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万見
- PDB-6qmq: NF-YB/C Heterodimer in Complex with NF-YA-derived Peptide Stabili... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qmq
タイトルNF-YB/C Heterodimer in Complex with NF-YA-derived Peptide Stabilized with C8-Hydrocarbon Linker
要素
  • Nuclear transcription factor Y subunit alpha
  • Nuclear transcription factor Y subunit beta
  • Nuclear transcription factor Y subunit gamma
キーワードTRANSCRIPTION / stapled peptide histone fold transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


CCAAT-binding factor complex / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cellular response to leukemia inhibitory factor / protein-DNA complex / PPARA activates gene expression / RNA polymerase II transcription regulator complex / rhythmic process ...CCAAT-binding factor complex / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cellular response to leukemia inhibitory factor / protein-DNA complex / PPARA activates gene expression / RNA polymerase II transcription regulator complex / rhythmic process / protein folding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
CCAAT-binding factor, conserved site / NF-YA/HAP2 subunit signature. / Nuclear transcription factor Y subunit A / CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B / NF-YA/HAP2 family profile. / CCAAT-Binding transcription Factor / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain ...CCAAT-binding factor, conserved site / NF-YA/HAP2 subunit signature. / Nuclear transcription factor Y subunit A / CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B / NF-YA/HAP2 family profile. / CCAAT-Binding transcription Factor / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear transcription factor Y subunit alpha / Nuclear transcription factor Y subunit beta / Nuclear transcription factor Y subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kiehstaller, S. / Jeganathan, S. / Pearce, N.M. / Wendt, M. / Grossmann, T.N. / Hennig, S.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)678623European Union
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2019
タイトル: Constrained Peptides with Fine-Tuned Flexibility Inhibit NF-Y Transcription Factor Assembly.
著者: Jeganathan, S. / Wendt, M. / Kiehstaller, S. / Brancaccio, D. / Kuepper, A. / Pospiech, N. / Carotenuto, A. / Novellino, E. / Hennig, S. / Grossmann, T.N.
履歴
登録2019年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02022年5月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_sites / audit_author / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_poly_seq.num / _entity_src_gen.entity_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_entity_src_syn.entity_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_R_Free_selection_details / _refine.pdbx_diffrn_id / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _struct_conn_type.id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_db_isoform / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id
解説: Ligand geometry
詳細: Improved ligand description and more chemical meaningful positioning of crosslink
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.02022年7月13日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 3.12024年1月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear transcription factor Y subunit alpha
B: Nuclear transcription factor Y subunit beta
C: Nuclear transcription factor Y subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5284
ポリマ－24,5053
非ポリマー231
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Fluorescence polarization assay
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area9840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.010, 52.210, 72.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Nuclear transcription factor Y subunit alpha / CAAT box DNA-binding protein subunit A / Nuclear transcription factor Y subunit A / NF-YA


分子量: 2369.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23511, UniProt: P25208*PLUS
#2: タンパク質 Nuclear transcription factor Y subunit beta / CAAT box DNA-binding protein subunit B / Nuclear transcription factor Y subunit B / NF-YB


分子量: 10876.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFYB, HAP3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25208, UniProt: Q13952*PLUS
#3: タンパク質 Nuclear transcription factor Y subunit gamma / CAAT box DNA-binding protein subunit C / Nuclear transcription factor Y subunit C / NF-YC / ...CAAT box DNA-binding protein subunit C / Nuclear transcription factor Y subunit C / NF-YC / Transactivator HSM-1/2


分子量: 11258.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFYC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13952, UniProt: P23511*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH6.5 0.2 M calcium acetate 37% PEG600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 6325 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.07
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 12.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique obs: 682 / CC1/2: 0.665 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB-REDO精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CSR

4csr


解像度: 2.5→19.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 27.001 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2412 635 10.1 %RANDOM
Rwork0.1724 ---
obs0.1795 5661 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 140.62 Å2 / Biso mean: 66.721 Å2 / Biso min: 31.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20 Å2-0 Å2
2--0.37 Å2-0 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1526 0 21 7 1554
Biso mean--40.35 49.78 -
残基数----187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0181573
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6271.8892104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1452.7173657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6015182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.7921.30788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.57215312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1991514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02364
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 42 -
Rwork0.248 402 -
all-444 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.87092.14540.54539.62640.6363.3727-0.0880.1232-0.2499-0.10580.15760.1350.2129-0.0199-0.06970.090.03830.01280.13670.00880.1206-11.8539.083-36.305
24.6974-0.4113-1.86683.62270.41775.9161-0.1379-0.0406-0.14480.18340.0984-0.16320.32140.27610.03950.0574-0.0079-0.01530.04860.03140.0727-0.9385.127-23.619
33.6273-3.3342-2.20076.64113.28046.8038-0.1341-0.1459-0.09290.40780.00620.11660.0768-0.11740.12790.0698-0.0625-0.010.12610.05680.0749-6.2826.923-20.09
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A301 - 319
2X-RAY DIFFRACTION2B57 - 143
3X-RAY DIFFRACTION3C36 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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