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- PDB-6q5g: The ABC transporter associated binding protein from B. animalis s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q5g
タイトルThe ABC transporter associated binding protein from B. animalis subsp. lactis Bl-04 without ligand. SeMet variant
要素Sugar ABC transporter substrate-binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / complex / ABC transporter / phasing
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / transmembrane transport / ABC transporter substrate-binding protein / :
機能・相同性情報
生物種Bifidobacterium animalis subsp. lactis BB-12 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fredslund, F. / Lo Leggio, L.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research4002-00297 デンマーク
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Substrate preference of an ABC importer corresponds to selective growth on beta-(1,6)-galactosides inBifidobacterium animalissubsp.lactis.
著者: Theilmann, M.C. / Fredslund, F. / Svensson, B. / Lo Leggio, L. / Abou Hachem, M.
履歴
登録2018年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugar ABC transporter substrate-binding protein
B: Sugar ABC transporter substrate-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,4452
ポリマ－93,4452
非ポリマー00
水10,845602
1
A: Sugar ABC transporter substrate-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7231
ポリマ－46,7231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sugar ABC transporter substrate-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7231
ポリマ－46,7231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.935, 69.364, 97.297
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sugar ABC transporter substrate-binding protein


分子量: 46722.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Selenomethionine variant
由来: (組換発現) Bifidobacterium animalis subsp. lactis BB-12 (バクテリア)
遺伝子: DU497_02550 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A386JXS7, UniProt: A0A1C7FWS9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MDP, 30 mM each of di-,tri-,tetra- and pentaethyleneglycol with 0.1M MES/imidazole at pH6.5
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97901 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46 Å / Num. obs: 54411 / % possible obs: 98.87 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 27.74 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.09542 / Net I/σ(I): 13.35
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AutoSol1.11.1位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→47.113 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2004 1012 1.86 %
Rwork0.1774 --
obs0.1778 54407 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.113 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6439 0 0 602 7041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5518996
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7883868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04936
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031177
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.10550.2831360.23417164X-RAY DIFFRACTION93
2.1055-2.23740.25051450.20267674X-RAY DIFFRACTION100
2.2374-2.41010.22651450.19067628X-RAY DIFFRACTION100
2.4101-2.65260.24091450.19847675X-RAY DIFFRACTION100
2.6526-3.03640.25851460.19697692X-RAY DIFFRACTION100
3.0364-3.82530.19391460.17147708X-RAY DIFFRACTION100
3.8253-47.12640.14441490.14897854X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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