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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6q31 | ||||||
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タイトル | Dye type peroxidase Aa from Streptomyces lividans: 156.8 kGy structure | ||||||
![]() | Deferrochelatase/peroxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Dye type peroxidase / dose series / serial crystallography / heme | ||||||
機能・相同性 | ![]() iron import into cell / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ebrahim, A. / Moreno-Chicano, T. / Worrall, J.A.R. / Strange, R.W. / Axford, D. / Sherrell, D.A. / Appleby, M. / Owen, R.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Dose-resolved serial synchrotron and XFEL structures of radiation-sensitive metalloproteins. 著者: Ebrahim, A. / Moreno-Chicano, T. / Appleby, M.V. / Chaplin, A.K. / Beale, J.H. / Sherrell, D.A. / Duyvesteyn, H.M.E. / Owada, S. / Tono, K. / Sugimoto, H. / Strange, R.W. / Worrall, J.A.R. / ...著者: Ebrahim, A. / Moreno-Chicano, T. / Appleby, M.V. / Chaplin, A.K. / Beale, J.H. / Sherrell, D.A. / Duyvesteyn, H.M.E. / Owada, S. / Tono, K. / Sugimoto, H. / Strange, R.W. / Worrall, J.A.R. / Axford, D. / Owen, R.L. / Hough, M.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6i43SC ![]() 6i7zC ![]() 6i8eC ![]() 6i8iC ![]() 6i8jC ![]() 6i8kC ![]() 6i8oC ![]() 6i8pC ![]() 6i8qC ![]() 6ibnC ![]() 6q34C ![]() 6q3dC ![]() 6q3eC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39272.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SLIV_26340 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A076MF68, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 % / 解説: Microcrystals |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8 詳細: 7 mg/ml protein mixed with 17% PEG 1500 and 67 mM MIB buffer (comprising imidazole, malonate and boric acid) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月28日 |
放射 | モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→44.68 Å / Num. obs: 68910 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 47.4 % / CC1/2: 0.956 / R split: 0.181 / Rmerge(I) obs: 0.884 / Net I/σ(I): 2.58 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.877 / Mean I/σ(I) obs: 0.61 / CC1/2: 0.521 / R split: 0.714 / % possible all: 99.8 |
Serial crystallography measurement | Collection time total: 0.25 hours / Collimation: 2x Kirkpatrick-Baez mirror pairs |
Serial crystallography sample delivery | 解説: Silicon nitride chips / 手法: fixed target |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6I43 解像度: 1.78→37.386 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.56
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.46 Å2 / Biso mean: 27.626 Å2 / Biso min: 10.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.78→37.386 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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