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万見
- PDB-6q9v: MSRB3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q9v
タイトルMSRB3
要素(Methionine-R-sulfoxide reductase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / methionine sulfoxide / enzyme / msr
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine (R)-S-oxide reductase / L-methionine-(R)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / Protein repair / protein repair / response to oxidative stress / endoplasmic reticulum / mitochondrion / zinc ion binding ...L-methionine (R)-S-oxide reductase / L-methionine-(R)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / Protein repair / protein repair / response to oxidative stress / endoplasmic reticulum / mitochondrion / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain / SelR domain / Methionine-R-sulfoxide reductase (MsrB) domain profile. / Mss4-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionine-R-sulfoxide reductase B3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Javitt, G. / Fass, D.
引用ジャーナル: Antioxid.Redox Signal. / 年: 2020
タイトル: Structure and Electron-Transfer Pathway of the Human Methionine Sulfoxide Reductase MsrB3.
著者: Javitt, G. / Cao, Z. / Resnick, E. / Gabizon, R. / Bulleid, N.J. / Fass, D.
履歴
登録2018年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年9月9日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine-R-sulfoxide reductase B3
B: Methionine-R-sulfoxide reductase B3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,53910
ポリマ－34,7652
非ポリマー7748
水5,459303
1
A: Methionine-R-sulfoxide reductase B3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9965
ポリマ－17,5981
非ポリマー3984
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methionine-R-sulfoxide reductase B3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5435
ポリマ－17,1671
非ポリマー3764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.025, 65.183, 112.777
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Methionine-R-sulfoxide reductase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methionine-R-sulfoxide reductase B3 / MsrB3


分子量: 17598.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSRB3, UNQ1965/PRO4487 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8IXL7, peptide-methionine (R)-S-oxide reductase, L-methionine (R)-S-oxide reductase
#2: タンパク質 Methionine-R-sulfoxide reductase B3 / MsrB3


分子量: 17166.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSRB3, UNQ1965/PRO4487 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8IXL7, peptide-methionine (R)-S-oxide reductase, L-methionine (R)-S-oxide reductase

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非ポリマー , 4種, 311分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200mM NaCl, 100mM Cacodylate pH 7.4, 1.6M Ammonium Sulfate, 10% 2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→56.435 Å / Num. obs: 28505 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 19.41 Å2 / Rpim(I) all: 0.105 / Rrim(I) all: 0.275 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 192229
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.85-1.8871.4974913850.6031.6297.9
5.02-56.4356.49.61016615840.0470.1299.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QA0

6qa0


解像度: 1.85→56.435 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2256 1463 5.15 %
Rwork0.1819 26948 -
obs0.1842 28411 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.22 Å2 / Biso mean: 23.0244 Å2 / Biso min: 8.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→56.435 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2242 0 83 303 2628
Biso mean--35.29 31.4 -
残基数----287
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8498-1.91590.30621590.24512651281099
1.9159-1.99260.26621470.221326212768100
1.9926-2.08330.28071520.216726312783100
2.0833-2.19320.22631200.185926932813100
2.1932-2.33060.23281420.186426892831100
2.3306-2.51050.23471530.186326552808100
2.5105-2.76320.25051290.186827042833100
2.7632-3.1630.21361450.18072689283499
3.163-3.98480.20221550.15127412896100
3.9848-56.46080.19841610.173828743035100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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