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- PDB-6q2q: Crystal structure of mouse viperin bound to uridine triphosphate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q2q
タイトルCrystal structure of mouse viperin bound to uridine triphosphate and S-adenosylhomocysteine
要素Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / interferon stimulated gene / radical S-adenosylmethionine enzyme / iron sulfur cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


CD4-positive, alpha-beta T cell activation / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類 / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of viral genome replication / regulation of ossification / negative regulation of protein secretion / lipid droplet ...CD4-positive, alpha-beta T cell activation / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類 / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of viral genome replication / regulation of ossification / negative regulation of protein secretion / lipid droplet / ossification / response to virus / fibrillar center / : / positive regulation of immune response / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / lyase activity / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / 4Fe-4S single cluster domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / IRON/SULFUR CLUSTER / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / S-adenosylmethionine-dependent nucleotide dehydratase RSAD2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.892 Å
データ登録者Fenwick, M.K. / Dong, M. / Lin, H. / Ealick, S.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM124165 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of the Substrate Selectivity of Viperin.
著者: Fenwick, M.K. / Su, D. / Dong, M. / Lin, H. / Ealick, S.E.
履歴
登録2019年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2
B: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,25413
ポリマ－73,3892
非ポリマー2,86511
水13,619756
1
A: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3048
ポリマ－36,6951
非ポリマー1,6097
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9505
ポリマ－36,6951
非ポリマー1,2564
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.455, 141.265, 143.488
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2 / Viperin / Virus inhibitory protein / endoplasmic reticulum-associated / interferon-inducible


分子量: 36694.699 Da / 分子数: 2 / 変異: E261A, E266A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rsad2, Vig1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CBB9

-
非ポリマー , 6種, 767分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP


分子量: 484.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UTP*YM
#6: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 756 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.38 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Bis-tris propane, pH 6.2-6.8, 200 mM NaCl, 19-22% (w/v) polyethylene glycol 4000 or 6000, 6 mM S-adenosylhomocysteine, and 10 mM UTP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.892→50 Å / Num. obs: 58202 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.892→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.566 / Num. unique obs: 5740

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vsl

5vsl


解像度: 1.892→45.303 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1823 2904 4.99 %
Rwork0.1458 --
obs0.1477 58170 96.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.23 Å2 / Biso mean: 18.0147 Å2 / Biso min: 2.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.892→45.303 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4689 0 149 756 5594
Biso mean--15.3 31.2 -
残基数----580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9537011
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057729
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005892
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.183083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8923-1.92330.24731300.21482379X-RAY DIFFRACTION87
1.9233-1.95650.29441220.2112639X-RAY DIFFRACTION99
1.9565-1.9920.28971230.2052603X-RAY DIFFRACTION97
1.992-2.03040.23931440.19422559X-RAY DIFFRACTION94
2.0304-2.07180.24091140.18232639X-RAY DIFFRACTION99
2.0718-2.11680.19581370.16592639X-RAY DIFFRACTION98
2.1168-2.16610.21151380.16392629X-RAY DIFFRACTION97
2.1661-2.22030.19631470.14992629X-RAY DIFFRACTION99
2.2203-2.28030.17261190.15352710X-RAY DIFFRACTION97
2.2803-2.34740.18821430.1522631X-RAY DIFFRACTION99
2.3474-2.42310.18761510.14652596X-RAY DIFFRACTION95
2.4231-2.50970.18941390.15062598X-RAY DIFFRACTION97
2.5097-2.61020.17941320.14552714X-RAY DIFFRACTION97
2.6102-2.7290.15811280.13972670X-RAY DIFFRACTION98
2.729-2.87290.18221440.13692660X-RAY DIFFRACTION98
2.8729-3.05280.19431430.14252694X-RAY DIFFRACTION97
3.0528-3.28850.16471360.12982594X-RAY DIFFRACTION94
3.2885-3.61930.17121510.11642680X-RAY DIFFRACTION97
3.6193-4.14270.13111440.11062669X-RAY DIFFRACTION96
4.1427-5.21810.13021680.11082634X-RAY DIFFRACTION94
5.2181-45.3030.1851510.1512700X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02960.0561-0.52652.054-0.25280.5354-0.01140.1024-0.1312-0.06230.0102-0.08420.01650.0197-0.0080.06990.0043-0.00050.0678-0.02770.046515.011915.822252.4953
21.1019-0.0915-0.00691.0549-0.58741.7797-0.0237-0.03320.09480.09140.0155-0.0983-0.1690.11070.0080.0874-0.0006-0.01240.0462-0.02230.077412.994327.423659.8913
31.95510.1197-0.3052.56340.69691.3124-0.067-0.2794-0.34750.2807-0.0571-0.0940.2674-0.05480.0320.15830.0052-0.02260.0997-0.00190.03966.42628.086865.7784
40.81830.05620.06112.76540.3442.9831-0.0419-0.1617-0.13060.28850.1427-0.23220.14330.179-0.09130.11420.0014-0.0380.120.00020.09968.334413.884973.2482
51.1086-0.27960.00511.45770.4820.83110.01060.0193-0.13760.0231-0.02060.07330.0142-0.03940.02170.0912-0.01140.00560.0654-0.02350.07180.39056.014657.5413
61.8321-0.553-0.26410.3862-0.44912.4172-0.14910.6111-0.4042-0.11630.0633-0.02120.21270.0127-0.01570.1274-0.00250.01240.1076-0.05650.10419.446317.058144.0839
72.53290.6930.04152.0552-0.17291.3389-0.09220.3362-0.1541-0.2505-0.0286-0.09110.0549-0.13540.06880.08590.0215-0.00650.08390.01570.06763.850122.480445.687
80.9244-0.7157-0.08110.6209-0.37172.3459-0.0253-0.0155-0.00920.02-0.0093-0.058-0.0726-0.14120.01040.0634-0.0095-0.00320.0476-0.04880.0969-4.1787-7.570127.6591
91.1581-0.4260.04761.6085-0.11931.27260.03810.13510.0228-0.121-0.03570.09310.0139-0.0779-0.00740.0794-0.00950.00170.063-0.03370.0624-2.0856-14.97416.44
105.5468-2.2149-1.16993.2241-2.23014.1243-0.0177-0.3051-0.62330.1940.25280.60630.2362-0.3116-0.14860.2196-0.01930.04240.09960.00360.18911.4638-22.516440.3281
113.395-0.4241-2.00914.82142.72092.50190.1192-0.4841-0.3180.4379-0.2713-0.2720.3813-0.14740.05580.1467-0.0544-0.05090.18130.00280.16654.9777-29.570524.6774
121.6463-0.04190.14711.56161.07413.8259-0.021-0.1726-0.09910.01380.0575-0.09840.19270.0614-0.02450.08010.0184-0.00510.0748-0.02630.083811.7029-19.590234.2767
132.5395-0.6333-0.35080.95990.40391.5413-0.0436-0.03890.1390.04140.0104-0.0351-0.0471-0.00150.02510.1004-0.0058-0.0110.0782-0.05330.09159.6205-8.649839.7313
141.2852-0.9594-0.88422.5253-0.32361.133-0.1037-0.34180.52430.17460.0224-0.0518-0.23480.04070.09830.12220.0079-0.00440.0961-0.06130.14431.04560.561126.9326
152.6539-0.36150.69251.13930.40081.7414-0.1479-0.3220.6291-0.00870.1147-0.0393-0.3176-0.0994-0.01140.16380.0170.0040.1152-0.020.24483.52374.923623.9483
162.53-0.035-0.35820.32380.86353.39010.03120.0858-0.38660.13090.2246-0.38140.48810.3241-0.01730.14140.0147-0.01670.0799-0.03490.178615.3569-17.132117.8722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 71 through 102 )A71 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 103 through 173 )A103 - 173
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 174 through 192 )A174 - 192
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 193 through 215 )A193 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 216 through 298 )A216 - 298
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 299 through 315 )A299 - 315
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 316 through 360 )A316 - 360
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 70 through 102 )B70 - 102
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 103 through 180 )B103 - 180
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 181 through 200 )B181 - 200
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 201 through 215 )B201 - 215
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 216 through 250 )B216 - 250
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 251 through 298 )B251 - 298
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 299 through 315 )B299 - 315
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 316 through 346 )B316 - 346
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 347 through 362 )B347 - 362

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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