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- PDB-6q42: Crystal Structure of Human Pancreatic Phospholipase A2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q42
タイトルCrystal Structure of Human Pancreatic Phospholipase A2
要素Phospholipase A2
キーワードHYDROLASE / pancreatic phospholipase / immunomodulator
機能・相同性
機能・相同性情報


Acyl chain remodelling of PG / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / activation of phospholipase A2 activity / Synthesis of PA / positive regulation of podocyte apoptotic process / regulation of D-glucose import / phosphatidylglycerol metabolic process ...Acyl chain remodelling of PG / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / activation of phospholipase A2 activity / Synthesis of PA / positive regulation of podocyte apoptotic process / regulation of D-glucose import / phosphatidylglycerol metabolic process / phospholipase A2 activity / phosphatidylcholine metabolic process / leukotriene biosynthetic process / neutrophil mediated immunity / phospholipase A2 / bile acid binding / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / neutrophil chemotaxis / innate immune response in mucosa / actin filament organization / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of protein secretion / positive regulation of MAP kinase activity / phospholipid binding / cellular response to insulin stimulus / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of immune response / positive regulation of fibroblast proliferation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / intracellular signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Saul, F. / Haouz, A. / Lambeau, G. / Theze, J.
引用ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2020
タイトル: PLA2G1B is involved in CD4 anergy and CD4 lymphopenia in HIV-infected patients.
著者: Pothlichet, J. / Rose, T. / Bugault, F. / Jeammet, L. / Meola, A. / Haouz, A. / Saul, F. / Geny, D. / Alcami, J. / Ruiz-Mateos, E. / Teyton, L. / Lambeau, G. / Theze, J.
履歴
登録2018年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2
B: Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4566
ポリマ－28,3142
非ポリマー1424
水6,107339
1
A: Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2283
ポリマ－14,1571
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2283
ポリマ－14,1571
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area12940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.610, 58.951, 122.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2 / Group IB phospholipase A2 / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase 1B


分子量: 14157.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G1B, PLA2, PLA2A, PPLA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04054, phospholipase A2
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 32% (w/v) PEG4K, 0.8M Lithium chloride, Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.07184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.2 Å / Num. obs: 18069 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.975 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B00

2b00


解像度: 1.9→42 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 --
Rwork0.175 --
obs-18016 99.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1958 0 4 339 2301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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