PDB-6qkd: CRYSTAL STRUCTURE OF vhh-based FAB-fragment of antibody BCD-085

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qkd

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF vhh-based FAB-fragment of antibody BCD-085

要素

FAB HEAVY CHAIN
FAB LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / VHH / Fab fragment / BCD-085 antibody / complementarity determining regions / IL-17A / psoriasis

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kostareva, O.S. / Kolyadenko, I.A. / Ulitin, A.B. / Ekimova, V.M. / Evdokimov, S.R. / Garber, M.B. / Tishchenko, T.V. / Gabdulkhakov, A.G.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Crystals / 年: 2019
タイトル: Fab Fragment of VHH-Based Antibody Netakimab: Crystal Structure and Modeling Interaction with Cytokine IL-17A
著者: Kostareva, O.S. / Kolyadenko, I.A. / Ulitin, A.B. / Ekimova, V.M. / Evdokimov, S.R. / Garber, M.B. / Tishchenko, T.V. / Gabdulkhakov, A.G.

履歴

登録	2019年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qkd.cif.gz	684.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qkd.ent.gz	565.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qkd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/6qkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/6qkd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fgbS 5i1kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cu3-2 5m3v-d 6o2c-d 3k1l-2 1d1z-d 5fjq-d 6bwh-d 3f78-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: FAB HEAVY CHAIN

I: FAB HEAVY CHAIN

J: FAB HEAVY CHAIN

K: FAB HEAVY CHAIN

L: FAB LIGHT CHAIN

M: FAB LIGHT CHAIN

O: FAB LIGHT CHAIN

T: FAB LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

191 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: FAB HEAVY CHAIN

L: FAB LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

I: FAB HEAVY CHAIN

T: FAB LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

J: FAB HEAVY CHAIN

M: FAB LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

K: FAB HEAVY CHAIN

O: FAB LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.560, 111.920, 165.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	FAB HEAVY CHAIN 分子量: 23906.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	FAB LIGHT CHAIN 分子量: 23524.033 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 50 mM Na-Ac pH 5.5, 150 mM NaCl with 1.5 M (NH4)2SO4, 150 mM sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 132510 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5I1K, 5FGB

5i1k

5fgb

解像度: 1.9→47.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 11.821 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.622 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22802	6624	5 %	RANDOM
R_work	0.16872	-	-	-
obs	0.17173	125855	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.813 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.45 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.65 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→47.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13122	0	53	316	13491

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	13560
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.291	1.957	18442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.186	3	28659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.418	5	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.042	23.642	530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.823	15	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.309	15	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	2067
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	15404
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3070
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.428	4.765	6999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.426	4.764	6998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.787	7.141	8740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.787	7.141	8741
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.794	5.052	6561
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.607	5.029	6522
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.055	7.399	9643
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.198	38.234	14352
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.169	38.2	14295
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.738	3	25955
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	32.781	5	113
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	21.487	5	25851

LS精密化シェル

解像度: 1.899→1.948 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	471	-
R_work	0.318	8961	-
obs	-	-	97.37 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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