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- PDB-6q4z: Structure of an inactive variant (D94N) of MPT-2, a GDP-Man-depen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q4z
タイトルStructure of an inactive variant (D94N) of MPT-2, a GDP-Man-dependent mannosyltransferase from Leishmania mexicana, in complex with beta-1,2-mannobiose
要素LmxM MPT-2 D94N
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性Mannosyltransferase/phosphorylase 1-like, Leishmania / Protein of unknown function (DUF1861) / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta / Glycosyl hydrolase-like protein
機能・相同性情報
生物種Leishmania mexicana MHOM/GT/2001/U1103 (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Sobala, L.F. / Males, A. / Bastidas, L.M. / Ward, T. / Sernee, M.F. / Ralton, J.E. / Nero, T.L. / Kloehn, J. / Viera-Lara, M. / Stanton, L. ...Sobala, L.F. / Males, A. / Bastidas, L.M. / Ward, T. / Sernee, M.F. / Ralton, J.E. / Nero, T.L. / Kloehn, J. / Viera-Lara, M. / Stanton, L. / Cobbold, S. / Pires, D.E. / Hanssen, E. / Parker, M.W. / Ascher, D.B. / Williams, S.J. / McConville, M.J. / Davies, G.J.
資金援助 オーストラリア, 英国, 5件
組織認可番号国
Australian Research CouncilDP160100597 オーストラリア
Australian Research CouncilDP180101957 オーストラリア
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M011151 英国
European Research CouncilERC-2012-AdG-322942 英国
National Health and Medical Research Council (Australia)APP1072476 オーストラリア
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019
タイトル: A Family of Dual-Activity Glycosyltransferase-Phosphorylases Mediates Mannogen Turnover and Virulence in Leishmania Parasites.
著者: Sernee, M.F. / Ralton, J.E. / Nero, T.L. / Sobala, L.F. / Kloehn, J. / Vieira-Lara, M.A. / Cobbold, S.A. / Stanton, L. / Pires, D.E.V. / Hanssen, E. / Males, A. / Ward, T. / Bastidas, L.M. / ...著者: Sernee, M.F. / Ralton, J.E. / Nero, T.L. / Sobala, L.F. / Kloehn, J. / Vieira-Lara, M.A. / Cobbold, S.A. / Stanton, L. / Pires, D.E.V. / Hanssen, E. / Males, A. / Ward, T. / Bastidas, L.M. / van der Peet, P.L. / Parker, M.W. / Ascher, D.B. / Williams, S.J. / Davies, G.J. / McConville, M.J.
履歴
登録2018年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年2月17日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_related_exp_data_set / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LmxM MPT-2 D94N
B: LmxM MPT-2 D94N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8694
ポリマ－76,1852
非ポリマー6852
水8,629479
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SECMALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area24060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.389, 98.115, 105.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 14 - 320 / Label seq-ID: 34 - 340

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 LmxM MPT-2 D94N


分子量: 38092.262 Da / 分子数: 2 / 変異: D94N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana MHOM/GT/2001/U1103 (メキシコリーシュマニア)
プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9AND8
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-2DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 200 mM triammonium citrate pH 7.0, 18-22% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→71.89 Å / Num. obs: 92517 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 19.59 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.26 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4023 / CC1/2: 0.629 / Rpim(I) all: 0.522 / Rrim(I) all: 1.368 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
DIALS1.11.2-g01fb9e997-releaseデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
REFMAC5.8.0238位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q4Y

6q4y


解像度: 1.55→71.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.693 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18941 4283 5.1 %RANDOM
Rwork0.12683 ---
obs0.12992 79610 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.653 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å2-0 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→71.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4812 0 46 479 5337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0135069
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174565
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5551.6566881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3931.58710632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5545627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.77322.53249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.5515812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2711520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021127
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6462.6442461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6472.6432460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5773.9773073
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5763.9773074
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.63.1012608
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.63.1012608
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5514.4993798
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.94831.7935570
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.86231.3165466
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.53639634
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9099 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.551→1.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 318 -
Rwork0.213 5723 -
obs--98.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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