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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qhp | ||||||
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タイトル | Time resolved structural analysis of the full turnover of an enzyme - 2256 ms covalent intermediate 1 | ||||||
要素 | (Fluoroacetate dehalogenase) x 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / time-resolved / catalysis / intermediate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Schulz, E.C. / Mehrabi, P. / Pai, E.F. / Miller, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Time-resolved crystallography reveals allosteric communication aligned with molecular breathing. 著者: Mehrabi, P. / Schulz, E.C. / Dsouza, R. / Muller-Werkmeister, H.M. / Tellkamp, F. / Miller, R.J.D. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qhp.cif.gz | 137.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qhp.ent.gz | 105.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qhp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/6qhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/6qhp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6qhqC 6qhsC 6qhtC 6qhuC 6qhvC 6qhwC 6qhxC 6qhyC 6qhzC 6qi0C 6qi1C 6qi2C 6qi3C 3r3uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34131.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌) 株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 遺伝子: RPA1163 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NAM1, haloacetate dehalogenase | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 34073.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 遺伝子: RPA1163 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NAM1, haloacetate dehalogenase | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 詳細: 18-20 % (w/v)) PEG3350, 200 mM CaCl2, and 100 mM Tris-HCl pH 8. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0089 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0089 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→81.54 Å / Num. obs: 48230 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24 % / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.8 Å / Num. unique obs: 48238 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: fixed target |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3r3u 解像度: 1.8→19.924 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.15
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.924 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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