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- PDB-6qmt: Complement factor D in complex with the inhibitor 2-(2-(3'-(amino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qmt
タイトルComplement factor D in complex with the inhibitor 2-(2-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-carboxamido)phenyl)acetic acid
要素Complement factor D
キーワードHYDROLASE / Complement factor D / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


complement factor D / Alternative complement activation / complement activation / complement activation, alternative pathway / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / protein maturation / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen ...complement factor D / Alternative complement activation / complement activation / complement activation, alternative pathway / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / protein maturation / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J7B / Complement factor D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Karki, R. / Powers, J. / Mainolfi, N. / Anderson, K. / Belanger, D. / Liu, D. / Jendza, K. / Gelin, C.F. / Solovay, C. / Mac Sweeeny, A. ...Karki, R. / Powers, J. / Mainolfi, N. / Anderson, K. / Belanger, D. / Liu, D. / Jendza, K. / Gelin, C.F. / Solovay, C. / Mac Sweeeny, A. / Delgado, O. / Crowley, M. / Liao, S.-M. / Argikar, U.A. / Flohr, S. / La Bonte, L.R. / Lorthiois, E.L. / Vulpetti, A. / Cumin, F. / Brown, A. / Adams, C. / Jaffee, B. / Mogi, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Design, Synthesis, and Preclinical Characterization of Selective Factor D Inhibitors Targeting the Alternative Complement Pathway.
著者: Karki, R.G. / Powers, J. / Mainolfi, N. / Anderson, K. / Belanger, D.B. / Liu, D. / Ji, N. / Jendza, K. / Gelin, C.F. / Mac Sweeney, A. / Solovay, C. / Delgado, O. / Crowley, M. / Liao, S.M. ...著者: Karki, R.G. / Powers, J. / Mainolfi, N. / Anderson, K. / Belanger, D.B. / Liu, D. / Ji, N. / Jendza, K. / Gelin, C.F. / Mac Sweeney, A. / Solovay, C. / Delgado, O. / Crowley, M. / Liao, S.M. / Argikar, U.A. / Flohr, S. / La Bonte, L.R. / Lorthiois, E.L. / Vulpetti, A. / Brown, A. / Long, D. / Prentiss, M. / Gradoux, N. / de Erkenez, A. / Cumin, F. / Adams, C. / Jaffee, B. / Mogi, M.
履歴
登録2019年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement factor D
B: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9174
ポリマ－54,1962
非ポリマー7212
水1,60389
1
A: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4582
ポリマ－27,0981
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4582
ポリマ－27,0981
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.964, 39.235, 63.502
Angle α, β, γ (deg.)83.030, 75.340, 65.170
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Complement factor D / Adipsin / C3 convertase activator / Properdin factor D


分子量: 27097.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFD, DF, PFD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00746, complement factor D
#2: 化合物 ChemComp-J7B / 2-[2-[[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]carbonylamino]phenyl]ethanoic acid


分子量: 360.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20N2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEGME 3350, 100 mM Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→61.41 Å / Num. obs: 37403 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 2.35 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 10.93
反射 シェル解像度: 1.63→1.73 Å / 冗長度: 2.15 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique obs: 5507 / Rrim(I) all: 0.4 / % possible all: 84.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DSU

1dsu


解像度: 1.8→35.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.158
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2312 1414 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.2035 26852 94.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.8 Å2 / Biso mean: 25.871 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20.04 Å2-0.03 Å2
2--0.13 Å20.06 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→35.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3362 0 54 90 3506
Biso mean--16.5 26.83 -
残基数----454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0133589
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0173321
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9211.6544902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4961.5817693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.3915475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.83820.562178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.05215559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9761534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.472.4551852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2832.4521851
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2833.6132310
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 101 -
Rwork0.255 1923 -
all-2024 -
obs--94.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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