4406	-13.5127	22.0438
2	-0.0119	-0.0351	0.0028	0.0287	0.016	0.002	0.3048	0.1502	0.4788	0.1362	0.1783	0.5247	0.0686	-0.2461	0.0022	0.5998	0.0943	0.0846	0.7467	-0.1864	0.7543	-33.3588	-1.5033	31.2014
3	0.419	-0.2171	0.1957	0.213	-0.1835	0.099	-0.0522	-0.2114	-0.0882	0.1476	0.1295	0.2488	0.0759	-0.2512	0.0007	0.256	-0.0339	0.0247	0.3098	0.0519	0.2705	-40.703	-19.9766	15.0283
4	0.6172	0.3042	0.4385	0.1159	0.1433	0.7959	0.003	0.0488	-0.1162	0.1246	0.038	0.0337	0.104	-0.1104	0.0001	0.1717	-0.0039	-0.0059	0.2251	0.0004	0.2602	-34.6352	-17.3086	6.3905
5	0.1805	-0.0221	0.0387	0.005	-0.0779	0.1749	-0.0727	0.0796	0.1964	-0.0855	-0.0092	-0.0285	-0.2093	0.119	-0.0001	0.2582	-0.0047	-0.0301	0.1991	-0.0179	0.2741	-20.0003	-4.3918	12.8457
6	1.117	0.1939	0.3438	-0.1429	0.2271	0.2933	0.0044	-0.0134	0.0027	0.0376	0.0167	-0.029	0.0141	-0.0717	-0	0.2061	0.0247	-0.0092	0.2056	-0.0074	0.2162	-26.9025	-11.9848	11.6673
7	0.0311	0.0173	0.0424	-0.0121	-0.0078	0.0493	0.2491	-0.0991	0.1325	-0.0067	-0.4061	0.1413	-0.4286	-0.0038	-0.0002	0.4949	-0.0265	0.0614	0.3655	-0.1107	0.3953	-19.7851	0.6041	26.8904
8	0.3036	-0.0431	-0.031	0.334	0.2165	0.09	0.0514	-0.0032	-0.0444	0.3501	0.1227	-0.2167	0.1482	0.2435	-0	0.3297	0.0344	-0.0602	0.2326	-0.0078	0.2394	1.8462	-4.7139	39.3826
9	0.302	-0.1816	0.1479	0.2017	-0.1718	0.1872	-0.066	0.1375	-0.1198	-0.1126	0.1592	-0.1951	-0.116	0.3722	0.0002	0.248	-0.0536	0.0328	0.2976	-0.023	0.2333	2.69	-2.272	24.1832
10	0.3094	-0.1714	0.0906	0.1481	-0.149	0.1064	0.033	-0.3534	-0.3723	0.3501	0.0038	0.5514	0.3578	-0.3219	-0.0004	0.3304	-0.0376	0.0338	0.3431	0.0329	0.3458	-18.3053	-22.5703	34.4655
11	0.1006	0.0878	0.1413	0.0381	0.0362	0.0635	-0.0884	-0.2606	0.372	0.0831	-0.0864	0.3511	-0.0641	-0.0604	-0.0009	0.2656	0.0301	0.003	0.257	-0.0407	0.2438	-9.5266	-4.6132	41.9578
12	0.747	0.0964	0.5157	0.8421	0.3725	1.0373	0.0253	-0.0521	-0.1038	0.1887	0.0164	-0.0225	0.158	0.0153	-0	0.2353	0.0292	-0.0093	0.1676	0.0028	0.2043	-8.4672	-19.2434	28.3785
13	0.0117	-0.0869	-0.0052	0.0601	0.0587	0.0325	-0.044	0.141	-0.0505	-0.1637	-0.0564	-0.2037	0.4874	0.117	-0.0001	0.2825	0.0229	0.0278	0.2993	0.0161	0.4437	-16.2051	-25.5314	7.2082
14	0.1081	0.1027	0.1327	0.0306	0.1116	0.1199	-0.0209	0.3784	-0.4359	-0.2145	-0.0225	0.1281	-0.1176	-0.1685	0.0001	0.2454	-0.0419	-0.0015	0.384	-0.0879	0.3135	-33.2385	-22.5284	-6.41
15	0.2203	-0.1639	0.593	0.0713	-0.2601	0.9969	-0.2604	0.799	-0.3724	-0.3601	0.2564	-0.3261	-0.3401	0.0912	-0.1694	0.1543	-0.0392	0.1179	0.5536	-0.1602	0.385	-18.2237	-19.9226	-5.9002
16	0.0567	-0.0236	0.041	0.0114	-0.006	0.0241	0.159	-0.3237	0.341	0.1648	0.0444	-0.2399	-0.2629	-0.2946	-0.0001	0.2843	0.0484	0.0616	0.3431	-0.0181	0.3962	-8.0326	-9.6293	1.8704

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 18 )	A	0 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 29 )	A	19 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 30 through 48 )	A	30 - 48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 49 through 83 )	A	49 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 84 through 100 )	A	84 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 101 through 155 )	A	101 - 155
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 178 )	A	156 - 178
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 179 through 203 )	A	179 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 0 through 40 )	B	0 - 40
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 41 through 62 )	B	41 - 62
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 63 through 155 )	B	63 - 155
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 156 through 182 )	B	156 - 182
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 183 through 203 )	B	183 - 203
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 204 through 222 )	B	204 - 222
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 223 through 232 )	B	223 - 232

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)