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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qqh | ||||||
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タイトル | Cryogenic temperature structure of the ground state of AtPhot2LOV2 recorded after an accumulated dose of 2.68 MGy | ||||||
要素 | Phototropin-2 | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / Room temperature macromolecular crystallography / cryo-crystallography / specific radiation damage / time-resolved crystallography | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast relocation / negative regulation of anion channel activity by blue light / phototropism / stomatal movement / response to blue light / blue light photoreceptor activity / plastid / circadian rhythm / FMN binding / kinase activity ...chloroplast relocation / negative regulation of anion channel activity by blue light / phototropism / stomatal movement / response to blue light / blue light photoreceptor activity / plastid / circadian rhythm / FMN binding / kinase activity / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Golgi apparatus / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å | ||||||
データ登録者 | Aumonier, S. / Gotthard, G. / Royant, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2019 タイトル: Specific radiation damage is a lesser concern at room temperature. 著者: Gotthard, G. / Aumonier, S. / De Sanctis, D. / Leonard, G. / von Stetten, D. / Royant, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qqh.cif.gz | 74.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qqh.ent.gz | 54.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qqh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6qqh_validation.pdf.gz | 728.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6qqh_full_validation.pdf.gz | 728.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6qqh_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6qqh_validation.cif.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6qq8C 6qq9C 6qqaC 6qqbC 6qqcC 6qqdC 6qqeC 6qqfC 6qqiC 6qqjC 6qqkC 6qsaC 4eepS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15007.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PHOT2, CAV1, KIN7, NPL1, At5g58140, K21L19.6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P93025, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 12-17 % PEG8000 0.2 M Calcium acetate 0.1 M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.968 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.38→38.4 Å / Num. obs: 23065 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.18 % / Biso Wilson estimate: 18.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.84 |
反射 シェル | 解像度: 1.38→1.43 Å / 冗長度: 6.32 % / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / Num. unique obs: 2265 / CC1/2: 0.568 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4eep 解像度: 1.38→38.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 2.412 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.625 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.38→38.4 Å
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拘束条件 |
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