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- PDB-6qfi: Structure of human Mcl-1 in complex with BIM BH3 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qfi
タイトルStructure of human Mcl-1 in complex with BIM BH3 peptide
要素
  • Bcl-2-like protein 11
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS / MCL1 / BCL2 / BIM
機能・相同性
機能・相同性情報


BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / Activation of BIM and translocation to mitochondria / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / developmental pigmentation ...BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / Activation of BIM and translocation to mitochondria / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / developmental pigmentation / ear development / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / cell fate determination / positive regulation of T cell apoptotic process / tube formation / regulation of organ growth / mammary gland development / cellular homeostasis / meiosis I / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / myeloid cell homeostasis / cellular response to glucocorticoid stimulus / NRAGE signals death through JNK / thymocyte apoptotic process / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / odontogenesis of dentin-containing tooth / B cell homeostasis / T cell homeostasis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of anoikis / BH3 domain binding / transmembrane protein transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / spleen development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of cell cycle / FLT3 Signaling / endomembrane system / response to cytokine / release of cytochrome c from mitochondria / response to endoplasmic reticulum stress / thymus development / cell-matrix adhesion / negative regulation of autophagy / post-embryonic development / kidney development / positive regulation of protein-containing complex assembly / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / microtubule binding / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / apoptotic process / DNA damage response / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site ...Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 11 / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dokurno, P. / Murray, J. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A.M. / Matassova, N. / Pedder, C. ...Dokurno, P. / Murray, J. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A.M. / Matassova, N. / Pedder, C. / Ray, S. / Roughley, S. / Smith, J. / Walmsley, C. / Wang, Y. / Whitehead, N. / Williamson, D.S. / Casara, P. / Le Diguarher, T. / Hickman, J. / Stark, J. / Kotschy, A. / Geneste, O. / Hubbard, R.E.
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: Establishing Drug Discovery and Identification of Hit Series for the Anti-apoptotic Proteins, Bcl-2 and Mcl-1.
著者: Murray, J.B. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Dokurno, P. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A. / Matassova, N. / Pedder, C. / Ray, S. / Roughley, S.D. / Smith, J. / Walmsley, C. / ...著者: Murray, J.B. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Dokurno, P. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A. / Matassova, N. / Pedder, C. / Ray, S. / Roughley, S.D. / Smith, J. / Walmsley, C. / Wang, Y. / Whitehead, N. / Williamson, D.S. / Casara, P. / Le Diguarher, T. / Hickman, J. / Stark, J. / Kotschy, A. / Geneste, O. / Hubbard, R.E.
履歴
登録2019年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.date
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8706
ポリマ－21,6082
非ポリマー2624
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area8490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.753, 71.700, 117.678
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

ZN

21A-532-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 18333.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-like protein 11 / Bcl2-L-11 / Bcl2-interacting mediator of cell death


分子量: 3274.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43521
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75 / 詳細: 0.2M zinc acetate, 0.2M Imidazole pH 5.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.973 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月30日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 30563 / % possible obs: 79.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 175 / % possible all: 17.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NL9

2nl9


解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 8.467 / SU ML: 0.187 / SU R Cruickshank DPI: 0.3992 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.399 / ESU R Free: 0.258
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 359 4.5 %RANDOM
Rwork0.1863 ---
obs0.1885 7623 88.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.41 Å2 / Biso mean: 46.731 Å2 / Biso min: 18.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å2-0 Å20 Å2
2---0.1 Å2-0 Å2
3---1.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1356 0 4 50 1410
Biso mean--53.13 47.99 -
残基数----170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0141379
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3281.651860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9931.6412862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1625167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3320.84383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.22315240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6831514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02267
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.528 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 31 -
Rwork0.269 530 -
all-561 -
obs--44.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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