[日本語] English
万見
- PDB-6qgx: Crystal structure of E.coli BamA beta-barrel in complex with nano... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qgx
タイトルCrystal structure of E.coli BamA beta-barrel in complex with nanobody F7
要素
  • NanoF7
  • Outer membrane protein assembly factor BamA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Beta-Barrel / outer membrane / protein insertion / protein folding / protein maturation
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane
類似検索 - 分子機能
membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Porin ...membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hartmann, J.-B. / Kaur, H. / Jakob, R.P. / Zahn, M. / Zimmermann, I. / Seeger, M. / Maier, T. / Hiller, S.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2019
タイトル: Identification of conformation-selective nanobodies against the membrane protein insertase BamA by an integrated structural biology approach.
著者: Kaur, H. / Hartmann, J.B. / Jakob, R.P. / Zahn, M. / Zimmermann, I. / Maier, T. / Seeger, M.A. / Hiller, S.
履歴
登録2019年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamA
B: NanoF7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,09413
ポリマ－59,7232
非ポリマー3,37111
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint45 kcal/mol
Surface area24480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.321, 80.335, 135.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量: 46022.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: bamA, yaeT, Z0188, ECs0179 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A942
#2: 抗体 NanoF7


分子量: 13700.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 33% PEG 400, 0.23 M NaCl, 0.05 M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.34 Å / Num. obs: 27754 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2725 / CC1/2: 0.826 / Rpim(I) all: 0.374 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4n75

4n75


解像度: 2.2→46.34 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 1491 5.37 %
Rwork0.2289 --
obs0.2309 27754 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3877 0 101 146 4124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5875500
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2492342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003710
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2710.35241270.29722369X-RAY DIFFRACTION99
2.271-2.35220.31581460.28212362X-RAY DIFFRACTION99
2.3522-2.44640.31761580.27012335X-RAY DIFFRACTION100
2.4464-2.55770.30051170.26832358X-RAY DIFFRACTION100
2.5577-2.69250.3251270.26892403X-RAY DIFFRACTION99
2.6925-2.86120.30361230.26792366X-RAY DIFFRACTION99
2.8612-3.08210.30791430.25952379X-RAY DIFFRACTION99
3.0821-3.39210.26011360.23762361X-RAY DIFFRACTION99
3.3921-3.88280.27641440.2162393X-RAY DIFFRACTION99
3.8828-4.8910.22511320.17982432X-RAY DIFFRACTION98
4.891-46.35050.24171380.23082505X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5564-1.42473.14270.8177-0.983.4087-0.4051-0.6778-0.04721.18590.3088-0.40230.0119-0.05740.03281.07170.1113-0.00570.61490.06590.803215.274-4.009438.8363
20.78521.04361.45131.9041.81253.28720.08430.1058-0.35730.28220.3206-0.40840.38430.5146-0.4080.42150.0719-0.0550.5947-0.05930.655726.04642.958625.2989
34.9682-1.6551-3.06572.62972.64044.8721-0.1749-0.1737-0.2216-0.05960.2923-0.19510.110.5986-0.12830.3413-0.057-0.05610.37650.00680.399218.555719.079532.5406
43.3643-1.4429-0.74823.09112.26793.7304-0.13020.139-0.0349-0.43750.2195-0.3282-0.24940.2267-0.07420.5303-0.10490.02710.46740.04930.52516.668210.032110.8473
59.2181-1.1188-3.15315.07151.2334.3659-0.3132-1.1621-0.32870.8239-0.43991.0316-0.4672-0.38370.61270.4366-0.0243-0.0980.59030.02210.62840.615621.332138.2323
63.94850.239-2.97562.59250.80145.9307-0.0080.03920.1756-0.2514-0.00470.1225-0.1055-0.0621-0.00670.41420.0076-0.10730.3636-0.0340.48516.954516.376221.0029
71.00510.29960.4513.57340.78371.12260.0291-0.16180.28330.33930.13940.81640.082-0.797-0.03660.6685-0.1182-0.12880.824-0.08860.8071-5.6853-12.68290.8984
83.0382-0.25740.31096.44254.13722.65-0.3783-0.59080.5487-0.2548-0.46140.8657-0.0856-0.91820.96360.4629-0.042-0.04650.6606-0.09550.6489-5.2805-4.88373.7075
95.95230.1851-0.68914.50312.30815.251-0.26530.2603-0.2744-0.16470.2097-0.38340.36940.18310.10540.6031-0.04490.01050.5580.03050.36466.8417-4.5761-3.4598
103.31520.37151.08556.2794-4.7758.61820.2397-0.82980.43050.81980.32110.2835-0.9073-1.8891-0.55390.67480.0663-0.02640.884-0.08320.6068-5.26651.77733.0188
112.51060.48932.31584.34882.25733.019-0.0003-0.0783-0.0742-0.1764-0.1048-0.089-0.0849-0.15310.12240.4908-0.050.02980.5194-0.01580.42154.2812-7.6618-0.5573
124.8736-0.1454-2.12046.51640.84339.1902-0.2597-0.115-0.7064-1.0606-0.0642-0.15150.29640.24010.22650.9358-0.0249-0.07840.6508-0.09080.9001-0.9122-14.6532-13.4851
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 426 through 453 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 454 through 581 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 582 through 640 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 641 through 709 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 710 through 732 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 733 through 810 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid -1 through 14 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 15 through 33 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 34 through 69 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 70 through 78 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 79 through 117 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 118 through 124 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る