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- PDB-6qh4: Crystal structure of human Methylmalonyl-CoA epimerase (MCEE) p.A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qh4
タイトルCrystal structure of human Methylmalonyl-CoA epimerase (MCEE) p.Arg143Cys variant
要素Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
キーワードISOMERASE / Methylmalonyl-CoA epimerase / mitochondrial
機能・相同性
機能・相同性情報


methylmalonyl-CoA epimerase / short-chain fatty acid catabolic process / methylmalonyl-CoA epimerase activity / L-methylmalonyl-CoA metabolic process / Propionyl-CoA catabolism / mitochondrial matrix / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methylmalonyl-CoA epimerase / : / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.922 Å
データ登録者Bailey, H.J. / Chaikuid, A. / Krysztofinska, E. / Froese, D.S. / Sorrell, F.J. / Diaz-Saez, L. / Kennedy, E. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human Methylmalonyl-CoA epimerase (MCEE) p.Arg143Cys variant
著者: Bailey, H.J. / Chaikuid, A. / Krysztofinska, E. / Froese, D.S. / Sorrell, F.J. / Diaz-Saez, L. / Kennedy, E. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Yue, W.W.
履歴
登録2019年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
A: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
B: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
D: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4348
ポリマ－67,1984
非ポリマー2364
水1,62190
1
C: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
A: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7174
ポリマ－33,5992
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area12420 Å2
手法PISA
2
B: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
ヘテロ分子

D: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7174
ポリマ－33,5992
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,y-1/2,-z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.162, 66.990, 77.125
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 or resid 45 through 58...
21(chain B and (resid 3 or resid 45 through 46...
31(chain C and (resid 3 or resid 45 through 65...
41(chain D and (resid 3 or resid 45 through 46...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 3 or resid 45 through 58...A3
121(chain A and (resid 3 or resid 45 through 58...A45 - 58
131(chain A and (resid 3 or resid 45 through 58...A59
141(chain A and (resid 3 or resid 45 through 58...A43 - 176
151(chain A and (resid 3 or resid 45 through 58...A43 - 176
161(chain A and (resid 3 or resid 45 through 58...A43 - 176
171(chain A and (resid 3 or resid 45 through 58...A43 - 176
211(chain B and (resid 3 or resid 45 through 46...B3
221(chain B and (resid 3 or resid 45 through 46...B45 - 46
231(chain B and (resid 3 or resid 45 through 46...B47
241(chain B and (resid 3 or resid 45 through 46...B44 - 176
251(chain B and (resid 3 or resid 45 through 46...B44 - 176
261(chain B and (resid 3 or resid 45 through 46...B44 - 176
271(chain B and (resid 3 or resid 45 through 46...B44 - 176
281(chain B and (resid 3 or resid 45 through 46...B44 - 176
311(chain C and (resid 3 or resid 45 through 65...C3
321(chain C and (resid 3 or resid 45 through 65...C45 - 65
331(chain C and (resid 3 or resid 45 through 65...C66
341(chain C and (resid 3 or resid 45 through 65...C37 - 176
351(chain C and (resid 3 or resid 45 through 65...C37 - 176
361(chain C and (resid 3 or resid 45 through 65...C37 - 176
371(chain C and (resid 3 or resid 45 through 65...C37 - 176
381(chain C and (resid 3 or resid 45 through 65...C37 - 176
411(chain D and (resid 3 or resid 45 through 46...D3
421(chain D and (resid 3 or resid 45 through 46...D45 - 46
431(chain D and (resid 3 or resid 45 through 46...D47
441(chain D and (resid 3 or resid 45 through 46...D43 - 176
451(chain D and (resid 3 or resid 45 through 46...D43 - 176
461(chain D and (resid 3 or resid 45 through 46...D43 - 176
471(chain D and (resid 3 or resid 45 through 46...D43 - 176
481(chain D and (resid 3 or resid 45 through 46...D43 - 176
491(chain D and (resid 3 or resid 45 through 46...D43 - 176

-
要素

#1: タンパク質
Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial / DL-methylmalonyl-CoA racemase


分子量: 16799.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCEE / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96PE7, methylmalonyl-CoA epimerase
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG4000, 10% 2-propanol and 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→77.13 Å / Num. obs: 19630 / % possible obs: 48.5 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.92→2.12 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 983 / CC1/2: 0.56 / % possible all: 10.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RMU

3rmu


解像度: 1.922→77.125 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2756 1028 5.24 %
Rwork0.2278 --
obs0.2302 19625 47.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.34 Å2 / Biso mean: 35.6023 Å2 / Biso min: 9.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.922→77.125 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3846 0 4 90 3940
Biso mean--41.63 30.03 -
残基数----534
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1468X-RAY DIFFRACTION0.87TORSIONAL
12B1468X-RAY DIFFRACTION0.87TORSIONAL
13C1468X-RAY DIFFRACTION0.87TORSIONAL
14D1468X-RAY DIFFRACTION0.87TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9217-2.02310.4485100.33881721823
2.0231-2.14980.3934620.33321103116520
2.1498-2.31580.275970.30511758185531
2.3158-2.54890.34921270.29422245237240
2.5489-2.91770.30431610.28233048320954
2.9177-3.6760.30782600.22574641490183
3.676-77.18710.23573110.19615630594198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.15273.80641.10485.11161.67884.13260.32860.13540.63830.33550.02560.22490.05480.46560.18210.3384-0.05910.0480.4759-0.27770.28263.623728.538334.2551
22.981-1.71060.81831.4287-1.32961.8805-0.0010.3615-0.3361-0.07880.03080.40380.0097-0.0778-0.14640.10770.02250.02720.1723-0.03180.2777-8.849112.479710.9279
36.2265-1.5613-2.1563.11490.07120.99870.24910.03540.6843-0.155-0.1085-0.0961-0.05090.3952-0.15020.13760.01610.00680.4069-0.04030.1423-3.572415.94757.0987
43.2394-0.69660.01134.2297-0.36334.13160.31711.3998-0.21530.0196-0.6033-0.26360.3836-0.28730.15170.1269-0.0430.01090.3609-0.06930.2843-1.60411.851411.6096
55.20460.8461-0.59423.88170.19862.574-0.0091-0.3269-0.2293-0.3489-0.0280.17220.06530.30320.07820.1076-0.00410.01060.3111-0.00280.16470.38389.831518.8617
63.91642.45890.89126.79020.14518.2487-0.06560.3982-0.4827-0.4190.1948-0.48830.45080.4926-0.10080.09510.1088-0.02120.496-0.00660.31313.300115.421924.1013
73.7554-3.0077-3.85766.86613.93814.1253-0.2278-0.3458-0.21350.050.70280.10690.44830.8694-0.15160.2826-0.1409-0.03110.45920.06420.39113.9996.842229.3279
85.58852.32223.0314.37114.13325.8122-0.40171.55750.7851-1.05450.21860.4274-0.44520.3640.28870.23810.0244-0.10730.71880.05180.17936.976517.790621.3161
93.643-0.4487-0.0371.5798-0.42841.31820.0823-0.23920.15870.0206-0.0174-0.1372-0.29720.22850.25550.20840.06050.05970.0699-0.01680.1432-10.991115.867925.5875
105.56570.0587-0.41782.2660.68691.96290.0531-0.68240.3231-0.00190.1692-0.09-0.10640.2977-0.04870.227-0.00920.01750.29020.01670.16960.950216.15737.9086
110.9118-0.48191.20926.0087-1.68581.79340.1213-0.33030.01710.04620.13150.6382-0.12140.01650.51960.26420.00220.05820.1026-0.12960.1045-13.028114.333837.7663
123.46464.3425-3.30339.4698-5.93544.0168-0.30780.00460.1880.36680.526-0.3182-0.1621-0.6207-0.29810.1209-0.0020.03780.2667-0.00020.1225-6.934116.224431.3328
131.8418-1.10830.71551.67-1.16582.2282-0.00610.0616-0.06880.1821-0.18850.10820.137-0.41460.070.1422-0.091-0.00490.3741-0.07110.2395-16.73669.738325.414
140.10930.43410.46791.73021.71484.231-0.1061-0.1757-0.82-0.01790.1902-0.4342-0.07030.2948-0.20190.1742-0.00210.02440.7271-0.02060.4189-24.219413.515324.1221
156.8752-1.91430.86751.623-1.71732.10830.49711.1135-1.6089-0.3845-0.38390.23461.12210.2310.27320.53020.111-0.04110.3074-0.08030.43-17.63248.017418.8233
162.731-2.16751.8832.045-0.47994.5380.0779-0.71940.08010.3891-0.3573-0.0434-0.252-0.25390.0160.144-0.2207-0.01990.38960.02420.2056-18.826316.816723.5316
173.18611.10182.15758.43881.5693.2222-0.405-0.0123-0.34010.55830.07110.45710.7874-0.17380.15060.13-0.07710.04710.11880.03240.179-28.52266.5497-11.9716
186.2093-1.64762.01491.0594-1.82583.7752-0.0413-0.0010.4814-0.2092-0.3566-0.12020.0481-0.4081-1.077-0.0305-0.05520.20890.3879-0.1720.1785-40.18989.3092-0.9395
195.93552.38071.11353.03910.03680.95470.2366-0.4013-0.79620.0579-0.1139-0.41820.0327-0.13020.02920.1812-0.00770.01730.5208-0.03990.2625-38.593.4427-1.1043
203.51883.13880.61112.89830.02582.74460.246-0.1628-0.47270.20480.1862-0.72330.32580.618-0.45340.0749-0.0331-0.07860.2778-0.17840.2352-25.29467.7518-0.8554
212.3643.21092.15835.39683.44682.7756-0.0850.3187-0.05390.14020.1055-0.09670.0859-0.39340.6149-0.0012-0.1498-0.17580.3853-0.26150.0088-31.47646.2287-7.2711
226.279-0.80014.34572.52850.02916.5514-0.8538-0.0011.17230.24570.147-0.8403-1.3341.30840.53770.326-0.0458-0.11850.6334-0.19020.5218-21.582418.7942-1.6263
234.1303-2.8816-1.8314.3131-1.68155.1055-0.49490.54950.68230.25830.35130.3579-0.81380.14320.15880.302-0.0507-0.00770.1782-0.13290.4639-30.311920.8823-9.3431
245.9190.5713-3.83083.2673-0.97756.388-0.433-0.3662-0.7839-0.2828-0.504-0.14890.20340.7630.3190.2071-0.0242-0.0070.24140.09540.2393-15.33283.6549-20.2837
250.3917-0.47511.68720.6324-2.00967.3699-0.07650.56040.58850.3044-0.6625-0.4165-0.97012.01460.65990.492-0.1874-0.06190.8070.06110.4047-12.412110.8997-19.1835
264.7993-0.4644-1.7264.43920.03626.2970.4961-0.80080.55290.5438-0.2709-0.2808-0.35320.4814-0.38630.2812-0.0192-0.0270.392-0.06650.154-17.08725.7287-11.321
270.6722-0.36830.50220.9126-1.15281.45620.16960.42740.4191-0.2283-0.3002-0.5848-0.3620.08770.66840.61910.2960.02290.3650.17340.6063-22.515815.5614-23.0244
284.6369-2.3988-0.33958.20762.07252.5933-0.3146-0.7-0.76630.53890.02251.06340.32040.066-0.25690.17120.09840.07690.18330.0680.232-19.61114.5186-15.33
291.0368-0.52980.75154.17522.11283.70990.17470.0194-0.1372-0.2746-0.167-0.2208-0.04390.3022-0.12950.20560.0282-0.0470.32920.0260.2879-15.633939.473619.407
302.85490.7727-0.33344.2397-0.99964.1878-0.20770.6991-0.1068-0.06690.06410.22920.10830.4290.20160.08820.0077-0.04030.4911-0.05450.2413-27.852740.02331.355
313.32192.75241.7693.31381.88612.4128-0.3013-0.0399-0.03240.11930.24380.0519-0.07020.52460.04350.14450.03120.01540.44380.14890.2433-16.369740.864328.8271
321.0663-1.84-0.40684.1308-0.92117.7135-0.44470.11950.38650.10560.04-0.4856-1.26971.11550.39260.2957-0.1169-0.08030.25550.01510.4467-16.404254.297926.3363
332.8185-0.4789-1.02211.28540.39883.96050.11440.0226-0.4214-0.06040.229-0.37860.65881.0324-0.10440.122-0.0099-0.0480.5284-0.01060.2939-3.25937.893212.4917
341.96880.1985-1.79921.9957-0.44291.675-0.0334-0.51740.0339-0.170.18390.5776-0.38530.5601-0.17210.2341-0.1617-0.08890.4420.09760.5258-0.498946.76811.3313
356.9331-2.02663.51355.5101-3.03276.8583-0.0954-0.66320.8671-0.40230.4650.11790.1941-0.0654-0.17260.20970.05330.05970.4639-0.01860.2287-7.414744.129517.0592
368.75150.5295-0.10136.2912-0.61124.6232-0.1883-0.6245-0.88450.117-0.0067-0.25490.4471-0.6433-0.06020.1109-0.12180.12980.4719-0.05780.0767-7.873139.088417.425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 37 through 47 )C37 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 48 through 67 )C48 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 68 through 90 )C68 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 91 through 108 )C91 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 109 through 129 )C109 - 129
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 130 through 161 )C130 - 161
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 162 through 169 )C162 - 169
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 170 through 176 )C170 - 176
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 43 through 57 )A43 - 57
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 58 through 76 )A58 - 76
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 77 through 90 )A77 - 90
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 91 through 101 )A91 - 101
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 102 through 139 )A102 - 139
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 140 through 157 )A140 - 157
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 158 through 169 )A158 - 169
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 170 through 176 )A170 - 176
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 44 through 57 )B44 - 57
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 58 through 67 )B58 - 67
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 68 through 76 )B68 - 76
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 77 through 90 )B77 - 90
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 91 through 101 )B91 - 101
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 102 through 108 )B102 - 108
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 109 through 121 )B109 - 121
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 122 through 139 )B122 - 139
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 140 through 151 )B140 - 151
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 152 through 161 )B152 - 161
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 162 through 169 )B162 - 169
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'B' and (resid 170 through 176 )B170 - 176
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 43 through 57 )D43 - 57
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 58 through 76 )D58 - 76
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 77 through 101 )D77 - 101
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 102 through 121 )D102 - 121
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 122 through 139 )D122 - 139
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 140 through 149 )D140 - 149
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 150 through 169 )D150 - 169
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 170 through 176 )D170 - 176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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