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- PDB-6qfm: Structure of human Mcl-1 in complex with PUMA BH3 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qfm
タイトルStructure of human Mcl-1 in complex with PUMA BH3 peptide
要素
  • Bcl-2-binding component 3
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS / MCL1 / BCL2 / PUMA
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of protein localization to mitochondrion / T cell apoptotic process / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / cell fate determination / cellular homeostasis / positive regulation of thymocyte apoptotic process / fibroblast apoptotic process ...positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of protein localization to mitochondrion / T cell apoptotic process / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / cell fate determination / cellular homeostasis / positive regulation of thymocyte apoptotic process / fibroblast apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / execution phase of apoptosis / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of anoikis / BH3 domain binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / transmembrane protein transporter activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of autophagy / determination of adult lifespan / cellular response to ionizing radiation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / cellular response to hypoxia / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site ...Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dokurno, P. / Murray, J. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A.M. / Matassova, N. / Pedder, C. ...Dokurno, P. / Murray, J. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A.M. / Matassova, N. / Pedder, C. / Ray, S. / Roughley, S. / Smith, J. / Walmsley, C. / Wang, Y. / Whitehead, N. / Williamson, D.S. / Casara, P. / Le Diguarher, T. / Hickman, J. / Stark, J. / Kotschy, A. / Geneste, O. / Hubbard, R.E.
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: Establishing Drug Discovery and Identification of Hit Series for the Anti-apoptotic Proteins, Bcl-2 and Mcl-1.
著者: Murray, J.B. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Dokurno, P. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A. / Matassova, N. / Pedder, C. / Ray, S. / Roughley, S.D. / Smith, J. / Walmsley, C. / ...著者: Murray, J.B. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Dokurno, P. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A. / Matassova, N. / Pedder, C. / Ray, S. / Roughley, S.D. / Smith, J. / Walmsley, C. / Wang, Y. / Whitehead, N. / Williamson, D.S. / Casara, P. / Le Diguarher, T. / Hickman, J. / Stark, J. / Kotschy, A. / Geneste, O. / Hubbard, R.E.
履歴
登録2019年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.version
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Bcl-2-binding component 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4038
ポリマ－21,1012
非ポリマー3036
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area8080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.042, 58.345, 76.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 18352.852 Da / 分子数: 1
変異: E173D, D241G, L246F, I251V, S255K, T280S, I281V, C286F, S293T, E322Q
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-binding component 3 / JFY-1 / p53 up-regulated modulator of apoptosis


分子量: 2747.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BXH1
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM imidazole buffer pH 7.0, 50 mM zinc acetate and 20-25% polyethylene glycol (PEG) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.973 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月12日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 9678 / % possible obs: 84.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.221 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 31218
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.072.10.3554480.923140.4
2.07-2.152.30.2876481.055158.3
2.15-2.252.60.288671.137176.9
2.25-2.373.10.259621.101186.8
2.37-2.523.40.20110531.218194.3
2.52-2.713.60.15311121.278198.1
2.71-2.993.50.10511341.175199
2.99-3.423.60.07711321.249198.8
3.42-4.33.50.06311411.392198.1
4.3-253.30.04211811.246194.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NL9

2nl9


解像度: 2→9.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 6.06 / SU ML: 0.162 / SU R Cruickshank DPI: 0.2679 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.219
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2611 459 4.8 %RANDOM
Rwork0.2022 ---
obs0.2051 9105 83.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.18 Å2 / Biso mean: 35.187 Å2 / Biso min: 3.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å2-0 Å20 Å2
2--0.44 Å2-0 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→9.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1278 0 6 83 1367
Biso mean--29.71 39.32 -
残基数----160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0141299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2811.6551749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9281.6412692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6915156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4872083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.01315228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9671516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02256
LS精密化 シェル解像度: 2.004→2.108 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 36 -
Rwork0.27 643 -
all-679 -
obs--43.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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