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- PDB-6qkg: 2-Naphthoyl-CoA Reductase(NCR) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qkg
タイトル2-Naphthoyl-CoA Reductase(NCR)
要素NCR A
キーワードFLAVOPROTEIN / Reductase / 2-Naphthoyl-CoA / 2-Naphthoyl-CoA reductase / Naphthalene / FAD / FMN / 4Fe-4S / Hydride transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid beta-oxidation, unsaturated, even number, reductase/isomerase pathway / 2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) activity / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種bacterium enrichment culture clone N47 (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kayastha, K. / Ermler, U.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationRTG 1976, SPP 1927 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Low potential enzymatic hydride transfer via highly cooperative and inversely functionalized flavin cofactors.
著者: Willistein, M. / Bechtel, D.F. / Muller, C.S. / Demmer, U. / Heimann, L. / Kayastha, K. / Schunemann, V. / Pierik, A.J. / Ullmann, G.M. / Ermler, U. / Boll, M.
履歴
登録2019年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NCR A
B: NCR A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,0288
ポリマ－155,8412
非ポリマー3,1876
水3,297183
1
A: NCR A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5144
ポリマ－77,9201
非ポリマー1,5943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NCR A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5144
ポリマ－77,9201
非ポリマー1,5943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.450, 86.840, 96.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NCR A


分子量: 77920.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF4, FAD, FMN
由来: (組換発現) bacterium enrichment culture clone N47 (環境試料)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1YD54
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000/3350, NaF, Silver bullet solution A12/BioD4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 69139 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 47.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 6879 / CC1/2: 0.713 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX精密化
BUSTER精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ps9

1ps9


解像度: 2.2→29.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.245 / SU Rfree Blow DPI: 0.182 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.187
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 3485 5.04 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.188 69139 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.1274 Å20 Å22.1101 Å2
2---1.06 Å20 Å2
3---6.1874 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10164 0 184 183 10531
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110589HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0814351HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3743SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes259HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1644HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10589HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.4
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1391SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12633SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 266 5.21 %
Rwork0.249 4835 -
all0.252 5101 -
obs--99.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.75090.3492-0.4110.6132-0.3550.94130.0226-0.0108-0.0176-0.0410.0084-0.00150.06420.2012-0.031-0.03130.01720.0042-0.1021-0.0314-0.0955-23.2818-3.6055-5.54
20.78140.34230.36320.62170.09540.89520.1702-0.0005-0.0702-0.0684-0.1166-0.1071-0.07070.1291-0.0536-0.05430.0679-0.02350.01490.0108-0.2107-17.4277-44.9542-46.3511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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