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- PDB-6qdj: Molecular features of the UNC-45 chaperone critical for binding a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qdj
タイトルMolecular features of the UNC-45 chaperone critical for binding and folding muscle myosin
要素Myosin-4
キーワードMOTOR PROTEIN / MYOSIN / MHC-B / UNC-54
機能・相同性
機能・相同性情報


egg-laying behavior / striated muscle myosin thick filament / skeletal muscle myosin thick filament assembly / A band / muscle myosin complex / myosin filament / locomotion / myosin II complex / structural constituent of muscle / sarcomere organization ...egg-laying behavior / striated muscle myosin thick filament / skeletal muscle myosin thick filament assembly / A band / muscle myosin complex / myosin filament / locomotion / myosin II complex / structural constituent of muscle / sarcomere organization / microfilament motor activity / muscle contraction / actin filament binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 1,4-BUTANEDIOL / HEXANE-1,6-DIOL / 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / S-1,2-PROPANEDIOL / Myosin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.884 Å
データ登録者Meinhart, A. / Clausen, T. / Arnese, R.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP 22570 オーストリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Molecular features of the UNC-45 chaperone critical for binding and folding muscle myosin.
著者: Hellerschmied, D. / Lehner, A. / Franicevic, N. / Arnese, R. / Johnson, C. / Vogel, A. / Meinhart, A. / Kurzbauer, R. / Deszcz, L. / Gazda, L. / Geeves, M. / Clausen, T.
履歴
登録2019年1月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,37717
ポリマ－90,3721
非ポリマー2,00516
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area34280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.110, 111.960, 84.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Myosin-4 / Myosin heavy chain B / MHC B / Uncoordinated protein 54


分子量: 90372.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: unc-54, myo-4, F11C3.3 / プラスミド: bFastBac Dual / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P02566

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非ポリマー , 7種, 253分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#7: 化合物 ChemComp-P15 / 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / ヘキサエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 296.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28O7
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES/imidazole pH 6.5 10 % PEG 4000 20 % glycerol 20 mM 1,6-hexandiol 20 mM 1-butanol 20 mM (RS)-1,2-propanediol 20 mM 2-propanol 20 mM 1,4-butanediol 20 mM 1,3-propandiol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月17日
放射モノクロメーター: KB-mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.884→85 Å / Num. obs: 76208 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 37.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.884→2.05 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / CC1/2: 0.866 / Rrim(I) all: 0.454 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5m05

5m05


解像度: 1.884→84.026 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.81
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2128 3811 5 %Random
Rwork0.1845 ---
obs0.186 76204 94.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.884→84.026 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6126 0 131 237 6494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0578569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8113862
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065915
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061097
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8839-1.90780.3379360.3244671X-RAY DIFFRACTION24
1.9078-1.93290.31951170.26662225X-RAY DIFFRACTION78
1.9329-1.95940.26021300.24182485X-RAY DIFFRACTION90
1.9594-1.98730.2451400.22662658X-RAY DIFFRACTION94
1.9873-2.0170.2751460.22252762X-RAY DIFFRACTION97
2.017-2.04850.23891470.21222791X-RAY DIFFRACTION99
2.0485-2.08210.25991490.20982838X-RAY DIFFRACTION99
2.0821-2.1180.26351460.19842781X-RAY DIFFRACTION99
2.118-2.15650.23331480.19132806X-RAY DIFFRACTION99
2.1565-2.1980.23541450.19082764X-RAY DIFFRACTION99
2.198-2.24290.25911500.1952832X-RAY DIFFRACTION99
2.2429-2.29170.21351460.19562781X-RAY DIFFRACTION99
2.2917-2.3450.23631480.19512815X-RAY DIFFRACTION99
2.345-2.40360.26071460.19142777X-RAY DIFFRACTION99
2.4036-2.46860.24491480.19112815X-RAY DIFFRACTION99
2.4686-2.54130.23381470.18612778X-RAY DIFFRACTION99
2.5413-2.62330.23291460.18472776X-RAY DIFFRACTION98
2.6233-2.71710.19721470.16972803X-RAY DIFFRACTION98
2.7171-2.82590.19681470.18012781X-RAY DIFFRACTION98
2.8259-2.95450.21261470.1772800X-RAY DIFFRACTION99
2.9545-3.11020.20341480.17392810X-RAY DIFFRACTION98
3.1102-3.30510.23481450.17582760X-RAY DIFFRACTION98
3.3051-3.56030.20571490.18072823X-RAY DIFFRACTION98
3.5603-3.91860.19361470.16682804X-RAY DIFFRACTION98
3.9186-4.48560.17581490.16912822X-RAY DIFFRACTION99
4.4856-5.65120.20741470.18952797X-RAY DIFFRACTION98
5.6512-84.10990.18341500.18472838X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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