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万見
- PDB-6q99: Ande virus L protein N-terminus mutant K124A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q99
タイトルAnde virus L protein N-terminus mutant K124A
要素RNA polymerase
キーワードVIRAL PROTEIN / Andes virus / nuclease / L protein / cap-snatching
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, hantavirus / RNA-directed RNA polymerase, hantavirus, N-terminal / RNA dependent RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
MANGANESE (III) ION / Replicase
類似検索 - 構成要素
生物種Andes orthohantavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.951 Å
データ登録者Fernandez-Garcia, Y. / Holm, T. / Kirchmair, J. / Wurr, S. / Gunther, S. / Reindl, S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchIB-045 ドイツ
German Research FoundationRE 3712/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Specific inhibition of a diverse set of segmented negative strand viruses by a single molecule
著者: Fernandez-Garcia, Y. / Kirchmair, J. / Holm, T. / Wurr, S. / Gunther, S. / Reindl, S.
履歴
登録2018年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2020年1月15日ID: 5HSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2994
ポリマ－23,0981
非ポリマー2023
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, SAXS data already published
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area530 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.341, 82.341, 79.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase


分子量: 23097.523 Da / 分子数: 1 / 変異: K124A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Andes orthohantavirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9E005
#2: 化合物 ChemComp-MN3 / MANGANESE (III) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 400mM (NH4)2SO4, 27% PEG3350, 100mM NaAc pH5.5, 10mM MnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.951→79.6 Å / Num. obs: 6154 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.05054 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.951→3.056 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1209 / Mean I/σ(I) obs: 4.77 / Num. unique obs: 591 / CC1/2: 0.565 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HSB

5hsb
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.951→79.599 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 30.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3133 611 9.93 %
Rwork0.2384 --
obs0.246 6153 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.951→79.599 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1612 0 8 5 1625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131647
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3122225
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.912635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007289
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9511-3.24810.37681450.28851336X-RAY DIFFRACTION100
3.2481-3.71810.36441500.26671362X-RAY DIFFRACTION100
3.7181-4.68430.25691520.20851373X-RAY DIFFRACTION100
4.6843-79.62780.29661640.21831471X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 176.8885 Å / Origin y: 149.4285 Å / Origin z: 95.4819 Å
111213212223313233
T0.1671 Å2-0.0819 Å20.0436 Å2-0.1977 Å20.001 Å2--0.3516 Å2
L0.9728 °20.0188 °20.4539 °2-1.3196 °2-0.3636 °2--0.9511 °2
S0.0627 Å °-0.3926 Å °0.1764 Å °-0.0227 Å °-0.007 Å °0.2317 Å °-0.0222 Å °-0.1824 Å °-0.0415 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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