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- PDB-6q45: F1-ATPase from Fusobacterium nucleatum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q45
タイトルF1-ATPase from Fusobacterium nucleatum
要素(ATP synthase ...) x 4
キーワードHYDROLASE / Complex / Fusobacterium / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain / Lysin / Thrombin, subunit H - #170 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal ...ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain / Lysin / Thrombin, subunit H - #170 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / : / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Helix Hairpins / Thrombin, subunit H / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP synthase subunit alpha / ATP synthase gamma chain / ATP synthase subunit beta / ATP synthase epsilon chain
類似検索 - 構成要素
生物種Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Petri, J. / Nakatani, Y. / Montgomery, M.G. / Ferguson, S.A. / Aragao, D. / Leslie, A.G.W. / Heikal, A. / Walker, J.E. / Cook, G.M.
資金援助 英国, ニュージーランド, 4件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105663150 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M009858/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184325 英国
Royal Society of New ZealandJames Cook Fellowship ニュージーランド
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2019
タイトル: Structure of F1-ATPase from the obligate anaerobe Fusobacterium nucleatum.
著者: Petri, J. / Nakatani, Y. / Montgomery, M.G. / Ferguson, S.A. / Aragao, D. / Leslie, A.G.W. / Heikal, A. / Walker, J.E. / Cook, G.M.
履歴
登録2018年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP synthase subunit alpha
B: ATP synthase subunit alpha
C: ATP synthase subunit alpha
D: ATP synthase subunit beta
E: ATP synthase subunit beta
F: ATP synthase subunit beta
G: ATP synthase gamma chain
H: ATP synthase epsilon chain
I: ATP synthase subunit alpha
J: ATP synthase subunit alpha
K: ATP synthase subunit alpha
L: ATP synthase subunit beta
M: ATP synthase subunit beta
N: ATP synthase subunit beta
O: ATP synthase gamma chain
P: ATP synthase epsilon chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)730,30936
ポリマ－725,31416
非ポリマー4,99520
水61334
1
A: ATP synthase subunit alpha
B: ATP synthase subunit alpha
C: ATP synthase subunit alpha
D: ATP synthase subunit beta
E: ATP synthase subunit beta
F: ATP synthase subunit beta
G: ATP synthase gamma chain
H: ATP synthase epsilon chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,15518
ポリマ－362,6578
非ポリマー2,49710
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: ATP synthase subunit alpha
J: ATP synthase subunit alpha
K: ATP synthase subunit alpha
L: ATP synthase subunit beta
M: ATP synthase subunit beta
N: ATP synthase subunit beta
O: ATP synthase gamma chain
P: ATP synthase epsilon chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,15518
ポリマ－362,6578
非ポリマー2,49710
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.940, 200.209, 201.725
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21I
12B
22J
13C
23K
14D
24L
15E
25M
16F
26N
17G
27O

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A25 - 500
2111I25 - 500
1121B26 - 500
2121J26 - 500
1131C27 - 114
2131K27 - 114
1231C140 - 500
2231K140 - 500
1141D1 - 95
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1241D125 - 461
2241L125 - 461
1151E1 - 78
2151M1 - 78
1251E109 - 460
2251M109 - 460
1161F1 - 460
2161N1 - 460
1171G3 - 131
2171O3 - 131
1271G151 - 197
2271O151 - 197
1371G221 - 282
2371O221 - 282

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.249169, 0.060766, 0.966552), (0.093099, -0.99491, 0.038548), (0.963975, 0.08038, -0.253558)34.279629, -16.012581, 97.568298
3given(1), (1), (1)
4given(0.257499, 0.075214, 0.963347), (0.093264, -0.994246, 0.052697), (0.961767, 0.076277, -0.263032)34.49947, -16.26795, 97.832207
5given(1), (1), (1)
6given(0.271445, 0.071063, 0.959827), (0.093345, -0.994513, 0.047233), (0.957917, 0.076773, -0.276589)34.776161, -16.160179, 97.835121
7given(1), (1), (1)
8given(0.2605, 0.068346, 0.963052), (0.085095, -0.995235, 0.047612), (0.961716, 0.069548, -0.265075)34.513279, -16.32818, 97.793343
9given(1), (1), (1)
10given(0.270455, 0.090436, 0.958476), (0.085863, -0.993877, 0.069548), (0.958896, 0.063488, -0.276564)35.083569, -16.41407, 97.402496
11given(1), (1), (1)
12given(0.274981, 0.077875, 0.958291), (0.09686, -0.993887, 0.052973), (0.956558, 0.078254, -0.280843)34.885609, -16.31321, 97.919167
13given(1), (1), (1)
14given(0.319102, -0.077033, 0.944584), (-0.055367, -0.996504, -0.062563), (0.946102, -0.032334, -0.322252)36.67223, -18.371361, 98.818657

-
要素

-
ATP synthase ... , 4種, 16分子 ABCIJKDEFLMNGOHP

#1: タンパク質
ATP synthase subunit alpha / ATP synthase F1 sector subunit alpha / F-ATPase subunit alpha


分子量: 54834.941 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア)
株: ATCC 25586 / CIP 101130 / JCM 8532 / LMG 13131 / 遺伝子: atpA, FN0360 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DK8 / 参照: UniProt: Q8RGE0
#2: タンパク質
ATP synthase subunit beta / ATP synthase F1 sector subunit beta / F-ATPase subunit beta


分子量: 50274.090 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア)
株: ATCC 25586 / CIP 101130 / JCM 8532 / LMG 13131 / 遺伝子: atpD, FN0358 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DK8 / 参照: UniProt: Q8RGE2
#3: タンパク質 ATP synthase gamma chain / ATP synthase F1 sector gamma subunit / F-ATPase gamma subunit


分子量: 32174.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア)
株: ATCC 25586 / CIP 101130 / JCM 8532 / LMG 13131 / 遺伝子: atpG, FN0359 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DK8 / 参照: UniProt: Q8RGE1
#4: タンパク質 ATP synthase epsilon chain / ATP synthase F1 sector epsilon subunit / F-ATPase epsilon subunit


分子量: 15155.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア)
株: ATCC 25586 / CIP 101130 / JCM 8532 / LMG 13131 / 遺伝子: atpC, FN0357 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DK8 / 参照: UniProt: Q8RGE3

-
非ポリマー , 4種, 54分子

#5: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 ul protein to 0.8ul 100 mM sodium citrate, pH 6.0, 100 mM magnesium acetate and 15.5% [w/v] polyethylene glycol 5000 monomethyl ether and 0.2 ul low melting point agarose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→49.29 Å / Num. obs: 97166 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.229 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 592580 / Scaling rejects: 400
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.6-3.664.41.0552035646460.5510.5551.21.594.6
19.73-49.296.30.10935835700.9830.0430.11715.588.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ik2

5ik2


解像度: 3.6→49.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / WRfactor Rfree: 0.2679 / WRfactor Rwork: 0.2217 / FOM work R set: 0.752 / SU B: 49.839 / SU ML: 0.685 / SU Rfree: 0.76 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.76 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2801 4871 5 %RANDOM
Rwork0.2374 ---
obs0.2395 92550 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 250.97 Å2 / Biso mean: 110.303 Å2 / Biso min: 48.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.01 Å2-0 Å23.82 Å2
2---4.7 Å2-0 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→49.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49424 0 304 34 49762
Biso mean--84.43 77.93 -
残基数----6420
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01450524
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01747401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7591.66568333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6581.637111069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.12956401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.45723.0672445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.748159198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.99415300
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0290.26840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0256200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.028522
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1A712225.97
2B704224.59
3C65678.74
4D643016.8
5E641936.55
6F687410.99
7G370013.82
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 397 -
Rwork0.363 6723 -
all-7120 -
obs--96.29 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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