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- PDB-6qlh: Crystal structure of UbiX in complex with reduced FMN and isopent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qlh
タイトルCrystal structure of UbiX in complex with reduced FMN and isopentyl monophosphate
要素Flavin prenyltransferase UbiX
キーワードTRANSFERASE / UbiX Prenyltransferase Flavin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin prenyltransferase / flavin prenyltransferase activity / carboxy-lyase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin prenyltransferase UbiX-like / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FNR / Isopentenyl phosphate / Flavin prenyltransferase UbiX
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Marshall, S.A. / Leys, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K017802/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P000622/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The UbiX flavin prenyltransferase reaction mechanism resembles class I terpene cyclase chemistry.
著者: Marshall, S.A. / Payne, K.A.P. / Fisher, K. / White, M.D. / Ni Cheallaigh, A. / Balaikaite, A. / Rigby, S.E.J. / Leys, D.
履歴
登録2019年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin prenyltransferase UbiX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4444
ポリマ－24,7961
非ポリマー6473
水3,549197
1
A: Flavin prenyltransferase UbiX
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,32548
ポリマ－297,55612
非ポリマー7,77036
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
crystal symmetry operation17_545z,x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation18_544z,-x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation19_545-z,-x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation20_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation45_545y+1/2,z-1/2,x1
crystal symmetry operation46_445-y-1/2,z-1/2,-x1
crystal symmetry operation47_545y+1/2,-z-1/2,-x1
crystal symmetry operation48_445-y-1/2,-z-1/2,x1
Buried area70440 Å2
ΔGint-450 kcal/mol
Surface area68670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.124, 142.124, 142.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Space group name HallF223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x,y+1/2,z+1/2
#14: z,x+1/2,y+1/2
#15: y,z+1/2,x+1/2
#16: -y,-z+1/2,x+1/2
#17: z,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y,z+1/2,-x+1/2
#19: -z,-x+1/2,y+1/2
#20: -z,x+1/2,-y+1/2
#21: y,-z+1/2,-x+1/2
#22: x,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x,y+1/2,-z+1/2
#24: -x,-y+1/2,z+1/2
#25: x+1/2,y,z+1/2
#26: z+1/2,x,y+1/2
#27: y+1/2,z,x+1/2
#28: -y+1/2,-z,x+1/2
#29: z+1/2,-x,-y+1/2
#30: -y+1/2,z,-x+1/2
#31: -z+1/2,-x,y+1/2
#32: -z+1/2,x,-y+1/2
#33: y+1/2,-z,-x+1/2
#34: x+1/2,-y,-z+1/2
#35: -x+1/2,y,-z+1/2
#36: -x+1/2,-y,z+1/2
#37: x+1/2,y+1/2,z
#38: z+1/2,x+1/2,y
#39: y+1/2,z+1/2,x
#40: -y+1/2,-z+1/2,x
#41: z+1/2,-x+1/2,-y
#42: -y+1/2,z+1/2,-x
#43: -z+1/2,-x+1/2,y
#44: -z+1/2,x+1/2,-y
#45: y+1/2,-z+1/2,-x
#46: x+1/2,-y+1/2,-z
#47: -x+1/2,y+1/2,-z
#48: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-547-

HOH

21A-549-

HOH

31A-553-

HOH

41A-557-

HOH

51A-559-

HOH

61A-597-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Flavin prenyltransferase UbiX


分子量: 24796.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: ubiX, C0044_29760, C8257_05245, CAZ10_26235, CGU42_07325, DT376_15100, DZ940_19110, DZ962_23875, NCTC13719_00955, PAERUG_E15_London_28_01_14_05236, PAMH19_1010, RW109_RW109_01660
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZCW8, flavin prenyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-IP8 / Isopentenyl phosphate / 3-methylbut-3-en-1-yl dihydrogen phosphate / イソペンテニル一りん酸


分子量: 166.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C5H11O4P
#4: 化合物 ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド


分子量: 458.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: SG1 screen (Molecular Dimensions) F4 1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→24.02 Å / Num. obs: 33160 / % possible obs: 99.19 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 13.78 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1061 / Net I/σ(I): 10.09
反射 シェル解像度: 1.57→1.626 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZAF

4zaf


解像度: 1.57→24.02 Å / SU ML: 0.181 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.298
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 1731 5.26 %
Rwork0.1773 --
obs0.1785 32908 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→24.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1551 0 42 197 1790
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00451631
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75682230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.10681356
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.57-1.620.35241460.32232548X-RAY DIFFRACTION98.07
1.62-1.670.39841310.29682531X-RAY DIFFRACTION98.3
1.67-1.730.32211390.28332575X-RAY DIFFRACTION98.4
1.73-1.80.29131360.25042568X-RAY DIFFRACTION98.98
1.8-1.880.22681440.2192581X-RAY DIFFRACTION99.2
1.88-1.980.20941550.20092595X-RAY DIFFRACTION99.46
1.98-2.10.23561820.18522529X-RAY DIFFRACTION99.16
2.1-2.260.18481340.16442639X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.490.18481210.15962616X-RAY DIFFRACTION99.74
2.49-2.850.16571490.16232638X-RAY DIFFRACTION99.86
2.85-3.590.18981310.14642665X-RAY DIFFRACTION99.96
3.59-24.030.13291630.13472692X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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