PDB-6q75: The structure of GH26A from Muricauda sp. MAR_2010_75

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q75

タイトル

The structure of GH26A from Muricauda sp. MAR_2010_75

要素

GH26A

キーワード

HYDROLASE / GH26 / glycoside hydrolase

生物種

Muricauda sp. MAR_2010_75 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Robb, C.S. / Hehemann, J.H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of GH26A from Muricauda sp. MAR_2010_75
著者: Robb, C.S. / Hehemann, J.H.

履歴

登録	2018年12月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q75.cif.gz	264 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q75.ent.gz	214.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q75.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6q75_validation.pdf.gz	446.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6q75_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
XML形式データ	6q75_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	6q75_validation.cif.gz	40.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/6q75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/6q75	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wdqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bym-1 3m2b-d 3i46-1 4gbm-d 2ycg-d 4nvn-d 1ml2-d 2bdx-d 3llc-d 1zgd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GH26A

B: GH26A

ヘテロ分子

77.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GH26A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GH26A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.524, 49.342, 71.711
Angle α, β, γ (deg.)	78.00, 89.83, 69.64
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	GH26A 分子量: 38779.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Muricauda sp. MAR_2010_75 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.96 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.15M Magnesium chloride 0.1M TRIS pH 8.5 21% PEG4000 20% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→45.12 Å / Num. obs: 58106 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 8362 / CC_1/2: 0.885 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3wdq

3wdq

解像度: 1.75→44.428 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1899	2969	5.11 %
R_work	0.1521	-	-
obs	0.1541	58069	96.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.428 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4970	0	20	428	5418

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5159
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.932	7043
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.703	2942
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	712
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	898

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7787	0.2651	146	0.2067	2558	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7787-1.8094	0.244	120	0.2046	2592	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8094-1.8423	0.2583	129	0.1941	2617	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8423-1.8777	0.2416	135	0.1888	2586	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8777-1.916	0.2594	159	0.1854	2585	X-RAY DIFFRACTION	95
1.916-1.9577	0.2464	136	0.1755	2618	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9577-2.0032	0.232	132	0.1627	2593	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0032-2.0533	0.209	144	0.153	2648	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0533-2.1088	0.1932	123	0.1476	2592	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1088-2.1709	0.1987	154	0.1441	2597	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1709-2.241	0.1762	152	0.1485	2608	X-RAY DIFFRACTION	96
2.241-2.3211	0.2227	131	0.1503	2662	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3211-2.414	0.2017	147	0.1583	2592	X-RAY DIFFRACTION	97
2.414-2.5238	0.1861	125	0.1619	2677	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5238-2.6569	0.1955	150	0.1517	2646	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6569-2.8233	0.1658	143	0.1531	2622	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8233-3.0413	0.1783	141	0.151	2643	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0413-3.3472	0.1989	141	0.1511	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3472-3.8313	0.183	147	0.1379	2659	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8313-4.8262	0.1599	167	0.1269	2653	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8262-44.4418	0.1619	147	0.1543	2690	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3553	0.2081	0.6885	1.6738	0.1621	1.8646	-0.0276	-0.0095	0.0452	0.2008	-0.0214	-0.1768	-0.1887	0.0461	0.0536	0.229	-0.026	-0.0304	0.1837	0.0062	0.1985	-10.2918	-17.6513	-47.2325
2	0.8426	0.01	0.3886	1.11	-0.17	1.5379	0.1478	0.0067	-0.1563	0.2654	-0.1211	-0.3714	0.167	0.1696	-0.03	0.2795	0.0015	-0.0942	0.2118	0.0071	0.2588	-7.1545	-33.2324	-41.939
3	0.8243	0.0564	0.1543	1.4112	0.0115	1.1031	0.0706	-0.1186	-0.0198	0.3214	-0.0854	-0.0223	0.073	-0.1557	0.0065	0.2626	-0.0246	-0.0154	0.1918	-0.0045	0.1435	-19.8508	-30.9107	-41.8939
4	1.6802	0.1921	0.0403	1.2543	0.2053	1.6309	-0.035	-0.0263	0.1356	-0.0004	-0.0706	0.0823	-0.3387	-0.1251	0.0975	0.2704	0.038	-0.0188	0.2065	-0.0116	0.1713	-22.2672	-15.17	-53.9258
5	0.8258	-0.7701	0.0047	1.7597	-0.1845	1.6867	0.131	0.0948	0.0135	-0.4259	-0.1423	-0.0484	0.1362	0.0619	0.0045	0.1849	0.0225	0.0259	0.1626	0.001	0.1642	-30.499	-34.4145	-87.0034
6	1.0137	-0.7025	0.2718	2.301	-0.2108	1.5899	0.0555	0.039	-0.0085	-0.2927	-0.0126	0.1556	-0.1155	-0.1642	-0.035	0.1417	0.018	-0.0069	0.1698	0.0049	0.1612	-41.6353	-23.5979	-83.2606
7	1.2733	-0.2533	0.0402	2.0379	-0.5136	1.8812	-0.0062	-0.0645	-0.0279	0.0193	0.0202	-0.1158	0.1805	0.1053	-0.0157	0.1364	0.0109	0.0005	0.1678	0.0022	0.1763	-28.3234	-38.6726	-73.4932

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 87 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 88 through 165 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 166 through 251 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 252 through 333 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 24 through 87 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 88 through 251 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 252 through 329 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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