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- PDB-6q2m: Crystal structure of Photinus pyralis Luciferase Pps6 mutant in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q2m
タイトルCrystal structure of Photinus pyralis Luciferase Pps6 mutant in complex with DLSA
要素Luciferin 4-monooxygenase
キーワードLIGASE / Luciferase / adenylation domain / Bioluminescence
機能・相同性
機能・相同性情報


Photinus-luciferin 4-monooxygenase (ATP-hydrolyzing) activity / firefly luciferase / CoA-ligase activity / bioluminescence / peroxisome / protein-folding chaperone binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #980 / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily ...Rossmann fold - #980 / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S,5S)-hexane-2,5-diol / 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE / Luciferin 4-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Photinus pyralis (ホタル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Patel, K.D. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM116957 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Mutagenesis and Structural Studies Reveal the Basis for the Activity and Stability Properties That Distinguish thePhotinusLuciferasesscintillansandpyralis.
著者: Branchini, B.R. / Fontaine, D.M. / Southworth, T.L. / Huta, B.P. / Racela, A. / Patel, K.D. / Gulick, A.M.
履歴
登録2019年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Luciferin 4-monooxygenase
B: Luciferin 4-monooxygenase
C: Luciferin 4-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,99355
ポリマ－183,7033
非ポリマー5,29052
水6,143341
1
A: Luciferin 4-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,16721
ポリマ－61,2341
非ポリマー1,93220
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Luciferin 4-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,56412
ポリマ－61,2341
非ポリマー1,32911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Luciferin 4-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,26322
ポリマ－61,2341
非ポリマー2,02821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.268, 95.455, 152.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.556, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Luciferin 4-monooxygenase / Luciferase


分子量: 61234.438 Da / 分子数: 3 / 変異: T214N, A222C, Y255F, S276T, H332N, E354N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Photinus pyralis (ホタル) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08659, firefly luciferase

-
非ポリマー , 5種, 393分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-DYD / (2S,5S)-hexane-2,5-diol / (2S,5S)-2,5-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SLU / 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE / 5′-O-[N-(デヒドロルシフェリル)スルファモイル]アデノシン


分子量: 606.611 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18N8O8S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 % / 解説: Thin rod shaped
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.05M EPPS pH 8.5, 25% PEG4000, 2% 2,5 Hexanediol / PH範囲: 8.0-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Ambient temp details: 93 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→48.02 Å / Num. obs: 46929 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 44.3 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.751→2.798 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.948 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2392 / CC1/2: 0.771 / Rpim(I) all: 0.38 / Rrim(I) all: 1 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G36

4g36


解像度: 2.75→44.7 Å / SU ML: 0.2956 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.1354 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 1998 4.26 %
Rwork0.1942 44914 -
obs0.1952 46912 96.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11281 0 338 342 11961
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011411845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.071816029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06561813
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00672049
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.14336941
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.820.26091490.24893290X-RAY DIFFRACTION99.54
2.82-2.90.28691380.23783311X-RAY DIFFRACTION99.62
2.9-2.980.24991520.24223240X-RAY DIFFRACTION98.83
2.98-3.080.29161450.2363170X-RAY DIFFRACTION98.13
3.08-3.190.24951450.21823318X-RAY DIFFRACTION99.51
3.19-3.310.24161480.20313301X-RAY DIFFRACTION99.54
3.31-3.470.2571240.20532905X-RAY DIFFRACTION88.7
3.47-3.650.19391470.19793222X-RAY DIFFRACTION97.91
3.65-3.880.20971230.17272839X-RAY DIFFRACTION95.55
3.88-4.180.15671330.17213061X-RAY DIFFRACTION93.04
4.18-4.60.20131460.16353304X-RAY DIFFRACTION99.83
4.6-5.260.18461470.16593262X-RAY DIFFRACTION98.16
5.26-6.620.22461480.20863337X-RAY DIFFRACTION99.77
6.62-44.70.21991530.193354X-RAY DIFFRACTION98.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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