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- PDB-6q9j: Crystal structure of reduced Aquifex aeolicus NADH-quinone oxidor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q9j
タイトルCrystal structure of reduced Aquifex aeolicus NADH-quinone oxidoreductase subunits NuoE G129S and NuoF bound to NADH
要素(NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / respiratory chain / complex I / NADH ubiquinone oxidoreductase / Fe-S clusters
機能・相同性
機能・相同性情報


: / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Soluble ligand binding domain / SLBB domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. ...Soluble ligand binding domain / SLBB domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH-quinone oxidoreductase subunit E
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Wohlwend, D. / Gerhardt, S. / Gnandt, E. / Friedrich, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationRTG 1976 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A mechanism to prevent production of reactive oxygen species by Escherichia coli respiratory complex I.
著者: Schulte, M. / Frick, K. / Gnandt, E. / Jurkovic, S. / Burschel, S. / Labatzke, R. / Aierstock, K. / Fiegen, D. / Wohlwend, D. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Friedrich, T.
履歴
登録2018年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,67727
ポリマ－134,2544
非ポリマー4,42323
水17,601977
1
A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,19812
ポリマ－67,1272
非ポリマー2,07210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8090 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area21600 Å2
手法PISA
2
C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,47915
ポリマ－67,1272
非ポリマー2,35213
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area21290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.637, 116.339, 190.286
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E


分子量: 18603.646 Da / 分子数: 2 / 変異: G129S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pETBlue-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: O66842, NADH dehydrogenase (quinone)
#2: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH dehydrogenase I subunit F / NDH-1 subunit F


分子量: 48523.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: nuoF, aq_573 / プラスミド: pETBlue-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: O66841, NADH dehydrogenase (quinone)

-
非ポリマー , 8種, 1000分子

#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#6: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#7: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 977 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.72 % / Mosaicity: 0.13 °
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.75
詳細: (NH4)2SO4, BisTris, NaCl, cryo-protection with glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月24日 / 詳細: Rh coated meridionally focussing mirror
放射モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Si (111) Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→48.15 Å / Num. obs: 124614 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.83-1.8614.11.77161070.7610.4861.83799.5
10.02-48.15120.0488840.9990.0140.0598.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化解像度: 1.83→48.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 5.297 / SU ML: 0.089 / SU R Cruickshank DPI: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.109
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1967 6409 5.1 %RANDOM
Rwork0.1719 ---
obs0.1731 118114 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.01 Å2 / Biso mean: 28.416 Å2 / Biso min: 16.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å2-0 Å2
2--1.88 Å2-0 Å2
3----2.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→48.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9117 0 239 977 10333
Biso mean--28.32 39.61 -
残基数----1147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0139646
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2191.65313066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.191.58820781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.30651153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.71122.704477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.412151648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1241552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210899
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021957
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.878 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 453 -
Rwork0.283 8689 -
all-9142 -
obs--99.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6377-3.6155-3.867212.28874.22564.6673-0.24730.0687-0.65750.3569-0.15320.35320.62220.00540.40040.3423-0.05-0.11320.19780.01520.425510.4975-18.6008-58.8148
23.9925-2.2316-0.95243.96211.23322.84260.11230.2552-0.4865-0.0392-0.0690.29630.3754-0.196-0.04330.1666-0.0906-0.06050.08790.01820.17514.2312-11.4253-62.6262
34.8518-1.20020.45473.9922-1.15632.5730.16250.3924-0.3905-0.2663-0.02520.32850.3581-0.2277-0.13740.1876-0.0541-0.06810.1127-0.03470.113314.6698-8.6126-68.6436
41.7565-0.22570.14423.6972-0.21592.84770.11590.2542-0.2413-0.3001-0.04790.20420.4145-0.0287-0.0680.10960.0329-0.03830.1142-0.00250.06434.7498-8.1778-61.3667
53.18872.08860.81376.16171.40852.7049-0.06020.2762-0.2631-0.2920.1985-0.29450.44830.5595-0.13830.18230.095-0.01820.1758-0.01040.097942.8773-13.0892-60.7721
61.6933-0.2360.00713.4618-0.53191.59520.06690.0203-0.17260.043-0.0003-0.0930.30620.1928-0.06650.07110.0351-0.03230.08520.00330.042338.8918-7.869-52.6168
71.7116-0.01690.05980.482-0.15461.3041-0.0027-0.11930.05780.05640.05010.0246-0.0504-0.0646-0.04740.0125-0.0048-0.00270.04260.01560.013422.262912.6811-49.1314
83.26650.05110.43280.85140.30243.0427-0.01430.16570.0143-0.03970.0202-0.17310.00620.4037-0.0060.0438-0.00920.01070.09210.00950.037640.035212.2306-74.0321
92.16012.66594.70164.33565.949210.2908-0.17160.01210.342-0.247-0.44010.5156-0.3503-0.02670.61170.33150.05810.00340.1958-0.06480.5656-20.32222.0136-14.4343
104.90292.75293.62813.01682.124.14380.05870.04940.7027-0.00150.00110.4141-0.367-0.2098-0.05980.16110.12440.13670.10960.060.3581-20.37319.4863-13.818
112.09990.1953-0.80370.72130.03080.91760.1364-0.36810.56670.1431-0.0120.2406-0.35540.0311-0.12440.22190.0240.04160.1338-0.09180.2292-9.915711.8881-6.8353
122.78430.6037-0.39097.07961.12342.5382-0.0465-0.39550.38930.51170.2422-0.5254-0.22880.5095-0.19570.1398-0.0693-0.03480.2418-0.05210.147312.608211.0308-11.867
131.9794-0.02470.0433.75850.20420.74340.102-0.04850.2890.102-0.0479-0.0105-0.21060.146-0.05410.0763-0.04750.02780.0790.01460.08244.067.2955-16.8407
145.44-1.2013-0.7715.25360.97493.24770.07840.01870.5421-0.18990.0296-0.0739-0.40650.2584-0.1080.1355-0.07080.03440.14540.02010.123211.186613.3246-23.4628
151.86580.19240.28440.7127-0.0541.9620.05980.12240.0013-0.0393-0.00950.06060.0408-0.066-0.05030.01130.0155-0.00130.03390.00630.0084-15.4229-9.0179-24.6203
160.9768-0.2618-0.12470.22320.12113.4060.07190.0159-0.12120.0148-0.0532-0.06480.21250.3859-0.01870.04530.0231-0.0160.08780.0280.09027.4359-15.2841-10.9938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2A22 - 51
3X-RAY DIFFRACTION3A52 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4A75 - 93
5X-RAY DIFFRACTION5A94 - 121
6X-RAY DIFFRACTION6A122 - 160
7X-RAY DIFFRACTION7B3 - 326
8X-RAY DIFFRACTION8B327 - 419
9X-RAY DIFFRACTION9C8 - 14
10X-RAY DIFFRACTION10C15 - 39
11X-RAY DIFFRACTION11C40 - 90
12X-RAY DIFFRACTION12C91 - 118
13X-RAY DIFFRACTION13C119 - 144
14X-RAY DIFFRACTION14C145 - 160
15X-RAY DIFFRACTION15D3 - 236
16X-RAY DIFFRACTION16D237 - 418

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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