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- PDB-6q7o: Crystal structure of OE1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q7o
タイトルCrystal structure of OE1
要素OE1
キーワードHYDROLASE / Computationally designed enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acylneuraminate-9-phosphatase activity / N-acetylneuraminate biosynthetic process / dephosphorylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, CTE7 / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold ...HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, CTE7 / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde 3-phosphate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Levy, C.W.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M027023/1 英国
European Research Council757991 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Design and evolution of an enzyme with a non-canonical organocatalytic mechanism.
著者: Burke, A.J. / Lovelock, S.L. / Frese, A. / Crawshaw, R. / Ortmayer, M. / Dunstan, M. / Levy, C. / Green, A.P.
履歴
登録2018年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7302
ポリマ－27,6901
非ポリマー401
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.110, 70.530, 52.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 OE1


分子量: 27689.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH0459 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58216
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 30 % w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.916 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.43 Å / Num. obs: 16357 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 36.05 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 1603 / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.36 / % possible all: 99.38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3304精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2UW6

2uw6


解像度: 2→41.43 Å / SU ML: 0.2602 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.2594
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2282 822 5.03 %Random
Rwork0.192 ---
obs0.1939 16352 99.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1847 0 1 110 1958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00232000
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5062705
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0373287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0024354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.82311242
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.130.29731400.27022567X-RAY DIFFRACTION99.19
2.13-2.290.30491330.24762572X-RAY DIFFRACTION99.05
2.29-2.520.27881410.23022585X-RAY DIFFRACTION99.45
2.52-2.880.28551250.23252580X-RAY DIFFRACTION99.63
2.88-3.630.24461420.1912585X-RAY DIFFRACTION99.49
3.63-51.210.17291410.15352641X-RAY DIFFRACTION99.39
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.70627101222 Å / Origin y: 1.37985654173 Å / Origin z: 14.8362512245 Å
111213212223313233
T0.307903738304 Å2-0.0165271349498 Å2-0.000960134970305 Å2-0.311384565065 Å20.0588722718884 Å2--0.331052531329 Å2
L1.15781929175 °2-0.195413365708 °20.0143485688618 °2-1.02282604511 °20.28998830149 °2--0.848964977866 °2
S0.076838696124 Å °0.230623072647 Å °0.0538375693261 Å °0.0273427415616 Å °-0.0723808852794 Å °-0.00664093767737 Å °0.0150989579677 Å °-0.125391984961 Å °-1.60971445415E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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