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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qhy | ||||||
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タイトル | Time resolved structural analysis of the full turnover of an enzyme - 100 ms | ||||||
![]() | Fluoroacetate dehalogenase | ||||||
![]() | HYDROLASE / time-resolved / catalysis / intermediate | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schulz, E.C. / Mehrabi, P. / Pai, E.F. / Miller, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Time-resolved crystallography reveals allosteric communication aligned with molecular breathing. 著者: Mehrabi, P. / Schulz, E.C. / Dsouza, R. / Muller-Werkmeister, H.M. / Tellkamp, F. / Miller, R.J.D. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 135.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 717.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 723.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6qhpC ![]() 6qhqC ![]() 6qhsC ![]() 6qhtC ![]() 6qhuC ![]() 6qhvC ![]() 6qhwC ![]() 6qhxC ![]() 6qhzC ![]() 6qi0C ![]() 6qi1C ![]() 6qi2C ![]() 6qi3C ![]() 3r3uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34073.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: RPA1163 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FAH / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 詳細: 18-20 % (w/v)) PEG3350, 200 mM CaCl2, and 100 mM Tris-HCl pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97627 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.698→57.14 Å / Num. obs: 59183 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 64.6 % / CC1/2: 0.955 / Net I/σ(I): 5.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å |
Serial crystallography sample delivery | 解説: CHIP / 手法: fixed target |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3r3u 解像度: 1.698→57.136 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.698→57.136 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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