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- PDB-6qbd: Crystal structure of NLPPya P41A, D44N, N48E mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qbd
タイトルCrystal structure of NLPPya P41A, D44N, N48E mutant
要素25 kDa protein elicitor
キーワードTOXIN / NLP protein / mutant / beta-sandwich / Pythium aphanidermatum
機能・相同性Necrosis inducing protein / Necrosis inducing protein (NPP1) / killing of cells of another organism / extracellular region / metal ion binding / 25 kDa protein elicitor
機能・相同性情報
生物種Pythium aphanidermatum (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lenarcic, T. / Podobnik, M. / Anderluh, G.
資金援助 スロベニア, 2件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0391 スロベニア
Slovenian Research AgencyJ1-7515 スロベニア
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2019
タイトル: Molecular basis for functional diversity among microbial Nep1-like proteins.
著者: Lenarcic, T. / Pirc, K. / Hodnik, V. / Albert, I. / Borisek, J. / Magistrato, A. / Nurnberger, T. / Podobnik, M. / Anderluh, G.
履歴
登録2018年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 25 kDa protein elicitor
B: 25 kDa protein elicitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6575
ポリマ－46,5842
非ポリマー733
水7,458414
1
A: 25 kDa protein elicitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3413
ポリマ－23,2921
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 25 kDa protein elicitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3162
ポリマ－23,2921
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.391, 87.391, 115.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-485-

HOH

21B-451-

HOH

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要素

#1: タンパク質 25 kDa protein elicitor


分子量: 23291.896 Da / 分子数: 2 / 変異: P41A, D44N, N48E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pythium aphanidermatum (真核生物)
遺伝子: SD21-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SPD4
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.3 M MgCl2, 0.1 M Tris/HCl pH 9, 10 % (v/v) glycerol, 5 % (v/v) methanol, 22 % (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月14日
詳細: a vertical collimating mirror, a double-crystal Si(111) monochromator, a bendable focussing mirror
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→42.284 Å / Num. obs: 33415 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.024 % / Biso Wilson estimate: 18.64 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.225 / Rrim(I) all: 0.234 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 9.38
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.94-2.0612.1980.7153.5253000.9250.746100
2.06-2.213.7830.4645.6549730.9680.482100
2.2-2.3813.6560.3836.846790.9770.398100
2.38-2.6113.370.337.7842950.9790.343100
2.61-2.9112.1920.2619.6639300.9830.273100
2.91-3.3613.4380.18913.5634880.9890.196100
3.36-4.1113.3230.16216.9229850.9870.168100
4.11-5.811.9520.1521723570.9890.159100
5.8-42.28412.7460.14418.2114080.9930.15199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.95 Å42.28 Å
Translation1.95 Å42.28 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEVERSION Jan 26, 2018データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSVERSION Jan 26, 2018データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GNZ

3gnz


解像度: 1.95→42.284 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2068 2000 5.99 %
Rwork0.1696 --
obs0.1718 33411 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.55 Å2 / Biso mean: 17.2826 Å2 / Biso min: 8.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→42.284 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3168 0 3 414 3585
Biso mean--24.31 21.39 -
残基数----409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073253
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7594422
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051467
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.1021922
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.9501-1.99880.22851400.210721942334
1.9988-2.05290.22181400.177621952335
2.0529-2.11330.21961400.165221992339
2.1133-2.18150.20691400.168322142354
2.1815-2.25940.2421410.168222082349
2.2594-2.34990.24831410.1722142355
2.3499-2.45680.24481410.1722232364
2.4568-2.58640.21511420.179622232365
2.5864-2.74840.20491420.188422362378
2.7484-2.96050.21811420.17922382380
2.9605-3.25830.18521450.17522612406
3.2583-3.72960.2261440.161422662410
3.7296-4.69790.15641460.141122992445
4.6979-42.29370.19791560.176224412597
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.1385 Å / Origin y: 20.5583 Å / Origin z: 21.0944 Å
111213212223313233
T0.1193 Å20.0005 Å2-0.0012 Å2-0.1134 Å2-0.0091 Å2--0.1363 Å2
L0.423 °2-0.0263 °20.0381 °2--0.1976 °2-0.0106 °2---0.022 °2
S-0.0089 Å °0.0647 Å °-0.0227 Å °-0.0003 Å °0.018 Å °-0.0011 Å °0.0082 Å °0.012 Å °0.0101 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 213
2X-RAY DIFFRACTION1allA301 - 302
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 213
4X-RAY DIFFRACTION1allB301
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 300
6X-RAY DIFFRACTION1allS301 - 351
7X-RAY DIFFRACTION1allS352 - 414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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