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万見
- PDB-6qp4: Structure of 299-452 fragment of the UspA1 protein from Moraxella... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qp4
タイトルStructure of 299-452 fragment of the UspA1 protein from Moraxella catarrhalis
要素UspA1
キーワードCELL ADHESION / Moraxella catarrhalis / UspA1 / trimeric autotransporter / C3d protein binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / protein transport / cell surface
類似検索 - 分子機能
Ubiquitous surface protein / Repeat of unknown function DUF1079 / Ubiquitous surface protein adhesin repeat / Repeat of unknown function (DUF1079) / Ubiquitous surface protein adhesin repeat / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain ...Ubiquitous surface protein / Repeat of unknown function DUF1079 / Ubiquitous surface protein adhesin repeat / Repeat of unknown function (DUF1079) / Ubiquitous surface protein adhesin repeat / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pilin-like / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / UspA1
類似検索 - 構成要素
生物種Moraxella catarrhalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mikula, K.M. / Kolodziejczyk, R. / Goldman, A.
資金援助 フィンランド, 英国, 2件
組織認可番号国
Academy of Finland1286429 and 1252206 フィンランド
Wellcome Trust478571 英国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structure of the UspA1 protein fragment from Moraxella catarrhalis responsible for C3d binding.
著者: Mikula, K.M. / Kolodziejczyk, R. / Goldman, A.
履歴
登録2019年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UspA1
B: UspA1
C: UspA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,82821
ポリマ－51,1373
非ポリマー1,69118
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22040 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area26120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.639, 44.565, 128.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UspA1


分子量: 17045.699 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moraxella catarrhalis (バクテリア)
遺伝子: uspA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XD56
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.9 M 1,6-Hexanediol, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 20mM magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.01 Å / Num. obs: 25116 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 16.66
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.74 / Num. unique obs: 3950 / Rrim(I) all: 0.362 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PR7

3pr7


解像度: 2.5→46 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 1283 5.12 %
Rwork0.2122 --
obs0.2152 25066 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3526 0 102 199 3827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143623
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4924846
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9682243
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008649
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4966-2.59660.26831310.23182551X-RAY DIFFRACTION96
2.5966-2.71480.29351530.23272585X-RAY DIFFRACTION99
2.7148-2.85790.30751530.2252625X-RAY DIFFRACTION99
2.8579-3.03690.26551680.2142624X-RAY DIFFRACTION99
3.0369-3.27130.27831310.22062648X-RAY DIFFRACTION99
3.2713-3.60040.25811320.20082677X-RAY DIFFRACTION99
3.6004-4.12110.27381520.18492683X-RAY DIFFRACTION99
4.1211-5.1910.24851350.18232662X-RAY DIFFRACTION98
5.191-46.0190.28431280.26222728X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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