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万見
- PDB-6qgj: Structure of human Bcl-2 in complex with fragment/ABT-263 hybrid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qgj
タイトルStructure of human Bcl-2 in complex with fragment/ABT-263 hybrid
要素Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1,Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1
キーワードAPOPTOSIS / BCL2 / ABT-763 / Drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


channel inhibitor activity / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / melanin metabolic process ...channel inhibitor activity / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / melanin metabolic process / myeloid cell apoptotic process / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / positive regulation of neuron maturation / negative regulation of osteoblast proliferation / BH domain binding / gland morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell / renal system process / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / stem cell development / lymphoid progenitor cell differentiation / dendritic cell proliferation / T cell apoptotic process / positive regulation of mononuclear cell proliferation / melanocyte differentiation / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / B cell apoptotic process / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of T cell apoptotic process / regulation of nitrogen utilization / glomerulus development / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of multicellular organism growth / metanephros development / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / focal adhesion assembly / negative regulation of motor neuron apoptotic process / neuron maturation / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / regulation of viral genome replication / oocyte development / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / negative regulation of execution phase of apoptosis / fertilization / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / response to UV-B / calcium ion transport into cytosol / negative regulation of ossification / response to iron ion / negative regulation of mitochondrial depolarization / Bcl-2 family protein complex / motor neuron apoptotic process / axon regeneration / epithelial cell apoptotic process / smooth muscle cell migration / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / organ growth / negative regulation of B cell apoptotic process / branching involved in ureteric bud morphogenesis / digestive tract morphogenesis / hair follicle morphogenesis / apoptotic mitochondrial changes / response to cycloheximide / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / B cell lineage commitment / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / positive regulation of smooth muscle cell migration / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / T cell homeostasis / germ cell development / BH3 domain binding / B cell homeostasis / regulation of calcium ion transport / negative regulation of apoptotic signaling pathway / humoral immune response / B cell proliferation / negative regulation of anoikis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Activation of BAD and translocation to mitochondria
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J1T / Apoptosis regulator Bcl-2 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dokurno, P. / Murray, J. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A.M. / Matassova, N. / Pedder, C. ...Dokurno, P. / Murray, J. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A.M. / Matassova, N. / Pedder, C. / Ray, S. / Roughley, S. / Smith, J. / Walmsley, C. / Wang, Y. / Whitehead, N. / Williamson, D.S. / Casara, P. / Le Diguarher, T. / Hickman, J. / Stark, J. / Kotschy, A. / Geneste, O. / Hubbard, R.E.
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: Establishing Drug Discovery and Identification of Hit Series for the Anti-apoptotic Proteins, Bcl-2 and Mcl-1.
著者: Murray, J.B. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Dokurno, P. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A. / Matassova, N. / Pedder, C. / Ray, S. / Roughley, S.D. / Smith, J. / Walmsley, C. / ...著者: Murray, J.B. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Dokurno, P. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A. / Matassova, N. / Pedder, C. / Ray, S. / Roughley, S.D. / Smith, J. / Walmsley, C. / Wang, Y. / Whitehead, N. / Williamson, D.S. / Casara, P. / Le Diguarher, T. / Hickman, J. / Stark, J. / Kotschy, A. / Geneste, O. / Hubbard, R.E.
履歴
登録2019年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.version
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1,Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4242
ポリマ－20,4421
非ポリマー9811
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.989, 56.173, 64.417
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1,Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 20442.461 Da / 分子数: 1
変異: H20S, L95Q, R106L, F124G, R127Y, G128A, R129S, P168V, L175A, T178A, E179T, R183D
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2, BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P10415, UniProt: Q07817
#2: 化合物 ChemComp-J1T / 4-[4-[(1~{R})-1-(6-methoxy-1,3-benzodioxol-5-yl)-2-pyrrolidin-1-yl-ethyl]phenyl]-~{N}-[4-[[(2~{R})-4-morpholin-4-yl-1-phenylsulfanyl-butan-2-yl]amino]-3-(trifluoromethylsulfonyl)phenyl]sulfonyl-benzamide


分子量: 981.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H51F3N4O9S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.22 %
結晶化温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.15M KSCN, 20% PEG1500 and 0.1M Na acetate buffer pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 16972 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Χ2: 1.14 / Net I/σ(I): 19.5 / Num. measured all: 66248
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.813.80.53916341.193198
1.81-1.893.90.35516751.1921100
1.89-1.9740.24216931.1891100
1.97-2.0740.14816841.1781100
2.07-2.240.10116731.181100
2.2-2.3740.06717071.1271100
2.37-2.6140.04616971.1791100
2.61-2.993.90.03217251.126199.9
2.99-3.773.90.02417460.932199.8
3.77-303.60.0217381.107194.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CrystalClearデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6qgg

6qgg


解像度: 1.9→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.477 / SU ML: 0.102 / SU R Cruickshank DPI: 0.1676 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.142
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2248 616 4.7 %RANDOM
Rwork0.2009 ---
obs0.202 12582 98.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.82 Å2 / Biso mean: 36.654 Å2 / Biso min: 19.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.47 Å20 Å20 Å2
2---1.25 Å20 Å2
3----2.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1174 0 67 83 1324
Biso mean--45.17 45.07 -
残基数----146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0141293
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9031.7191762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0961.6722408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0445148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.24422.17978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.74915188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.895159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02266
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.999 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 95 -
Rwork0.247 1736 -
all-1831 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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