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- PDB-6qin: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PMGL2 ESTERASE FROM PERMAFROST METAGENOM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qin
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE PMGL2 ESTERASE FROM PERMAFROST METAGENOMIC LIBRARY
要素PMGL2
キーワードHYDROLASE / esterase / permafrost / metagenome / HSL family / GCSAG motif
機能・相同性: / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / PMGL2
機能・相同性情報
生物種permafrost metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Korzhenevskiy, D.A. / Kryukova, M.V. / Petrovskaya, L.E. / Novototskaya-Vlasova, K.A. / Rivkina, E.M. / Dolgikh, D.A. / Kirpichnikov, M.P. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research18-04-00491 ロシア
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of PMGL2 esterase from the hormone-sensitive lipase family with GCSAG motif around the catalytic serine.
著者: Boyko, K.M. / Kryukova, M.V. / Petrovskaya, L.E. / Nikolaeva, A.Y. / Korzhenevsky, D.A. / Novototskaya-Vlasova, K.A. / Rivkina, E.M. / Dolgikh, D.A. / Kirpichnikov, M.P. / Popov, V.O.
履歴
登録2019年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年8月11日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / entity_src_gen ...database_2 / entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PMGL2
B: PMGL2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7245
ポリマ－74,6402
非ポリマー843
水10,629590
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area23250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.010, 92.350, 74.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 318
2010B1 - 318

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要素

#1: タンパク質 PMGL2


分子量: 37320.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) permafrost metagenome (メタゲノム)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142J6I6, triacylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 250mM Magnesium chloride, 12-18% PEG3350, 100mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→56.31 Å / Num. obs: 77747 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 477406 / Scaling rejects: 813
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.6-1.635.90.65338080.8330.2880.71695.9
8.76-56.3170.1175240.9840.0490.12799.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
Aimless0.5.23データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L1H

3l1h


解像度: 1.6→56.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.659 / SU ML: 0.057 / SU R Cruickshank DPI: 0.0829 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.083
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1866 3883 5 %RANDOM
Rwork0.157 ---
obs0.1585 73837 97.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.82 Å2 / Biso mean: 18.076 Å2 / Biso min: 7.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å2-0 Å20.82 Å2
2---0.13 Å2-0 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→56.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4731 0 3 590 5324
Biso mean--17.37 27.94 -
残基数----630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0134937
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2991.6476722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.1891.56810495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4365628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.74919.255282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.62615707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2131559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.025685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021154
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9851 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 307 -
Rwork0.218 5377 -
all-5684 -
obs--96.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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