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- PDB-6qcv: Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qcv
タイトルCrystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 14-mer RNA primer and CTP
要素
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA (5'-D(*(GDM))-R(P*GP*AP*AP*UP*GP*CP*UP*AP*UP*AP*AP*UP*AP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*UP*UP*CP*UP*GP*CP*UP*AP*UP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA dependent RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10) / Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Cusack, S. / Drncova, P.
資金援助European Union, フランス, 2件
組織認可番号国
European Commission322586European Union
French National Research AgencyANR-18-CE11-0028 フランス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structural snapshots of actively transcribing influenza polymerase.
著者: Tomas Kouba / Petra Drncová / Stephen Cusack /
要旨: Influenza virus RNA-dependent RNA polymerase uses unique mechanisms to transcribe its single-stranded genomic viral RNA (vRNA) into messenger RNA. The polymerase is initially bound to a promoter ...Influenza virus RNA-dependent RNA polymerase uses unique mechanisms to transcribe its single-stranded genomic viral RNA (vRNA) into messenger RNA. The polymerase is initially bound to a promoter comprising the partially base-paired 3' and 5' extremities of the RNA. A short, capped primer, 'cap-snatched' from a nascent host polymerase II transcript, is directed towards the polymerase active site to initiate RNA synthesis. Here we present structural snapshots, as determined by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy, of actively initiating influenza polymerase as it transitions towards processive elongation. Unexpected conformational changes unblock the active site cavity to allow establishment of a nine-base-pair template-product RNA duplex before the strands separate into distinct exit channels. Concomitantly, as the template translocates, the promoter base pairs are broken and the template entry region is remodeled. These structures reveal details of the influenza polymerase active site that will help optimize nucleoside analogs or other compounds that directly inhibit viral RNA synthesis.
履歴
登録2018年12月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.02024年2月28日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_audit_support / pdbx_poly_seq_scheme / struct_conn
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
M: RNA (5'-D(*(GDM))-R(P*GP*AP*AP*UP*GP*CP*UP*AP*UP*AP*AP*UP*AP*G)-3')
R: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*UP*UP*CP*UP*GP*CP*UP*AP*UP*U)-3')
V: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,4979
ポリマ－278,8956
非ポリマー6023
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50270 Å2
ΔGint-316 kcal/mol
Surface area87260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.191, 200.191, 256.208
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 85822.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag C-terminal linker and TEV site
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q5V8Z9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 1 / PB1 / RNA-directed RNA polymerase subunit P1


分子量: 86207.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal linker C-terminal linker and TEV site
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8Y6, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 90844.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal linker C-terminal STREP tag and TEV site
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8X3

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 MRV

#4: RNA鎖 RNA (5'-D(*(GDM))-R(P*GP*AP*AP*UP*GP*CP*UP*AP*UP*AP*AP*UP*AP*G)-3')


分子量: 4936.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Capped RNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*UP*UP*CP*UP*GP*CP*UP*AP*UP*U)-3')


分子量: 6525.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 3' end of vRNA promoter (extended) / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 4557.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 5' end of vRNA promoter / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 3分子

#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.85 % / 解説: marquise shaped
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 14-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 ...詳細: Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 14-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4. CTP was soaked for 18 hours into grown crystals at a final concentration of 5 mM in the drop.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→50 Å / Num. obs: 64019 / % possible obs: 67.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rrim(I) all: 0.189 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 3.24→3.48 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.19 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.65 / Rrim(I) all: 1.28 / % possible all: 60.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MSG

5msg


解像度: 3.24→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.815 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 55.338 / SU ML: 0.381 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.486 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23448 3069 4.8 %RANDOM
Rwork0.20868 ---
obs0.20995 60950 67.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 116.801 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.36 Å2-1.18 Å2-0 Å2
2---2.36 Å20 Å2
3---7.65 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.24→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17470 1064 35 0 18569
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01319022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01717353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1331.62225874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0621.61940432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.31252190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.27122.53921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.284153368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.93715118
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0390.22518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0220246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023910
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5475.7538778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5475.7538777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9778.6310962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9778.62910963
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4825.82910244
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4825.82910243
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.8868.72514913
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.14969.28521980
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.14969.28321981
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.24→3.324 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 33 -
Rwork0.334 382 -
obs--5.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7147-0.39450.1560.8692-0.08140.10270.26010.8592-0.6437-0.8432-0.09250.2490.32780.0869-0.16762.0346-0.26730.0231.9072-0.41450.9495-72.394423.6055-68.248
20.97530.2862-0.24783.11080.08761.42890.2919-0.04540.10130.4643-0.27590.0907-0.1360.1739-0.0160.6454-0.46640.07520.383-0.05110.1232-51.119760.357-6.5611
31.82970.39520.27961.7647-0.85081.29290.2015-0.33230.2920.7116-0.16560.1185-0.1603-0.037-0.03591.0432-0.50030.28390.3113-0.19430.1328-66.133857.56922.7782
40.86540.49690.34411.2212-0.62190.94380.3878-0.0657-0.1610.1733-0.3732-0.25990.15310.3665-0.01460.8208-0.38510.0250.4065-0.05380.1497-49.744238.5364-10.2345
50.9887-0.06350.01921.5203-1.23341.2448-0.01060.3731-0.1336-0.1856-0.0959-0.26840.42920.0040.10650.9173-0.17580.15580.6576-0.14380.2439-52.031836.4823-39.4373
61.33140.1130.21871.5586-0.40510.3410.06610.2069-0.35730.1151-0.0691-0.40090.39150.01270.0031.0989-0.26190.04670.3799-0.11560.3078-54.679928.9937-24.8934
71.47630.936-0.5723.2251-0.43150.47260.2732-0.0208-0.21050.4487-0.4098-0.32830.19130.22090.13660.9667-0.20430.04660.54040.01930.1319-43.129235.9742-17.4098
87.5148-2.2605-2.04683.2165-1.82623.11550.2152-0.61930.28790.2272-0.4266-0.42230.12070.70710.21141.0852-0.2947-0.00830.3501-0.12320.3519-56.411523.8985-2.8105
91.19760.4994-0.02393.1169-0.9073.41560.01990.14710.55390.17820.1391-0.0466-0.1566-0.6227-0.1590.5831-0.3210.29680.3456-0.07590.4537-82.466159.2637-19.1521
101.4567-2.4122-2.42454.11134.12444.14380.23040.4472-0.1462-0.1208-0.53260.2421-0.0698-0.63920.30221.0454-0.27310.03150.97180.18390.5521-69.182556.6648-42.0459
112.8594-0.1435-0.05041.67290.67734.42320.22181.07060.1135-0.90370.00730.25610.2497-1.0121-0.22911.1257-0.2950.03231.22780.07240.3548-76.245945.6749-62.8143
120.95250.1805-0.41861.2779-0.05341.70280.02680.64870.1177-0.31650.04680.45060.4135-0.3422-0.07360.8082-0.3230.12420.6906-0.00570.3937-81.349548.3887-35.0703
133.2473-0.0363-0.18062.98590.45922.33810.17241.0871-0.547-0.6902-0.0022-0.16910.49290.056-0.17021.3052-0.49530.15070.8672-0.10430.5072-98.127611.4763-22.6255
143.3746-1.71391.29233.7491-1.22693.98590.055-0.6717-0.30020.766-0.05340.10690.0548-0.0382-0.00161.1178-0.59710.14640.5223-0.00690.1889-82.512117.147116.8668
1513.41889.29410.18486.50680.30860.7308-0.78331.4330.2881-0.70020.86260.2604-0.0543-0.4322-0.07931.353-0.15980.01340.8564-0.04680.9851-74.917132.3089-22.5467
1610.63484.9581-1.27532.42970.02775.3956-0.02860.3251-0.18330.00480.074-0.21110.00760.2402-0.04550.329-0.21190.12830.45890.14670.4216-46.449977.5446-36.5892
172.03861.6263-0.226.7946-1.90940.58040.24920.3196-0.22480.8035-0.5215-0.9793-0.23160.28040.27230.6534-0.13730.11730.6819-0.02060.5097-51.669954.4809-28.6488
1814.02599.4903-3.85148.7759-1.37681.715-0.20830.55280.14640.65830.25390.21930.4101-0.1812-0.04560.6748-0.16430.110.4295-0.03610.3668-63.684736.7735-24.0019
194.41142.1657-2.96811.6932-1.30742.03810.3171-0.10540.14030.351-0.23520.1191-0.16580.0548-0.08190.666-0.32470.14570.3172-0.05270.2042-44.823764.0479-17.4342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 222
2X-RAY DIFFRACTION2A223 - 392
3X-RAY DIFFRACTION3A393 - 727
4X-RAY DIFFRACTION4B0 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5B73 - 203
6X-RAY DIFFRACTION6B204 - 346
7X-RAY DIFFRACTION7B347 - 454
8X-RAY DIFFRACTION8B455 - 497
9X-RAY DIFFRACTION9B498 - 623
10X-RAY DIFFRACTION10B624 - 698
11X-RAY DIFFRACTION11B699 - 749
12X-RAY DIFFRACTION12C0 - 253
13X-RAY DIFFRACTION13C254 - 542
14X-RAY DIFFRACTION14C543 - 740
15X-RAY DIFFRACTION15M0 - 14
16X-RAY DIFFRACTION15N1
17X-RAY DIFFRACTION16R1 - 10
18X-RAY DIFFRACTION17R11 - 15
19X-RAY DIFFRACTION18R16 - 21
20X-RAY DIFFRACTION19V1 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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